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El clade SARS-CoV-2 conectó a la severidad de la enfermedad en la fase temprana del pandémico

Debido a los números cada vez mayores del caso de la enfermedad 2019 (COVID-19) del coronavirus, causados por el coronavirus 2 (SARS-CoV-2) de la neumonía asiática, es importante desarrollar métodos exactos de predicción del riesgo para ayudar a tratar ésos en el riesgo más alto.

Un nuevo estudio en la red del JAMA del gorrón denuncia sobre la severidad de la enfermedad asociada a algunos clades del virus, de un análisis de genomas de los especímenes aislados en la fase inicial del pandémico.

Estudio: Epidemiología Genomic de la infección SARS-CoV-2 durante la onda pandémica inicial y de la asociación con severidad de la enfermedad. Haber de imagen: Imilian/Shutterstock
Estudio: Epidemiología Genomic de la infección SARS-CoV-2 durante la onda pandémica inicial y de la asociación con severidad de la enfermedad. Haber de imagen: Imilian/Shutterstock

El curso de la primera onda

Los E.E.U.U. han sido pegados por tres ondas sucesivas de COVID-19, con un total de sobre 27 millones de infecciones. Los casos tempranos vinieron de las infecciones importadas por las hojas de ruta (traveler). Éstos fueron acompañados por altas tasas de admisiones de hospital y de regímenes de fatalidad de caso (CFR) en los ancianos así como ésos con enfermedades preexistentes.

Pues la transmisión de la comunidad llegó a ser más importante, el largo del hospital tirante y el CFR ambos bajó, incluso durante los hospitales fueron apretados. Esto fue atribuida a la evolución de los protocolos de tratamiento eficientes, ignorando la pregunta si la evolución viral sí mismo desempeñó un papel importante.

La secuencia Genomic ha sido crucial a la comprensión actual del pandémico. Seis diversos clades del virus se han determinado en la iniciativa global en la distribución de toda la base de datos de los datos de la gripe (GISAID), a saber, de S, de L, de V, de G, de GH, y de GR, también conocido como los linajes A, B, B.2, B.1, B.1., y B.1.1.1, respectivamente.

Éstos son diferentes del clade ancestral de Wuhan. Los tres clades de G (G, GH y GR) todo contienen la variante de D614G del gen del pico, que es probablemente más infeccioso pero menos virulento que la deformación de Wuhan.

Objetivos y población del estudio

El estudio actual apuntó igualar las variantes con severidad de la enfermedad y resultados clínicos, para entender cómo el virus se adapta a sus ordenadores principal humanos y

El estudio fue realizado en los especímenes virales aislados a partir de 300 pacientes con la infección confirmada SARS-CoV-2. La edad mediana del grupo paciente era 53 años, con el 60% siendo hembras.

Sobre dos tercios era blanco, y sobre el 40% estaba el estado mayor de la atención sanitaria. El umbral mediano del ciclo (Ct) para los especímenes era 19,4 muestras. No se utilizó ningunas muestras con un Ct sobre 30.

Un tercero de todos los pacientes tenía moderado o la enfermedad severa, requiriendo la hospitalización, y una décima requirió asistencia médica intensiva. La mortalidad era el 6%.

Mutaciones y su variación

Había un total de >2,500 muestras, sobre todo muestras relanzadas, con 484 variantes únicas. Sin embargo, sobre la mitad de las 484 variantes estaban las mutaciones sin sentido, un tercero que era mutaciones silenciosas.

La mayoría de las mutaciones (el 62%) ocurrieron en el marco de lectura abierto ORF1ab, mientras que los 13%, los 6% y los 4% estaban en el pico viral (s), el nucleocapsid (n) y ORF3a, respectivamente. Las mutaciones no-sinónimas más frecuentes eran el pico D614G y los ORF1ab P323L.

Este último no fue asociado a la mayor severidad de la enfermedad, sin embargo.

Clades por fase

En la fase inicial, estos seis diversos clades del virus estaban en la circulación. El promedio de siete días del caso del balanceo aumentaba a su pico el 11 de abril de 2020, antes de registrar una disminución. Durante este período, agrupe 2 clades, incluyendo el D614G-containing G, GR y los clades del GH, eran predominantes, en el 84% de todos los aislantes virales determinados.

Del 16% restante, o de los aislantes del grupo 1, ningunos perteneció al L clade. El clade de Wuhan comprendió la parte de este 16%.

Pacientes más jovenes estaban en el grupo 2, y más viejos pacientes en el grupo 1, las edades medianas que eran 50 y 62 años, respectivamente. Los pacientes infectados con el clade de GR y la deformación de Wuhan eran los más jovenes y los más viejos de este grupo de estudio, en 41 y 68 años, respectivamente.

Ambos sexos y todas las pertenencias étnicas fueron representados igualmente sobre todos los clades y ambos grupos.

El movimiento rápido para agrupar 2

Agrupe los clades 1 circulados en niveles más altos inicialmente, pero la diversidad reducida rápidamente en el plazo de las dos semanas próximas. Así, en el final del período del estudio, apenas cinco semanas desde el principio, agrupan 2 clades eran dominantes, componiendo el 90% de toda la circulación se esfuerzan.

el estado mayor de la No-atención sanitaria tenía una parte más elevada de clades del grupo 1, cerca de una en veinte.

Resultados clínicos

Las variantes asociadas a un más poco arriesgado de la hospitalización incluyeron L4182F en ORF1ab, y S24L de ORF8. El pico de D614G fue conectado a una supervivencia más alta de variantes hospitalizadas, a una supervivencia del 87%, al igual que varias variantes del clade del grupo 2 como 241C>T, 3037C>T, y 14408C>T.

Sin embargo, no se asoció ningunos clades a una ocasión más inferior de la admisión de la hospitalización o de la Unidad de Cuidados Intensivos. La mortalidad era más alta con el clade V, y con el grupo 1 los clades compararon para agrupar 2.

Interleukin-6, la creatinina, y los niveles del D-dimero eran importante diferentes entre diversas variantes, mientras que los niveles de la creatinina eran también más altos entre pacientes del clade V.

Con el análisis de variables múltiples, como se esperaba, los pacientes masculinos y los ancianos tenían un riesgo más alto de la hospitalización. No obstante, ningún clade o grupo del clade mostró la asociación importante con este resultado. Las variantes de Non-D614G-containing tenían un riesgo más alto de la mortalidad, mientras que las variantes de ORF3a tenían un pronóstico favorable.

Las tasas de mortalidad eran más altas en los ancianos, immunosuppressed y ésos con los altos niveles de la creatinina, y en clades del grupo 1.

¿Cuáles son las implicaciones?

Los investigadores señalan que ocurren muchos estudios de secuencia en el SARS-CoV-2 después de que la diversidad inicial haya disminuido, explicando la falla de determinar diferencias en resultados con diversos clades. La dominación de forma aplastante de D614G también enmascara diferencias más pequeñas entre los clades individuales.

Para vencer esto, el estudio actual utilizó datos de especímenes tempranos con un muestreo representativo de la comunidad paciente de Cleveland en la primera onda. A este punto, la mayoría de los pacientes eran más viejos, con el pulmón y la enfermedad cardíaca, y vinieron sobre todo de comunidades perjudicadas.

En este tiempo, cinco de los seis clades determinados hasta ahora estaban en la circulación, así como la deformación de Wuhan. “Tal diversidad temprana es constante con la interpretación que las acciones múltiples de la infección SARS-CoV-2 ocurrieron en esta comunidad a través de la introducción relanzada de virus de Asia, Europa, y a otra parte dentro de los E.E.U.U.

Es importante observar que el movimiento grande a las variantes de D614G es debido a su contagiosidad creciente. Se piensa que este mutante tiene cambios en las acciones recíprocas electroestáticas entre las diversas subunidades de la proteína del pico, haciéndolo más fusogenic y aumentando su afinidad obligatoria a su receptor de la célula huesped, la angiotensina que convierte la enzima 2 (ACE2).

Es interesante que aunque el grupo 1 fuera ya establecido en la comunidad para el momento en que los clades del grupo 2 comenzaran a emerger, estes último subieron rápidamente a la dominación, indicando su ventaja de la aptitud física. Las prohibiciones de viaje pudieron haber ayudado previniendo la introducción de nuevo, especialmente más apta, clades, así también limitando la mortalidad.

Puesto que el período del estudio revistió solamente las primeras semanas del pandémico en los E.E.U.U., de las mejorías en el tratamiento, de la disponibilidad de las bases de los cuidados intensivos y de los antivirals, no está probablemente la razón de la reducción en mortalidad a pesar del número pesado de hospitalizaciones. También interesante, los clades que se desvanecieron fuera, los clades a saber, de S, de V y de Wuhan, eran más virulentos que el D614G y otros clades posteriores.

Los investigadores sugieren, “nuestras conclusión demuestran que la evolución continuada de SARS-CoV-2 lleva a menos virulencia.”

Clade V es definido por el L37F ORF1ab y las variantes de G251V ORF3a, que alteran las proteínas no-estructurales NSP6 y NS3, respectivamente. El primer puede aumentar la extensión asintomática, y la segunda con adaptabilidad reducida de la proteína. Si es así estes último pueden hacer algunos puntos de enlace del anticuerpo ser perdido, dando por resultado escape inmune. La afinidad obligatoria es también muy inferior en relación con el virus del wildtype.

La asociación del clade V con niveles más altos de la creatinina comparados a otros clades puede indicar que causa daño renal particularmente. Otros estudios se requieren para comparar los genomas virales en pacientes con y sin la disfunción renal. Tales asignaciones del clade pueden ayudar a predecir los resultados clínicos de las infecciones futuras.

Journal reference:
Dr. Liji Thomas

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Dr. Liji Thomas

Dr. Liji Thomas is an OB-GYN, who graduated from the Government Medical College, University of Calicut, Kerala, in 2001. Liji practiced as a full-time consultant in obstetrics/gynecology in a private hospital for a few years following her graduation. She has counseled hundreds of patients facing issues from pregnancy-related problems and infertility, and has been in charge of over 2,000 deliveries, striving always to achieve a normal delivery rather than operative.

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