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L'étude implique une augmentation susceptible de futurs recombinants SARS-CoV-2

Un exploit étonnant récent par des chercheurs des USA a indiqué que la recombinaison est non seulement répandue dans l'histoire évolutionnaire des coronaviruses radar à ouverture synthétique Radar à ouverture synthétique, mais elle peut également augmenter des traits de forme physique des coronaviruses saisonniers. Leur papier est actuellement disponible sur le serveur de prétirage de bioRxiv* et prépare le terrain pour le rail phylogénétique du coronavirus 2 (SARS-CoV-2) de syndrôme respiratoire aigu sévère.

Étude : Configurations de recombinaison dans les coronaviruses. Crédit d

Depuis son émergence, la caractéristique génétique de séquence a été employée pour étudier l'évolution et l'écart de SARS-CoV-2, un agent causal de pandémie de la maladie 2019 de coronavirus (COVID-19). En conséquence, la communauté de la recherche a rapidement embrassé des méthodes phylogénétiques et phylodynamic comme outils indispensables pour étudier ce virus ARN.

À côté des mutations provoquées par des erreurs pendant le procédé de réplication, les procédés variés de recombinaison peuvent contribuer à la diversité génétique dans les virus ARN. En outre, le reassortment dans les virus segmentés (tels que des rotaviruses ou des virus de la grippe) peut avoir comme conséquence la progéniture qui hébergent des segments de différentes lignées de parent.

En tous cas, la recombinaison conteste continuellement des méthodes phylogénétiques, car elle franchit la supposition centrale que l'histoire évolutionnaire des personnes peut être caractérisée par les arbres phylogénétiques étant branchés. En conséquence, la recombinaison rend nécessaire la représentation de l'ascendance partagée d'un ensemble de séquences comme réseau.

Dans cette étude, M. Nicola Felix Müller, M. Kathryn E. Kistler et M. Trevor Bedford du centre de cancérologie de Fred Hutchinson et de l'université de Washington à Seattle (US) ont développé une approche de Monte Carlo de chaîne de Markov pour impliquer efficacement des réseaux de recombinaison des caractéristiques génétiques de séquence sous un modèle de matrice-commutation de recombinaison.

Histoire évolutionnaire des virus radar à ouverture synthétique Radar à ouverture synthétique. Un réseau maximum de crédibilité de clade des virus radar à ouverture synthétique Radar à ouverture synthétique. Les points bleus indiquent des échantillons et des événements de recombinaison de points de vert. Temps courants d
Histoire évolutionnaire des virus radar à ouverture synthétique Radar à ouverture synthétique. Un réseau maximum de crédibilité de clade des virus radar à ouverture synthétique Radar à ouverture synthétique. Les points bleus indiquent des échantillons et des événements de recombinaison de points de vert. Temps courants d'ancêtre de B de Wuhan Hu1 (SARS-CoV-2) avec différents virus radar à ouverture synthétique Radar à ouverture synthétique sur différentes positions du génome. L'axe des y indique des temps courants d'ancêtre dans l'écaille de log. C la plupart d'heure récente n'importe où sur le génome que Wuhan-Hu1 a partagé un ancêtre courant avec différents virus radar à ouverture synthétique Radar à ouverture synthétique

L'évaluation des configurations de recombinaison

Les chercheurs ont reconstruit l'histoire de recombinaison des virus radar à ouverture synthétique Radar à ouverture synthétique, qui comprend le SARS-CoV-1 et le roman originels SARS-CoV-2, ainsi que des coronaviruses relatifs de "bat" et de pangolin. Alors ils ont vérifié dans quels différents virus de cas ont pour la dernière fois partagé un ancêtre courant le long du génome.

Des configurations de recombinaison ont été encore évaluées dans le coronavirus respiratoire de syndrome de Moyen-Orient (MERS-CoV) avec plus de 2.500 cas confirmés chez l'homme, ainsi que les coronaviruses saisonniers humains OC43, 229E, et NL63 qui montrent la circulation saisonnière répandue.

Ils ont ensuite visé à voir si des régimes de recombinaison sont augmentés sur les parties du génome qui montrent également les signes intenses d'adaptation. Ceci a été fait en calculant les régimes de l'adaptation sur différentes parties des génomes des coronaviruses humains saisonniers

En bref, une telle approche et ce type de cadre permis ont combiné l'évaluation des réseaux de recombinaison et des régimes, tailles efficaces de population, mais également paramètres qui tracent des mutations au fil du temps des caractéristiques génétiques échantillonnées de séquence.

Une histoire évolutionnaire complexe des coronaviruses radar à ouverture synthétique Radar à ouverture synthétique

Cet article a clairement expliqué que les événements de recombinaison sont répandus dans l'histoire évolutionnaire des coronaviruses radar à ouverture synthétique Radar à ouverture synthétique et que les régimes de recombinaison dans les coronaviruses saisonniers humains mentionnés ci-dessus tendent à varier avec des régimes d'adaptation. Ceci implique que la recombinaison peut être avantageuse à la forme physique des coronaviruses saisonniers humains.

D'autre part, l'histoire évolutionnaire des coronaviruses radar à ouverture synthétique Radar à ouverture synthétique s'est avérée très complexe et avec peu de ressemblance à l'évolution comme un arbre. De plus, les chercheurs ont prouvé que la recombinaison a été seulement vue entre les virus radar à ouverture synthétique Radar à ouverture synthétique étroitement liés dans l'histoire récente de SARS-CoV-2.

Une conclusion de notable était que la recombinaison se produit également habituellement dans les coronaviruses humains aux régimes comparables au reassortment dans les virus de la grippe. Les points de rupture de recombinaison dans les coronaviruses humains peuvent également varier selon des régimes de l'adaptation en travers des génomes, qui propose que des événements de recombinaison franchement ou négativement soient sélectées basé sur où de tels points de rupture tendent à se produire.

Réseau de recombinaison d
Réseau de recombinaison d'exemple. Événements qui peuvent se produire sur un réseau de recombinaison comme considéré ici. Nous considérons des événements se produire du présent arrière à temps au passé (de même que la norme en regardant des procédés coalescents. Des lignées peuvent être ajoutées sur les événements d'échantillonnage, qui se produisent aux moments predefned et sont révisés en circuit. Les événements de recombinaison ont divisé le circuit d'une lignée dans deux, avec tout d'un côté d'un point de rupture de recombinaison entrant dans un et tout de l'autre côté d'un point de rupture allant dans l'autre sens.

Reconstruction phylogénétique

Il est clair que connaissant le point auquel la recombinaison est anticipée pour former SARS-CoV-2 les années suivantes et en ayant les outils pour recenser de tels événements et pour les conduire la reconstruction phylogénétique sera un ajout essentiel à notre armamentarium diagnostique.

« Estimant la charge délétère des virus avant et après que la recombinaison utilisant la reconstruction héréditaire de séquence pourrait aider à jeter la lumière sur laquelle des séquences sont favorisées pendant la recombinaison, » dites les auteurs d'étude en cet article de bioRxiv.

« Supplémentaire, ayant des séquences complémentaires pour reconstruire des configurations de recombinaison, les coronaviruses saisonniers devraient expliquer l'évolution de jeux de recombinaison de rôle à long terme de ces virus, » ils concluent.

L'augmentation plausible de recombinants SARS-CoV-2 à l'avenir augmentera le besoin de méthodes qui exécutent des inférences phylogénétiques et phylodynamic en présence de la recombinaison. En conclusion, les possibilités d'application des modèles de recombinaison ouvriront la trappe pour l'usage plus dominant des modèles pour étudier l'écart des agents pathogènes.

Avis *Important

le bioRxiv publie les états scientifiques préliminaires qui pair-ne sont pas observés et ne devraient pas, en conséquence, être considérés comme concluants, guident la pratique clinique/comportement relatif à la santé, ou traité en tant qu'information déterminée.

Journal reference:
Dr. Tomislav Meštrović

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Dr. Tomislav Meštrović

Dr. Tomislav Meštrović is a medical doctor (MD) with a Ph.D. in biomedical and health sciences, specialist in the field of clinical microbiology, and an Assistant Professor at Croatia's youngest university - University North. In addition to his interest in clinical, research and lecturing activities, his immense passion for medical writing and scientific communication goes back to his student days. He enjoys contributing back to the community. In his spare time, Tomislav is a movie buff and an avid traveler.

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