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L'origine e la diffusione in relazione con il viaggio di SARS-CoV-2 B.1.620 sforzano

Gli ultimi mesi hanno veduto l'emergenza di nuove varianti del coronavirus 2 (SARS-CoV-2) di sindrome respiratorio acuto severo, proprio mentre altre varianti svaniscono. Alcune di queste varianti hanno caratteristiche biologiche o epidemiologiche di interesse particolare poiché possono promuovere la rapida del virus sparsa o causare la malattia più severa.

Una nuova pubblicazione della pubblicazione preliminare inviata al " server " del medRxiv* descrive una nuova variante B.1.620, che è comparso in Lituania ed è ora prevalente in parecchi paesi in Europa come pure in Africa centrale.

Più presto, tre stirpi virali sono stati classificati come varianti di preoccupazione (VOCs), vale a dire la variante BRITANNICA (B.1.1.7), la variante del Brasile ed e) B.1.351 (sudafricana (P.1). Un COV ha il più alto transmissibility o virulenza, che potenzialmente eludono la neutralizzazione immune.

Sfondo dell'emergenza B.1.620

Lo stirpe B.1.177 si è sparso ampiamente in Spagna in primo luogo, prima della sua trasmissione al resto di Europa. Tali fenomeni sono determinati entro le restrizioni sui movimenti umani, la mancanza di video dello scoppio ed il tempo. in Europa, i progetti d'ordinamento genomica hanno preso l'aumento rapido a dominanza dello sforzo BRITANNICO, spostante l'altra ampiamente circolazione sforza.

Nell'Uganda, anche, lo stirpe ha chiamato A.23.1 è aumentato alla protuberanza contro una regolazione dell'ordinamento genomica basso. Tali stirpi virali sono osservati spesso in primo luogo, non nel loro pæse d'origine ma come singolo caso o come catena di trasmissione, a cominciare da un viaggiatore dal paese ospitante, in un altro paese che fa l'ordinamento su un disgaggio maggior.

Poichè più paesi lanciano il loro proprio SARS-CoV-2 che ordina i programmi, gli sforzi introdotti sono più facili da individuare poiché tendono ad essere atipici della diversità endemica SARS-CoV-2 di un paese ospitante, particolarmente così quando gli stirpi introdotti hanno accumulato la diversità genetica non osservata precedentemente, un fenomeno caratterizzato dai rami lunghi in alberi filogenetici.

Per esempio, lo stirpe B.1.380 era prevalente nel Ruanda e nell'Uganda per un certo tempo ma poi è stato trovato per condurre improvvisamente a A.23.1. L'ultimo in primo luogo è stato ordinato nell'Uganda, che aveva iniziato l'ordinamento per allora. Questo programma poi ha individuato i primi avvenimenti di B.1.1.7 e di B.1.351.

Albero di probabilità massima di stirpe B.1.620 in Europa. Relazioni fra i genoma B.1.620, colorati da pæse d
Albero di probabilità massima di stirpe B.1.620 in Europa. Relazioni fra i genoma B.1.620, colorati da pæse d'origine (stesso come calcolino 1) con un profilo colorato più spesso che indica il pæse d'origine per il viaggio riveste. Almeno sette genoma indicati (campioni raccolti nel Belgio, in Svizzera, in Francia e Guinea Equatoriale) provengono dalle persone che hanno ritornato dal Camerun, una proviene da un viaggiatore che ritorna dal Mali e da un caso lituano restituiti dalla Francia. I genoma dall'AUTOMOBILE e dalla Cechia (viaggiatore di ritorno dal Mali) sono discesi dal genotipo originale B.1.620, mentre il genoma dalla Guinea Equatoriale è già strettamente connesso ai genoma trovati nel Regno Unito e sembra essere un caso di viaggio dal Camerun. Ogni genoma è connesso alla posizione geografica disponibile in Europa con i più piccoli cerchi che indicano della la precisione livella del comune, la dimensione intermedia che corrispondono delle alle informazioni livelle della contea (concentrate sul capitale della contea) e le più grandi dimensioni del cerchio che indicano le informazioni del livello di paese (concentrate sul capitale del paese).

Stirpe B.1.620 in Europa

I genoma B.1.620 sono stati trovati non solo in Lituania ma in altri posti in Europa, sebbene non sembrassero essere avviati dallo stesso evento dell'introduzione. Sia in Germania che in Francia, i nuovi clades stanno osservandi che hanno genoma quasi identici.

La Francia ha mostrato un cluster delle infezioni asintomatiche B.1.620 come componente di un a catena semplice della trasmissione, con altri quattro casi fuori di questa area. Il caso di indice analitico deve ancora essere identificato, ma questo mostra la comunità sparsa piuttosto che l'importazione.

Di nuovo, la Spagna ed il Belgio hanno indicato la presenza di genoma B.1.620 sull'ordinamento sistematico di sorveglianza.

In Lituania, la mutazione di E484K in B.1.620 è stata osservata soltanto in B.1.1.7 all'infuori di 13 casi dell'infezione con B.1.351 ed uno con lo stirpe B.1.1.318. Nessuno di questi stirpi posteriori erano presenti nella contea di Utena.

Molti casi in Europa hanno avuti una cronologia del viaggio dal Camerun ed ordinare nei paesi centrafricani, vale a dire, Repubblica centroafricana, Guinea Equatoriale e repubblica democratica del Congo, ha gettato ripetutamente sui genoma B.1.620.

Obiettivi di studio

Nello studio corrente, i ricercatori hanno caratterizzato le mutazioni di questo genoma. Molti già sono stati osservati del VOCs, ma non insieme in uno o in altro. Egualmente hanno concluso che lo stirpe probabilmente è emerso in primo luogo nel Camerun e sono probabili raggiungere un'alta prevalenza in Africa centrale.

Lo stirpe B.1.620 ha mutazioni multiple

Molti genoma del Camerun caricati al database di GISAID (iniziativa globale per la divisione di tutti i dati di influenza) mostrano la diversità sorprendente. Alcuni dividono le mutazioni con B.1.620, con il più in anticipo per sembrare che sono stato, possibilmente, mutazioni sinonime a 15324 e la mutazione T1027I della punta. Questi sono egualmente presenti in B.1.619.

La mutazione della punta E484K egualmente è trovata in uno stirpe strettamente connesso dal Camerun. Tutti questi campioni sono stati raccolti a gennaio e febbraio 2021.

Lo stirpe B.1.620 ha 23 mutazioni e le eliminazioni confrontate al riferimento sforzano. Porta tantissime mutazioni e eliminazioni uniche, che sono dissimili allo sforzo relativo più vicino in Lituania. Sebbene queste mutazioni siano divise dai parecchi VOCs, questo stirpe non sembra sorgere tramite la ricombinazione di tali sforzi.

La mutazione di D614G ora è presente nella maggior parte dei sforzi di circolazione, compreso questo. Ciò promuove l'infettività virale, forse migliorando “„ su conformazione del dominio dell'ricevitore-associazione della punta (RBD).

Evasione immune da B.1.620

Lo stirpe B.1.620 egualmente ha parecchie mutazioni nel dominio del N-terminale (NTD) della proteina della punta, fra cui alcuni rimangono di impatto sconosciuto. Del resto, tutti parzialmente resistono alla neutralizzazione il siero convalescente e NTD-mirando agli anticorpi monoclonali. Ciò può indicare l'origine di queste mutazioni come immune-elusione degli adattamenti virali.

Le mutazioni di E484K e di S477N nel RBD sono trovate nell'altro VOCs, ma il B.1.620 non porta le mutazioni N501Y o K417. Le entrambe precedenti mutazioni facilitano la vasta evasione di neutralizzazione anticorpo-mediata. Egualmente promuovono l'associazione di alto-affinità del RBD al suo ricevitore, l'enzima di conversione dell'angiotensina 2 (ACE2).

Entrambi sono sullo stesso ciclo periferico all'interfaccia obbligatoria di queste due proteine e la loro presenza in associazione migliora favorevole il profilo energetico riguardante il genoma di riferimento.

Alta frequenza di B.1.620 probabilmente in Africa centrale

Quando il locale che ordina i programmi non è robusto, l'ordinamento dei viaggiatori infettati è la seconda opzione di sorveglianza per prendere e riflettere gli stirpi differenti. Nello studio corrente, i ricercatori precisano che sette genoma B.1.620 provenivano dai viaggiatori Camerun-ritornati, mentre sei provenivano dai campioni localmente raccolti in Repubblica centroafricana (CAR), vicino al suo confine del Camerun. Quindi, questo stirpe sembra essere prevalente in questa regione geografica.

L'ordinamento adeguato sta effettuando in parecchi paesi Camerun vicino, vale a dire, Sudafrica ed Angola al sud, Kenya all'est, Togo e Nigeria al nord-ovest. Lo stirpe, quindi, sembra nascere all'interno dell'area dell'Africa centrale limitata dai confini di questi paesi.

I dati storici di viaggio dai casi europei indicano le introduzioni separate, dal Camerun e dal Mali. In un caso, almeno, la diffusione della comunità sembra essere stabilita, con il paziente di indice analitico che sviluppa l'infezione nel Belgio ben oltre il periodo di incubazione del virus e lungo dopo il suo rendimento dal Camerun. Un altro caso non ha avuto cronologia del viaggio affatto.

La filogenesi di B.1.620

Lo studio filogenetico in Africa indica che la variante probabilmente è sorto nel Camerun e poi si è sparso sia in Repubblica centroafricana che la Guinea Equatoriale. Poi si è sparso ai vari paesi in Europa attraverso le introduzioni multiple. Sembra entrare in U.S.A. e nell'Inghilterra, mentre ha entrato almeno due volte nella Lituania.

Molti viaggiatori hanno partito dal Camerun per altri paesi africani, indicante che questo stirpe è probabile essere diffuso in Africa ormai. Anche con i bassi livelli di ordinamento in Guinea Equatoriale e DRC, la sua rilevazione supporta questo presupposto.

Che cosa sono le implicazioni?

“La scoperta di uno stirpe novello che sopporta molte mutazioni di preoccupazione e con le indicazioni che sono introdotte dalle posizioni dove ordinare non è sistematico, sta interessando e tali avvenimenti possono trasformarsi in in una norma in modo allarmante. L'emergenza di B.1.1.7 era senza precedenti ed ha avuta un effetto devastante sullo stato della pandemia, in modo da sta interessando che la simile mancanza di informazioni nella sorveglianza genomica globale ancora persiste a questo giorno.„

I programmi genomica difficili di sorveglianza sono disponibili in gran parte del mondo, mentre i vaccini continuano ad essere in gran parte la prerogativa dei paesi sviluppati. Tuttavia, questa disparità contagierà il mondo per le decadi come il virus continua a crescere nuovi varianti e strisciamento nuovamente dentro i paesi precedentemente vaccinati.

Le misure di controllo contro i nuovi stirpi che vengono su sono limitate per essere risposte del riflesso del ginocchio, stanti a corto di impedire l'evoluzione di tali varianti. La traccia filogenetica lunga di B.1.620 stessa suggerisce col passare del tempo l'evoluzione graduale e forse anche sopra le grandi distanze, o dovuto le pressioni di selezione nel corso dell'infezione cronica in gente immunosuppressed.

L'ordine delle mutazioni che portano a questo stirpe è egualmente impossible da recuperare, rendendolo difficile dire se delle mutazioni qui direttamente promuovessero l'avvenimento di altre mutazioni aumentando la forma fisica virale. Ciò è un'imperfezione cruciale poiché questo stirpe ha multiplo riguardo alle mutazioni.

“Il nostro lavoro evidenzia che le diseguaglianze globali, per quanto il video della malattia infettiva, hanno impatti tangibili intorno al mondo e che fino a portare la pandemia SARS-CoV-2 tallonare dappertutto, in nessun posto è sicuro per lungamente. Ulteriormente, evidenziamo l'importanza di raccolta e dividere i meta dati associati con le sequenze del genoma, in particolare per quanto riguarda i diversi dati storici di viaggio come pure la raccolta data e posizioni, che sono importanti da eseguire l'analisi filogenetica e phylogeographic dettagliata.„

Avviso *Important

il medRxiv pubblica i rapporti scientifici preliminari che pari-non sono esaminati e, pertanto, non dovrebbero essere considerati conclusivi, guida la pratica clinica/comportamento correlato con la salute, o trattato come informazioni stabilite.

Journal reference:
Dr. Liji Thomas

Written by

Dr. Liji Thomas

Dr. Liji Thomas is an OB-GYN, who graduated from the Government Medical College, University of Calicut, Kerala, in 2001. Liji practiced as a full-time consultant in obstetrics/gynecology in a private hospital for a few years following her graduation. She has counseled hundreds of patients facing issues from pregnancy-related problems and infertility, and has been in charge of over 2,000 deliveries, striving always to achieve a normal delivery rather than operative.

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