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El origen y la extensión viaje-relacionados de SARS-CoV-2 B.1.620 se esfuerzan

Los meses últimos han considerado la aparición de las nuevas variantes del coronavirus 2 (SARS-CoV-2) de la neumonía asiática, incluso durante se desvanecen otras variantes de distancia. Algunas de estas variantes tienen características biológicas o epidemiológicas del interés determinado puesto que pueden ascender el rapid del virus extendido o causar una enfermedad más severa.

Un nuevo trabajo de investigación de la prueba preliminar asentado al servidor del medRxiv* describe una nueva variante B.1.620, que apareció en Lituania, y es frecuente ahora en varios países en Europa, así como en África central.

Anterior, tres linajes virales se han clasificado como variantes de la preocupación (VOCs), a saber la variante BRITÁNICA (B.1.1.7), la variante surafricana (B.1.351), y del Brasil (P.1). Un VOC tiene una transmisibilidad o virulencia más alta, que potencialmente evaden la neutralización inmune.

Fondo de la aparición B.1.620

El linaje B.1.177 se extendió extensamente en España primero, antes de su transmisión al descanso de Europa. Tales fenómenos se impulsan por restricciones en los movimientos humanos, la falta de supervisión del brote, y el tiempo. En Europa, los proyectos de secuencia genomic han tomado la subida rápida a la dominación de la deformación BRITÁNICA, dislocando la otra extensamente circulación se esfuerzan.

En Uganda, también, el linaje llamó A.23.1 subió a la prominencia contra una fijación de la secuencia genomic inferior. Tales linajes virales se observan a menudo primero, no en su país de origen sino como un único caso o como cadena de la transmisión, empezando por hojas de ruta (traveler) del país de acogida, en otro país que haga la secuencia en una mayor escala.

Pues más países lanzan su propio SARS-CoV-2 que ordena programas, las deformaciones introducidas son más fáciles de descubrir puesto que tienden a ser anormales de una diversidad endémica SARS-CoV-2 del país de acogida, determinado tan cuando los linajes introducidos han acumulado la diversidad genética no observada previamente, un fenómeno caracterizado por los brazos largos en árboles filogenéticos.

Por ejemplo, el linaje B.1.380 era frecuente en Rwanda y Uganda por una época pero después fue encontrado para llevar repentinamente a A.23.1. Este último primero fue ordenado en Uganda, que había comenzado la secuencia para entonces. Este programa entonces descubrió los primeros acontecimientos de B.1.1.7 y de B.1.351.

Árbol de la toda probabilidad del linaje B.1.620 en Europa. Lazos entre los genomas B.1.620, coloreados por el país de origen (lo mismo que el cuadro 1) con un contorno coloreado más grueso que indica el país de origen para los estuches de viaje. Por lo menos siete genomas mostrados (las muestras cerco en Bélgica, Suiza, Francia, y Guinea Ecuatorial) son de los individuos que volvieron del Camerún, uno son de hojas de ruta (traveler) que vuelven de Malí y de un caso lituano vueltos de Francia. Los genomas del VEHÍCULO y de Czechia (hojas de ruta (traveler) de vuelta de Malí) se descienden del genotipo original B.1.620, mientras que el genoma de la Guinea Ecuatorial está ya estrechamente vinculado a los genomas encontrados en Reino Unido y suceso ser un estuche de viaje del Camerún. Cada genoma se conecta con la situación geográfica disponible en Europa con los círculos más pequeños que indican la precisión del municipio-nivel, la talla intermedia correspondiente a la información del nivel del condado (centrada en capital del condado) y las tallas más grandes del círculo que indican la información del nivel de país (centrada en capital del país).
Árbol de la toda probabilidad del linaje B.1.620 en Europa. Lazos entre los genomas B.1.620, coloreados por el país de origen (lo mismo que el cuadro 1) con un contorno coloreado más grueso que indica el país de origen para los estuches de viaje. Por lo menos siete genomas mostrados (las muestras cerco en Bélgica, Suiza, Francia, y Guinea Ecuatorial) son de los individuos que volvieron del Camerún, uno son de hojas de ruta (traveler) que vuelven de Malí y de un caso lituano vueltos de Francia. Los genomas del VEHÍCULO y de Czechia (hojas de ruta (traveler) de vuelta de Malí) se descienden del genotipo original B.1.620, mientras que el genoma de la Guinea Ecuatorial está ya estrechamente vinculado a los genomas encontrados en el Reino Unido y suceso ser un estuche de viaje del Camerún. Cada genoma se conecta con la situación geográfica disponible en Europa con los círculos más pequeños que indican la precisión del municipio-nivel, la talla intermedia correspondiente a la información del condado-nivel (centrada en capital del condado) y las tallas más grandes del círculo que indican la información del nivel de país (centrada en capital del país).

Linaje B.1.620 en Europa

Los genomas B.1.620 se han encontrado no sólo en Lituania pero en otros lugares en Europa, aunque no aparecen haber sido accionados por la misma acción de la introducción. En Alemania y Francia, se están observando los nuevos clades que tienen genomas casi idénticos.

Francia mostró un atado de las infecciones asintomáticas B.1.620 como parte de una única cadena de la transmisión, con otros cuatro casos fuera de esta área. El caso del índice debe todavía ser determinado, pero éste muestra a la comunidad extendida bastante que la importación.

Una vez más España y Bélgica han mostrado la presencia de los genomas B.1.620 en la secuencia rutinaria de la vigilancia.

En Lituania, la mutación de E484K en B.1.620 se ha observado solamente en B.1.1.7 con excepción de 13 casos de infección con B.1.351 y uno con el linaje B.1.1.318. Ningunos de estos últimos linajes estaban presentes en el condado de Utena.

Muchos casos en Europa han tenido una historia del viaje del Camerún, y la secuencia en los países centroafricanos, a saber, la República Centroafricana, Guinea Ecuatorial y la República Democrática del Congo, ha lanzado en varias ocasiones hacia arriba los genomas B.1.620.

Objetivos del estudio

En el estudio actual, los investigadores caracterizaron las mutaciones de este genoma. Muchos se han observado ya en uno u otro del VOCs, pero no juntos. También concluyeron que el linaje surgió probablemente primero en el Camerún y son probables alcanzar una alta incidencia en África central.

El linaje B.1.620 tiene mutaciones múltiples

Muchos genomas del Camerún cargados por teletratamiento a la base de datos de GISAID (iniciativa global para compartir todos los datos de la gripe) muestran diversidad asombrosamente. Algunos comparten mutaciones con B.1.620, con el más temprano para aparecer que son, posiblemente, mutaciones sinónimas en 15324 y la mutación T1027I del pico. Éstos están también presentes en B.1.619.

La mutación del pico E484K también se encuentra en un linaje estrechamente vinculado del Camerún. Todas estas muestras cerco en enero y febrero de 2021.

El linaje B.1.620 tiene 23 mutaciones y las supresiones comparadas a la referencia se esfuerzan. Lleva un gran número de mutaciones y de supresiones únicas, que son disímiles a la deformación relacionada más cercana de Lituania. Aunque estas mutaciones son compartidas por varios VOCs, este linaje no aparece haberse presentado por la recombinación de tales deformaciones.

La mutación de D614G está presente ahora en la mayoría de las deformaciones de circulación, incluyendo ésta. Esto asciende contagiosidad viral, quizás aumentando “encima” de la conformación del dominio receptor-obligatorio del pico (RBD).

Evasión inmune por B.1.620

El linaje B.1.620 también tiene varias mutaciones en el dominio de la N-terminal (NTD) de la proteína del pico, entre la cual algo permanece de impacto desconocido. Del descanso, todos resisten parcialmente la neutralización el suero convaleciente y NTD-apuntando los anticuerpos monoclonales. Esto puede apuntar al origen de estas mutaciones como inmune-evasión de adaptaciones virales.

Las mutaciones de S477N y de E484K en el RBD se encuentran en el otro VOCs, pero el B.1.620 no lleva las mutaciones N501Y o K417. Ambas las mutaciones anteriores facilitan la evasión amplia de la neutralización anticuerpo-mediada. También ascienden el atascamiento de la alto-afinidad del RBD a su receptor, la enzima angiotensina-que convierte 2 (ACE2).

Ambos están en el mismo rizo periférico en el interfaz obligatorio de estas dos proteínas, y su presencia en la combinación perfecciona el perfil enérgico favorable en relación con el genoma de la referencia.

De alta frecuencia de B.1.620 probablemente en África central

Cuando el local que ordena programas no es robusto, la secuencia de hojas de ruta (traveler) infectadas es la segunda opción de la vigilancia para tomar y para vigilar diversos linajes. En el estudio actual, los investigadores señalan que siete genomas B.1.620 eran de hojas de ruta (traveler) Camerún-vueltas, mientras que seis eran de muestras localmente cerco en la República Centroafricana (CAR), cerca de su banda del Camerún. Así, este linaje aparece ser frecuente en esta región geográfica.

La secuencia adecuada se está realizando en varios países el Camerún vecino, a saber, Suráfrica y Angola al sur, Kenia al este, Togo, y Nigeria al noroeste. El linaje, por lo tanto, aparece haber originado dentro del área de África central limitada por las bandas de estos países.

Las historias del viaje de casos europeos indican las introducciones separadas, del Camerún, y de Malí. En un caso, por lo menos, la extensión de la comunidad aparece haber sido establecida, con el paciente del índice desarrollando la infección en Bélgica bastante más allá del período de incubación del virus y largo después de su retrono del Camerún. Otro caso no tenía ninguna historia del viaje en absoluto.

La filogenia de B.1.620

El estudio filogenético en África muestra que la variante se presentó probablemente en el Camerún, y después se extendió a la República Centroafricana y a la Guinea Ecuatorial. Entonces se extendió a los diversos países en Europa a través de las introducciones múltiples. Aparece haber entrado en los E.E.U.U. y la Inglaterra, mientras que entró en Lituania por lo menos dos veces.

Muchas hojas de ruta (traveler) han salido del Camerún para otros países africanos, indicando que este linaje es probable ser disperso en África ahora. Incluso con los niveles bajos de la secuencia en Guinea Ecuatorial y el Manual del Transportista, su detección soporta esta suposición.

¿Cuáles son las implicaciones?

“El descubrimiento de un linaje nuevo que soporta muchas mutaciones de la preocupación y con indicaciones que están introducidas de situaciones donde no está rutinaria la secuencia, está tratando, y tales acontecimientos pueden convertirse en una norma alarmante. La aparición de B.1.1.7 era sin precedente y ha tenido un impacto devastador en el estado del pandémico, así que está tratando que todavía persisten los entrehierros de información similares en vigilancia genomic global hasta el día de hoy.”

Los programas genomic pobres de la vigilancia están disponibles en mucho del mundo, mientras que las vacunas continúan ser en gran parte el coto de países desarrollados. Sin embargo, esta disparidad plagará el mundo por décadas a medida que el virus continúa criar nuevos variantes y deslizamiento nuevamente dentro de países previamente vacunados.

Las medidas de control contra los nuevos linajes que suben están limitadas para ser reacciones impulsivas, faltando la prevención de la evolución de tales variantes. El mástil filogenético largo de B.1.620 sí mismo hace alusión a la evolución gradual en un cierto plazo, y quizás incluso sobre distancias extensas, o debido a las presiones de la selección durante el curso de la infección crónica en gente immunosuppressed.

La orden de las mutaciones que llevan a este linaje es también imposible de recuperarse, haciéndolo difícil informar si algunas mutaciones aquí ascendieron directamente el acontecimiento de otras mutaciones aumentando aptitud física viral. Esto es un defecto crucial puesto que este linaje tiene múltiplo referente a mutaciones.

Nuestro trabajo destaca que las desigualdades globales, por lo que la supervisión de la enfermedad infecciosa, tienen impactos tangibles en todo el mundo y que hasta que el pandémico SARS-CoV-2 se traiga inclinarse por todas partes, en ninguna parte es seguro para de largo. Además, destacamos la importancia del cerco y la distribución de meta datos asociados con series del genoma, particularmente con respecto historias individuales del viaje, así como a la colección fecha y las situaciones, que son importantes realizar análisis filogenético y phylogeographic detallado.”

Advertencia *Important

el medRxiv publica los partes científicos preliminares que par-no se revisan y, por lo tanto, no se deben mirar como concluyentes, conduce práctica clínica/comportamiento relativo a la salud, o tratado como información establecida.

Journal reference:
Dr. Liji Thomas

Written by

Dr. Liji Thomas

Dr. Liji Thomas is an OB-GYN, who graduated from the Government Medical College, University of Calicut, Kerala, in 2001. Liji practiced as a full-time consultant in obstetrics/gynecology in a private hospital for a few years following her graduation. She has counseled hundreds of patients facing issues from pregnancy-related problems and infertility, and has been in charge of over 2,000 deliveries, striving always to achieve a normal delivery rather than operative.

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