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L'étude montre la mutation distinctive dans le sublineage apparaissant rapidement de SARS-CoV-2 B.1.1.7

Dans une étude neuve actuellement disponible sur le serveur de prétirage de medRxiv*, les chercheurs des USA enregistrent le dépistage d'une sous-lignée spécifique de la variante du coronavirus 2 du syndrôme respiratoire aigu sévère B.1.1.7 (SARS-CoV-2) hébergeant un roman S : La mutation de D178H et élucident sa boîte de vitesses et configurations évolutionnaires.

La variante B.1.1.7 de SARS-CoV-2 a apparu au Royaume-Uni pendant le COVID-19 actuel universel et a été rapidement recensée car la première variante principale de la préoccupation qui était plus transmissible et, discutablement, plus virulente.

En conséquence, en raison de son infectiousness, elle a représenté approximativement 90% de caisses COVID-19 en Europe et 50% de caisses aux USA à partir de mai 2020. Cette variante est caractérisée par la présence de la mutation de N501Y dans le domaine récepteur-grippant (RBD) de la glycoprotéine de la pointe SARS-CoV-2, ainsi qu'une poignée d'autres mutations.

Une telle présence dominante de cette variante ouvre la trappe pour l'acquisition continue des mutations nouvelles, et certains d'entre elles peuvent inciter l'émergence des sous-lignées bien plus infectieuses (et potentiellement plus pathogènes) de B.1.1.7.

Naturellement, ceci implique qu'il y a un besoin de contrôle génomique méticuleux afin d'être une opération en avant de telles mutations developpées récemment dans les variantes SARS-CoV-2 de la préoccupation. Un organisme de recherche de l'École de Médecine de Keck de l'Université de Californie du Sud à Los Angeles a décidé de suivre le B.1.1.7-M : Sous-lignée de V70L qui a été récent observée avec la fréquence accrue.

Chasse des mutations avec l'analyse phylogénétique

En bref, cette étude séquençage du génome entier comporté de 2900 échantillons provenant d'hôpital pour enfants Los Angeles qui se sont précédemment avérés positifs pour SARS-CoV-2 par réaction en chaîne inverse de transcription-polymérase (RT-PCR).

Par la suite, l'analyse phylogénétique a été poursuivie avec les outils complexes procurables aux chercheurs (tels que le pipeline phylogénétique de NextStrain), avec la prévision de structure des protéines des glycoprotéines de pointe de mutant.

En outre, toutes les mutations de candidat ont été encore divisées par lignée de pangolin afin d'indiquer exactement toutes les mutations apparaissantes dans le contexte d'une lignée spécifique (telle que variantes B.1.1.7 ou B.1.351).

Modification de la configuration de SARS-CoV-2

À l'aide de l'approche méthodologique mentionnée ci-dessus, cet organisme de recherche a recensé une sous-lignée de B.1.1.7 qui a apparu par l'intermédiaire des acquisitions séquentielles de M : Mutation de V70L en novembre 2020, qui a été suivie d'un roman S : Mutation de D178H au commencement observée début février 2021.

À partir d'avril 2021, ce sublineage a comporté 36,8% de tous les isolats B.1.1.7 trouvés à Washington. Plus particulièrement, l'analyse et l'inférence phylogénétiques de boîte de vitesses avec Nextstrain implique que ses origines susceptibles sont Californie ou à Washington.

Analyse de la structure complémentaire dévoilée cela le S : La mutation de D178H est proche de deux autres mutations de signature de B.1.1.7 - Y144del et HV69-70del. D'ailleurs, c'est surface exposée et peut modifier la configuration tertiaire du domaine terminal de N (qui est une partie de glycoprotéine de pointe), affectant la capacité de neutralisation des anticorps.

Emplacement structurel du D178H et d
Emplacement structurel du D178H et d'autres mutations de protéine de la pointe p 333 dans la lignée B.1.1.7. D178H est dans la grande proximité à d'autres acides aminés dans les NTD qui sont affectés dans la lignée B.1.1.7, le HV69-70del et le Y144/Y145del (en haut à droite).

Le potentiel pour l'évasion vaccinique de `'

Les observations de cette étude montrent à cela le S : La mutation de D178H est à plusieurs reprises observée mais exponentiellement seulement amplifiée dans le cadre de la lignée B.1.1.7 plus pathogène, servant d'argument admissible à sa forme physique.

« Ces découvertes mettent en valeur l'importance prolongée du contrôle génomique actif pour surveiller l'écart de ce B.1.1.7-M : V70L-S : la lignée 178H », a indiqué des auteurs d'étude en cet article de medRxiv. « L'effet potentiel du S : La mutation de D178H sur l'immunité et le ` l'évasion que vaccinique' justifient également l'analyse approfondie », ils a ajouté.

Il y a une augmentation s'inquiétante du pourcentage des isolats B.1.1.7 aux USA appartenant à ce sublineage, comme les pourcentages ont monté de 0,15% en février à 1,8% en avril 2021. Jusqu'à présent, ce sublineage spécifique semble être spécifique pour les USA, avec des cas rapportés dans 31 conditions (Hawaï y compris), mais le contrôle continu est réellement justifié.

Avis *Important

le medRxiv publie les états scientifiques préliminaires qui pair-ne sont pas observés et ne devraient pas, en conséquence, être considérés comme concluants, guident la pratique clinique/comportement relatif à la santé, ou traité en tant qu'information déterminée.

Journal reference:
Dr. Tomislav Meštrović

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Dr. Tomislav Meštrović

Dr. Tomislav Meštrović is a medical doctor (MD) with a Ph.D. in biomedical and health sciences, specialist in the field of clinical microbiology, and an Assistant Professor at Croatia's youngest university - University North. In addition to his interest in clinical, research and lecturing activities, his immense passion for medical writing and scientific communication goes back to his student days. He enjoys contributing back to the community. In his spare time, Tomislav is a movie buff and an avid traveler.

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