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O estudo mostra a mutação distintiva no sublineage ràpida emergente de SARS-CoV-2 B.1.1.7

Em um estudo novo actualmente disponível no server da pré-impressão do medRxiv*, os pesquisadores dos E.U. relatam a detecção de uma secundário-linhagem específica da variação do coronavirus 2 da Síndrome Respiratória Aguda Grave B.1.1.7 (SARS-CoV-2) que abriga uma novela S: A mutação de D178H e explica seus transmissão e testes padrões evolucionários.

A variação B.1.1.7 de SARS-CoV-2 emergiu no Reino Unido durante a pandemia COVID-19 em curso e foi identificada rapidamente porque a primeira variação principal do interesse que era mais transmissível e, discutìvel, mais virulento.

Conseqüentemente, devido a seu infectiousness, esclareceu aproximadamente 90% das caixas COVID-19 em Europa e 50% das caixas nos E.U. em maio de 2020. Esta variação é caracterizada pela presença de mutação de N501Y no domínio receptor-obrigatório (RBD) da glicoproteína do ponto SARS-CoV-2, assim como por um punhado de outras mutações.

Tal presença patente desta variação abre a porta para a aquisição contínua de mutações novas, e algumas delas podem alertar a emergência de secundário-linhagens ainda mais infecciosas (e potencial mais patogénicos) de B.1.1.7.

Naturalmente, isto implica que há uma necessidade para a fiscalização genomic meticulosa a fim estar uma etapa antes de tais mutações recentemente desenvolvidos nas variações SARS-CoV-2 do interesse. Um grupo de investigação da Faculdade de Medicina de Keck da Universidade da Califórnia do Sul em Los Angeles decidiu seguir o B.1.1.7-M: Secundário-linhagem de V70L que tem sido observada recentemente com freqüência aumentada.

Perseguindo mutações com análise filogenética

Em curto, este estudo arranjar em seqüência inteiro incorporado do genoma de 2900 amostras do hospital de crianças Los Angeles que foram encontradas previamente para ser positivas para SARS-CoV-2 pela reacção em cadeia reversa da transcrição-polimerase (RT-PCR).

Subseqüentemente, a análise filogenética foi levada a cabo com as ferramentas complexas disponíveis aos pesquisadores (tais como o encanamento filogenética de NextStrain), junto com a previsão da estrutura da proteína de glicoproteína do ponto do mutante.

Além disso, todas as mutações do candidato foram divididas mais pela linhagem do pangolin a fim localizar todas as mutações emergentes dentro do contexto de uma linhagem específica (tal como as variações B.1.1.7 ou B.1.351).

Alterando a configuração de SARS-CoV-2

Usando a abordagem metodológica acima mencionada, este grupo de investigação identificou uma secundário-linhagem de B.1.1.7 que emergiu através das aquisições seqüenciais de M: Mutação de V70L em novembro de 2020, que foi seguida por uma novela S: Mutação de D178H observada inicialmente ao princípio de fevereiro de 2021.

Em abril de 2021, este sublineage compreendeu 36,8% de todos os isolados B.1.1.7 encontrados em Washington. Mais especificamente, a análise filogenética e a inferência da transmissão com Nextstrain implicam que suas origens prováveis estão em Califórnia ou em Washington.

Análise estrutural adicional revelada isso o S: A mutação de D178H é próxima outras a duas mutações da assinatura de B.1.1.7 - Y144del e HV69-70del. Além disso, é superfície expor e pode alterar a configuração terciária do domínio terminal de N (que é uma parte da glicoproteína do ponto), afetando a capacidade da neutralização dos anticorpos.

Lugar estrutural do D178H e de outras mutações do rotein do ponto p 333 na linhagem B.1.1.7. D178H está na grande proximidade a outros ácidos aminados nos NTD que são afectados na linhagem B.1.1.7, no HV69-70del e no Y144/Y145del (direito superior).
Lugar estrutural do D178H e de outras mutações da proteína do ponto p 333 na linhagem B.1.1.7. D178H está na grande proximidade a outros ácidos aminados nos NTD que são afectados na linhagem B.1.1.7, no HV69-70del e no Y144/Y145del (direito superior).

O potencial para o escape vacinal do `'

As observações deste estudo mostram a isso o S: A mutação de D178H repetidamente é observada mas amplificada somente exponencial no contexto da linhagem B.1.1.7 mais patogénico, servindo como um argumento válido para sua aptidão.

“Estes resultados destacam a importância continuada da fiscalização genomic activa para monitorar a propagação deste B.1.1.7-M: V70L-S: a linhagem 178H”, disse autores do estudo neste papel do medRxiv. “O efeito potencial do S: A mutação de D178H na imunidade e no ` que o escape vacinal' igualmente justifica a análise mais aprofundada”, eles adicionou.

Há um aumento de preocupação na porcentagem dos isolados B.1.1.7 nos E.U. que pertencem a este sublineage, como as porcentagens aumentaram de 0,15% em fevereiro a 1,8% em abril de 2021. Até agora, este sublineage específico parece ser específico para os E.U., com casos relatados em 31 estados (que incluem Havaí), mas a fiscalização contínua é justificada definida.

Observação *Important

o medRxiv publica os relatórios científicos preliminares que par-não são revistos e, não devem conseqüentemente ser considerados como conclusivos, guia a prática clínica/comportamento saúde-relacionado, ou tratado como a informação estabelecida.

Journal reference:
Dr. Tomislav Meštrović

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Dr. Tomislav Meštrović

Dr. Tomislav Meštrović is a medical doctor (MD) with a Ph.D. in biomedical and health sciences, specialist in the field of clinical microbiology, and an Assistant Professor at Croatia's youngest university - University North. In addition to his interest in clinical, research and lecturing activities, his immense passion for medical writing and scientific communication goes back to his student days. He enjoys contributing back to the community. In his spare time, Tomislav is a movie buff and an avid traveler.

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