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Les mutations SARS-CoV-2 renforcent le grippement RBD-ACE2, rendant le virus plus infectieux

En janvier 2020, la première séquence complète de génome du syndrôme respiratoire aigu sévère coronavirus-2 (SARS-CoV-2) a été déposée au GenBank. Depuis lors, la quantité de séquences neuves de génome a augmenté rapidement au GenBank et au GISAID. Ceci a jeté les fondements pour analyser la virulence, l'antigénicité, la pathogénicité, et le transmissibility des mutations SARS-CoV-2.

Protéines structurelles et non-structurelles de SARS-CoV-2

SARS-CoV-2 est un virus ARN monocatenaire de positif-sens qui code 29 structurels et protéines non-structurelles (NSPs) utilisant 29.903 nucléotides. Les protéines de structure aident avec la formation de la particule virale, alors que le jeu de NSPs un rôle important en reproduisant l'ARN viral. SARS-CoV-2 a 4 protéines de structure, à savoir, pointe (s), membrane (m), enveloppe (e), et protéines du nucleocapsid (n).

De ces derniers, la protéine de la pointe (s) a 1.273 résidus de SARS-CoV-2 et a un rôle critique dans le viral infection.  Il est essentiel pour l'interaction avec des récepteurs de cellule hôte et la fusion de l'enveloppe virale avec la membrane de cellule hôte pour permettre l'entrée du virus. C'est également le site de la plupart des mutations SARS-CoV-2. Par conséquent les scientifiques avaient concentré leur attention sur la protéine de pointe pour développer les médicaments et les vaccins basés sur anticorps.

Recensement d'autres mutations à croissance rapide sur SARS-CoV-2 la protéine de la pointe (s)

Les variantes neuves de SARS-CoV-2 du R-U, du Brésil, et d'Afrique du Sud ont recueilli beaucoup d'attention récent pour leur pouvoir infectant accru, probablement pathogénicité élevée, et dangers potentiels aux vaccins actuellement disponibles et aux traitements basés sur anticorps. Cependant, il n'est pas clair s'il y a plus de variantes avec un pouvoir infectant plus élevé qui sont transmises en travers du monde.

« N501Y impliqué dans les variantes (UK) du Royaume-Uni, de l'Afrique du Sud, et du Brésil peut modérément affaiblir le grippement entre le RBD et beaucoup d'anticorps connus. »

Les chercheurs de l'université de l'Etat d'État du Michigan ont récent effectué une étude de grande puissance avec 506.768 isolats du génome SARS-CoV-2 recueillis des patients COVID-19. Leur objectif était de recenser d'autres mutations rapidement croissantes sur SARS-CoV-2 le domaine récepteur-grippant de protéine de la pointe (s) (RBD). La recherche est publiée dans la génomique de tourillon.

Les mutations couramment observées renforcent le grippement entre RBD et hébergent le récepteur ACE2

Les découvertes indiquent que chacun des 100 des mutations les plus observées renforce le grippement entre le RBD et l'enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (ACE2) de l'hôte, qui indique que SARS-CoV-2 se transforme en des variantes plus infectieuses. En particulier, on observe cette amélioration du grippement entre RBD et ACE2 dans des mutations à croissance rapide de RBD telles que N439K, S477N, S477R, et N501T.

Les chercheurs encore constaté que la mutation de N501Y trouvée dans les variantes du R-U, du Brésil, et de l'Afrique du Sud peut modestement affaiblir le grippement entre beaucoup d'anticorps connus et le RBD. Les mutations d'E484K et de K417N trouvées dans les variantes brésiliennes et sud-africaines et les mutations de L452R et d'E484Q trouvées dans les variantes indiennes de SARS-CoV-2 peuvent perturber le grippement entre le RBD et beaucoup d'anticorps. La mutation de L452R RBD est également connue pour être une partie de la variante de la Californie nommée B.1.427.

La mutation de T478K effectue le Mexique tendre la variante SARS-CoV-2 la plus infectieuse

Les mutations très probablement pour faire comprendre des capacités de vaccin-évasion S494P, K417N, Q493L, F490S, R403K, F486L, L452R, E484K, K417T, E484Q, F490L, et A475S. En outre, la mutation de T478K semble effectuer la variante B.1.1.222 trouvée au Mexique la variante la plus infectieuse. Selon les auteurs, les mutations de RBD qui peuvent simultanément perturber les anticorps existants (mutations vacciniques d'évasion) et les effectuer SARS-CoV-2 plus infectieux peuvent constituer un danger de apparence vague à l'ensemble actuel de vaccins approuvés.

L'étude complète d'analyse génétique et d'obligatoire de protéine-protéine par les auteurs prouvent que l'évolution SARS-CoV-2 génétique sur le RBD peut être réglée par la correction sur épreuves virale, la retouche de gène d'hôte, la sélection naturelle, et le chassoir génétique fait au hasard. Ceci provoque des variantes plus infectieuses SARS-CoV-2 qui peuvent compromettre des stratégies basées sur anticorps existantes et des vaccins de la demande de règlement COVID-19.

« En conclusion, nous présumons que les mutations de RBD qui peuvent simultanément rendre SARS-CoV-2 plus infectieux et perturbent les anticorps existants, mutations vacciniques appelées d'évasion, constitueront un danger imminent à la collecte actuelle des vaccins. »

Journal reference:
Susha Cheriyedath

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Susha Cheriyedath

Susha has a Bachelor of Science (B.Sc.) degree in Chemistry and Master of Science (M.Sc) degree in Biochemistry from the University of Calicut, India. She always had a keen interest in medical and health science. As part of her masters degree, she specialized in Biochemistry, with an emphasis on Microbiology, Physiology, Biotechnology, and Nutrition. In her spare time, she loves to cook up a storm in the kitchen with her super-messy baking experiments.

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