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Les scientifiques développent les moyens neufs pour combattre le cancer, recherche génomique tranchante anticipée

L'université des scientifiques d'École de Médecine de la Virginie ont développé les moyens neufs importants qui faciliteront le combat contre la recherche génomique tranchante de cancer et à l'avance.

Chongzhi de l'UVA Zang, PhD, et ses collègues et stagiaires ont développé une méthode de calcul neuve pour tracer les configurations se pliantes de nos chromosomes dans trois cotes des données expérimentales. C'est important parce que la configuration du matériel génétique à l'intérieur de nos affects de chromosomes réellement comment nos gènes fonctionnent.

Dans le cancer, cette configuration peut aller mal, ainsi les scientifiques veulent comprendre l'architecture de génome des cellules saines et les cancéreuses. Ceci les aidera pour développer de meilleures voies de traiter et éviter le cancer, en plus d'avancer beaucoup d'autres domaines de recherche médicale.

Utilisant leurs approches neuves, Zang et ses collègues et stagiaires ont déjà déterré un trésor des informations utiles, et ils rendent leurs techniques et découvertes procurables à leurs scientifiques semblables. Pour avancer la cancérologie, ils ont même établi un site Web interactif qui rassemble leurs découvertes avec des immenses quantités de caractéristiques d'autres moyens. Ils disent leur nouveau site internet, bartcancer.org, peuvent fournir des « seules analyses » pour des chercheurs de cancer.

La configuration se pliante du génome est hautement dynamique ; elle change fréquemment et diffère de la cellule à la cellule. Notre méthode neuve vise à lier cette configuration dynamique au contrôle des activités de gène. Une meilleure compréhension de cette tige peut aider à se démêler l'origine génétique du cancer et d'autres maladies et peut guider le futur développement de médicament pour le médicament de précision. »

Chongzhi Zang, biologiste de calcul avec le centre pour la génomique de santé publique et le centre de lutte contre le cancer, université de système de santé de la Virginie

Pari sur BART

L'approche neuve de Zang à tracer le pliage de notre génome est BART3D appelé. Essentiellement, elle compare des caractéristiques de configuration en trois dimensions procurables environ une région d'un chromosome à plusieurs de ses voisins. Elle peut alors extrapoler de cette comparaison pour compléter des blancs dans les modèles du matériel génétique utilisant « l'analyse grippante pour le règlement de la transcription », ou de BART, un algorithme nouvel ils développés récemment.

Le résultat est un plan qui offre des analyses sans précédent dans la façon dont nos gènes agissent l'un sur l'autre avec « les régulateurs transcriptionnels » ce contrôle leur activité. En recensant ces scientifiques d'aides de régulateurs comprenez le quel tourne les gènes particuliers en marche et en arrêt - l'information ils peut employer dans le combat contre le cancer et d'autres maladies.

Les chercheurs ont établi un web server, BARTweb, pour offrir l'outil de BART à leurs scientifiques semblables.  Les essais ont expliqué que le serveur a surpassé plusieurs outils existants pour recenser les régulateurs transcriptionnels qui règlent les ensembles particuliers de gènes, les chercheurs enregistrent.

L'équipe d'UVA a également établi la base de données de cancer de BART pour avancer la recherche dans 15 types de cancer différents, y compris le sein, le poumon, côlorectal et cancer de la prostate. Les scientifiques peuvent rechercher la base de données interactive pour voir quels régulateurs sont plus en activité et ce qui sont moins en activité dans chaque cancer.

« Tandis qu'un chercheur de cancer peut parcourir notre base de données pour examiner les objectifs potentiels de médicament, n'importe quel savant en biomédecine peut employer notre web server pour analyser leurs propres caractéristiques génétiques, » Zang a dit. « Nous espérons que les outils et les moyens que nous développons pourront bénéficier la communauté entière de recherche biomédicale d'accélérer des découvertes scientifiques et le futur développement thérapeutique. »

Source:
Journal reference:

Thomas, Z. V., et al. (2021) BART Cancer: a web resource for transcriptional regulators in cancer genomes. NAR Cancer. doi.org/10.1093/narcan/zcab011.