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Gli scienziati sviluppano le nuove risorse per combattere il cancro, la ricerca di avanguardia di avanzamento di genomica

L'università di scienziati della scuola di medicina della Virginia ha sviluppato le nuove risorse importanti che aiuteranno la battaglia contro cancro ed avanzeranno la ricerca di avanguardia di genomica.

Il Chongzhi Zang, PhD ed i suoi colleghi e studenti di UVA ha messo a punto un nuovo metodo di calcolo per mappare i reticoli d'profilatura dei nostri cromosomi in tre dimensioni dai dati sperimentali. Ciò è importante perché la configurazione di materiale genetico dentro le nostre influenze dei cromosomi realmente come i nostri geni funzionano.

Nel cancro, quella configurazione può andare male, in modo dagli scienziati vogliono capire l'architettura del genoma sia delle celle in buona salute che di quelle cancerogene. Ciò li aiuterà per sviluppare i migliori modi trattare ed impedire il cancro, oltre ad avanzare molti altri campi di ricerca medica.

Facendo uso dei loro nuovi approcci, Zang ed i suoi colleghi e studenti già hanno dissotterrato un tesoro trovato di tesoro dei dati utili e stanno mettendo a disposizione le loro tecniche e risultati dei loro colleghi scienziati. Per avanzare la ricerca sul cancro, anche hanno costruito un sito Web interattivo che riunisce i loro risultati con i grandi importi dei dati da altre risorse. Dicono il loro nuovo sito Web, bartcancer.org, possono fornire “le comprensioni uniche„ per i ricercatori del cancro.

Il reticolo d'profilatura del genoma è altamente dinamico; cambia frequentemente e differisce dalla cella alla cella. Il nostro nuovo metodo mira a collegare questo reticolo dinamico al controllo delle attività di gene. Una migliore comprensione di questo collegamento può contribuire a disfare la causa genetica di cancro e di altre malattie e può guidare lo sviluppo futuro della droga per la medicina di precisione.„

Chongzhi Zang, biologo di calcolo con il centro per genomica di salute pubblica e Cancro concentra, università di sistema di salubrità della Virginia

Scommessa su BART

Il nuovo approccio di Zang a mappare la piegatura del nostro genoma è chiamato BART3D. Essenzialmente, paragona i dati di configurazione tridimensionali disponibili circa una regione di cromosoma a molti dei sui vicini. Può poi estrapolare da questo confronto per riempire gli spazii in bianco nelle cianografie di materiale genetico facendo uso “dell'analisi legante per il regolamento di trascrizione„, o da BART, un algoritmo novello essi sviluppate di recente.

Il risultato è una mappa che offre le comprensioni senza precedenti in come i nostri geni interagiscono con “i regolatori trascrizionali„ quel controllo la loro attività. Identificando questi scienziati di guide dei regolatori capisca il che gira i geni particolari in funzione e a riposo - le informazioni essi possono utilizzare nella battaglia contro cancro ed altre malattie.

I ricercatori hanno sviluppato un web server, BARTweb, per offrire lo strumento di BART ai loro colleghi scienziati.  Le esecuzioni dei test hanno dimostrato che il " server " ha superato parecchi strumenti attuali per l'identificazione dei regolatori trascrizionali che gestiscono gli insiemi particolari dei geni, i ricercatori riferisce.

Il gruppo di UVA egualmente ha sviluppato il database del Cancro di BART per avanzare la ricerca su 15 tipi differenti di cancri, compreso il petto, il polmone, colorettale e carcinoma della prostata. Gli scienziati possono cercare il database interattivo per vedere quali regolatori sono più attivo e quale sono meno attivo in ogni cancro.

“Mentre un ricercatore del cancro può passare in rassegna il nostro database per schermare gli obiettivi potenziali della droga, tutto lo scienziato biomedico può usare il nostro web server per analizzare i loro propri dati genetici,„ Zang ha detto. “Speriamo che gli strumenti e le risorse che ci sviluppiamo possano avvantaggiare la comunità di ricerca biomedica di tutto accelerando le scoperte scientifiche e lo sviluppo terapeutico futuro.„

Source:
Journal reference:

Thomas, Z. V., et al. (2021) BART Cancer: a web resource for transcriptional regulators in cancer genomes. NAR Cancer. doi.org/10.1093/narcan/zcab011.