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Os cientistas desenvolvem recursos novos para combater o cancro, pesquisa pioneiro avançada da genómica

A universidade de cientistas da Faculdade de Medicina de Virgínia desenvolveu os recursos novos importantes que ajudarão à batalha contra o cancro e avançarão a pesquisa pioneiro da genómica.

O Chongzhi Zang, PhD, e seus colegas e estudantes de UVA desenvolveu um método computacional novo para traçar os testes padrões de dobramento de nossos cromossomas em três dimensões dos dados experimentais. Isto é importante porque a configuração do material genético dentro de nossas influências dos cromossomas realmente como nossos genes trabalham.

No cancro, essa configuração pode ir mal, assim que os cientistas querem compreender a arquitetura do genoma pilhas saudáveis e das cancerígenos. Isto ajudá-los-á a desenvolver melhores maneiras de tratar e impedir o cancro, além do que o avanço de muitas outras áreas de investigação médica.

Usando suas aproximações novas, Zang e seus colegas e estudantes têm desenterrado já um tesouro achado de dados úteis, e está fazendo seus técnicas e resultados disponíveis a seus cientistas companheiros. Para avançar a investigação do cancro, construíram mesmo um Web site interactivo que reunisse seus resultados com vastas quantidades de dados de outros recursos. Dizem seu Web site novo, bartcancer.org, podem fornecer “introspecções originais” para pesquisadores do cancro.

O teste padrão de dobramento do genoma é altamente dinâmico; muda freqüentemente e difere da pilha à pilha. Nosso método novo aponta ligar este teste padrão dinâmico ao controle de actividades de gene. Uma compreensão melhor desta relação pode ajudar a desembaraçar a causa genética do cancro e das outras doenças e pode guiar a revelação futura da droga para a medicina da precisão.”

Chongzhi Zang, biólogo computacional com centro para a genómica da saúde pública e cancro centra-se, universidade do sistema da saúde de Virgínia

Aposta no BARONETE

A aproximação nova de Zang a traçar a dobradura de nosso genoma é chamada BART3D. Essencialmente, compara dados de configuração tridimensionais disponíveis aproximadamente uma região de um cromossoma com os muitos de seus vizinhos. Pode então extrapolar desta comparação para preencher placas nos modelos do material genético usando “a análise obrigatória para o regulamento da transcrição”, ou de BARONETE, um algoritmo que novo desenvolveram recentemente.

O resultado é um mapa que ofereça introspecções inauditas em como nossos genes interagem com “os reguladores transcricionais” esse controle sua actividade. Identificando estes cientistas das ajudas dos reguladores compreenda o que desliga genes particulares sobre e - a informação eles pode se usar na batalha contra o cancro e as outras doenças.

Os pesquisadores construíram um web server, BARTweb, para oferecer a ferramenta do BARONETE a seus cientistas companheiros.  Os ensaios demonstraram que o server outperformed diversas ferramentas existentes para identificar os reguladores transcricionais que controlam grupos particulares de genes, os pesquisadores relata.

A equipe de UVA igualmente construiu a base de dados do cancro do BARONETE para avançar a pesquisa em 15 tipos diferentes de cancro, incluindo o peito, o pulmão, o colorectal e cancro da próstata. Os cientistas podem procurarar a base de dados interactiva para ver que reguladores são mais activos e quais são menos activos em cada cancro.

“Quando um pesquisador do cancro puder consultar nossa base de dados para seleccionar alvos potenciais da droga, todo o cientista biomedicável pode usar nosso web server para analisar seus próprios dados genéticos,” Zang disse. “Nós esperamos que as ferramentas e os recursos que nós desenvolvemos podem beneficiar a comunidade de pesquisa biomedicável do todo acelerando descobertas científicas e a revelação terapêutica futura.”

Source:
Journal reference:

Thomas, Z. V., et al. (2021) BART Cancer: a web resource for transcriptional regulators in cancer genomes. NAR Cancer. doi.org/10.1093/narcan/zcab011.