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Los científicos desarrollan nuevos recursos para combate el cáncer, investigación punta anticipada de la genómica

La universidad de los científicos de la Facultad de Medicina de Virginia ha desarrollado los nuevos recursos importantes que ayudarán a la batalla contra cáncer y avance la investigación punta de la genómica.

Chongzhi Zang, doctorado, y sus colegas y estudiantes de UVA ha desarrollado un nuevo método de cómputo para correlacionar las configuraciones que doblaban de nuestros cromosomas en tres dimensiones de datos experimentales. Esto es importante porque la configuración del material genético dentro de nuestras influencias de los cromosomas real cómo nuestros genes trabajan.

En cáncer, esa configuración puede salir mal, así que los científicos quieren entender la configuración del genoma de células sanas y las cacerígenas. Esto les ayudará para desarrollar mejores maneras de tratar y de prevenir el cáncer, además de avance muchas otras áreas de la investigación médica.

Usando sus nuevas aproximaciones, Zang y sus colegas y estudiantes han desenterrado ya un tesoro de datos útiles, y están poniendo sus técnicas y conclusión a disposición sus científicos compañeros. Para avance la investigación de cáncer, incluso han construido un Web site interactivo que reúne sus conclusión con granes cantidades de datos de otros recursos. Dicen su nuevo Web site, bartcancer.org, pueden ofrecer “discernimientos únicos” para los investigadores del cáncer.

La configuración que dobla del genoma es altamente dinámica; cambia con frecuencia y difiere de la célula a la célula. Nuestro nuevo método apunta conectar esta configuración dinámica al mando de las actividades de gen. Una mejor comprensión de este eslabón puede ayudar a desenredar la causa genética del cáncer y de otras enfermedades y puede conducir el revelado futuro de la droga para el remedio de la precisión.”

Chongzhi Zang, biólogo de cómputo con el centro para la genómica de la salud pública y cáncer centra, universidad del sistema de la salud de Virginia

Apuesta en BARONET

La nueva aproximación de Zang a correlacionar el plegamiento de nuestro genoma se llama BART3D. Esencialmente, compara datos de configuración tridimensionales disponibles cerca de una región de un cromosoma con muchos de sus vecinos. Puede entonces extrapolar de esta comparación para completar espacios en blanco en las heliografías del material genético usando el “análisis obligatorio para la regla de la transcripción”, o del BARONET, un algoritmo nuevo ellos recientemente desarrollada.

El resultado es un mapa que ofrece discernimientos sin precedentes en cómo nuestros genes obran recíprocamente con los “reguladores transcriptivos” ese mando su actividad. Determinando a estos científicos de las ayudas de los reguladores entienda qué gira genes determinados por intervalos - la información ellos puede utilizar en la batalla contra cáncer y otras enfermedades.

Los investigadores han construido un web server, BARTweb, para ofrecer la herramienta del BARONET a sus científicos compañeros.  Las pruebas demostraron que el servidor superó varias herramientas existentes para determinar los reguladores transcriptivos que controlan equipos determinados de genes, los investigadores denuncia.

Las personas de UVA también construyeron la base de datos del cáncer del BARONET para avance la investigación en 15 diversos tipos de cáncer, incluyendo cáncer del pecho, del pulmón, colorrectal y de próstata. Los científicos pueden explorar la base de datos interactiva para ver qué reguladores son más activos y cuáles son menos activos en cada cáncer.

“Mientras que un investigador del cáncer puede hojear nuestra base de datos para revisar objetivos potenciales de la droga, cualquier científico biomédico puede utilizar nuestro web server para analizar sus propios datos genéticos,” Zang dijo. “Esperamos que las herramientas y los recursos que desarrollamos puedan beneficiar a la comunidad de investigación biomédica del conjunto acelerando descubrimientos científicos y el revelado terapéutico futuro.”

Source:
Journal reference:

Thomas, Z. V., et al. (2021) BART Cancer: a web resource for transcriptional regulators in cancer genomes. NAR Cancer. doi.org/10.1093/narcan/zcab011.