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Le scientifique de riz gagne la concession de NIH pour modéliser et analyser des interactions de protéine-ligand dans la cancérologie

L'informaticien Lydia Kavraki de l'école de Brown de Rice University du bureau d'études a gagné les instituts nationaux prestigieux de la concession de la santé U01 pour développer une approche neuve pour modéliser et analyser des interactions de protéine-ligand dans la cancérologie.

L'objectif final est de produire un ensemble d'outils de protéomique, PROTEAN-CR, concentré sur l'analyse de la structure des interactions de protéine-ligand. Les chercheurs emploieront PROTEAN-CR pour comprendre les mécanismes biologiques principaux du cancer ainsi que pour proposer des traitements du cancer nouveaux. Les projets-pilotes comprendront la vaccination de cancer et l'analyse basées sur peptide des mutations dans le cadre de l'immunothérapie basée par lymphocyte T.

Le de trois ans, la concession $1,2 millions de l'Institut national du cancer (NCI) avancera la collaboration actuelle de Kavraki avec le Co-chercheur Gregory Lizee au centre de lutte contre le cancer de DM Anderson d'Université du Texas.

Dans le cancer, les protéines peuvent souffrir les modifications qui favorisent la maintenance et la prolifération des cellules malignes. Une voie de combattre le cancer emploie des ligands avec les propriétés antitumorales pour empêcher ces protéines. Mais la découverte des molécules avec les propriétés anticancéreuses n'est pas facile. Il y a des centaines de milliers de différentes protéines et de ligands possibles à évaluer. Les protéines et les ligands peuvent assumer différentes conformations en trois dimensions, et même la même protéine peut avoir des mutations multiples ; ces deux éditions affectent le grippement de protéine-ligand. Kavraki a dit que PROTEAN-CR est nécessaire à cause de ces défis et d'un écartement persistant de la connaissance avec des analyses de la structure des interactions de protéine-ligand.

Kavraki, professeur de Noé Harding du riz de l'informatique, un professeur de la bio-ingénierie, l'industrie mécanique et élém. élect. et ingénierie informatique, et directeur de l'institut de Ken Kennedy, ont indiqué que l'objectif à long terme de la concession U01 est d'activer l'analyse de la structure grande des interactions de protéine-ligand ainsi les chercheurs de cancer peuvent mélanger, apparier et vérifier de petites molécules antitumorales pour des traitements du cancer personnalisés.

PROTEAN-CR permettra également à des chercheurs de manipuler les structures 3D des molécules connues et de leurs formes possibles, le facilitant pour que les chercheurs examinent les composés possibles de protéine-ligand et pour prévoient à comment ils gripperont et détruiront des cellules tumorales. Pour évaluer les meilleurs modes obligatoires, des méthodes d'apprentissage automatique seront employées pour produire des fonctionnements de rayure neufs. PROTEAN-CR également sera publiquement - les bases de données biologiques procurables reliées pour rechercher l'information actualisée sur des mutations et des modifications de protéine.

Kavraki a dit que son approche inspirée par la science unifiée de caractéristiques accélérera la cancérologie en complétant le mouillé-laboratoire et les études cliniques. Les collaborateurs complémentaires incluent Dinler Antunes chez l'Université de Houston et le Jin Wang à l'université de Baylor du médicament.

Il y a un écartement réel en comportant l'analyse de la structure de grande puissance pour comprendre le rôle des protéines et des interactions de protéine-ligand dans les maladies complexes telles que le cancer. Notre travail comblera cette lacune et complétera les outils qui sont actuel à l'étude par le programme de l'informatique du NCI. »

Lydia Kavraki, informaticien, école de Brown de Rice University du bureau d'études

Le laboratoire de Kavraki a déjà développé des fonctionnements de faisceau d'un certain PROTEAN-CR par un web server de prototype vérifié par des chercheurs de DM Anderson pour des applications de découverte de médicaments et d'immunothérapie. Depuis mars 2017, il a eu plus de 9.752 utilisateurs uniques de 109 pays.