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Lo scienziato del riso estrae la concessione di NIH per modellare ed analizzare le interazioni del proteina-legante nella ricerca sul cancro

L'informatico Lydia Kavraki del banco marrone di Rice University di assistenza tecnica ha estratto istituti nazionali prestigiosi della concessione di salubrità U01 per sviluppare un nuovo approccio per modellare ed analizzare le interazioni del proteina-legante nella ricerca sul cancro.

Lo scopo finale è di creare un toolkit di proteomics, PROTEAN-CR, messo a fuoco sull'analisi strutturale delle interazioni del proteina-legante. I ricercatori useranno PROTEAN-CR per capire i meccanismi biologici chiave di cancro come pure per suggerire le terapie innovarici del cancro. I progetti pilota comprenderanno a vaccinazione del cancro ed all'l'analisi basate a peptide delle mutazioni nel contesto di immunoterapia basata cellula T.

Il triennale, concessione $1,2 milioni dall'istituto nazionale contro il cancro (NCI) avanzerà la collaborazione in corso di Kavraki con il co-ricercatore Gregory Lizee al centro del Cancro di Anderson di MD dell'università del Texas.

Nel cancro, le proteine possono soffrire le modifiche che favoriscono il mantenimento e la proliferazione delle celle maligne. Un modo combattere il cancro sta usando i leganti con i beni antitumorali per inibire queste proteine. Ma la scoperta delle molecole con i beni anticancro non è facile. Ci sono centinaia di migliaia di proteine differenti e di leganti possibili da valutare. Le proteine ed i leganti possono presupporre le conformazioni tridimensionali differenti e perfino la stessa proteina può avere mutazioni multiple; entrambe queste emissioni pregiudicano l'associazione del proteina-legante. Kavraki ha detto che PROTEAN-CR è necessario a causa di queste sfide e di uno spazio persistente di conoscenza con le analisi strutturali delle interazioni del proteina-legante.

Kavraki, professore del Noè Harding del riso dell'informatica, un professore della bioingegneria, l'ingegneria ed elettrico meccanici e ingegneria informatica e Direttore dell'istituto di KEN Kennedy, hanno detto che lo scopo a lungo termine della concessione U01 è di permettere alla vasta analisi strutturale delle interazioni del proteina-legante in modo dai ricercatori del cancro possono mescolare, abbinare e provare le piccole molecole antitumorali a terapie personali del cancro.

PROTEAN-CR egualmente permetterà che i ricercatori manipolino le strutture 3D delle molecole conosciute e dei loro moduli possibili, rendente lo più facile affinchè i ricercatori schermi i complessi possibili del proteina-legante e predire a come legheranno e distruggeranno le celle del tumore. Per valutare i migliori modi obbligatori, i metodi di apprendimento automatico saranno usati per creare le nuove funzioni di segnatura. PROTEAN-CR egualmente sarà - database biologici disponibili collegati per recuperare pubblicamente le informazioni aggiornate sulle mutazioni e sulle modifiche della proteina.

Kavraki ha detto che il suo dal approccio ispirato da scienza unificato di dati accelererà la ricerca sul cancro complementando il bagnato-laboratorio e gli studi clinici. I collaboratori supplementari includono Dinler Antunes all'università di Houston e di Jin Wang all'istituto universitario di Baylor di medicina.

C'è uno spazio reale nel comprendere l'analisi strutturale su grande scala per capire il ruolo delle proteine e le interazioni del proteina-legante nelle malattie complesse quale cancro. Il nostro lavoro colmerà questa lacuna e complementerà gli strumenti che sono corrente in via di sviluppo con il programma dell'informatica del NSC.„

Lydia Kavraki, informatico, il banco marrone di Rice University di assistenza tecnica

Il laboratorio di Kavraki già ha sviluppato le funzioni di memoria di qualche PROTEAN-CR con un web server del prototipo che è provato dai ricercatori di Anderson di MD ad applicazioni di scoperta e di immunoterapia della droga. Dal marzo 2017, ha avuto più di 9.752 utenti unici da 109 paesi.