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El científico del arroz gana la concesión de NIH para modelar y para analizar acciones recíprocas del proteína-ligand en la investigación de cáncer

El informático Lydia Kavraki de la escuela de Brown de Rice University de la ingeniería ha ganado los institutos nacionales prestigiosos de la concesión de la salud U01 para desarrollar una nueva aproximación para modelar y para analizar acciones recíprocas del proteína-ligand en la investigación de cáncer.

El objetivo final es crear una caja de herramientas del proteomics, PROTEAN-CR, centrado en el análisis estructural de las acciones recíprocas del proteína-ligand. Los investigadores utilizarán PROTEAN-CR para entender los mecanismos biológicos dominantes del cáncer así como para sugerir terapias nuevas del cáncer. Los proyectos pilotos incluirán la vacunación del cáncer y el análisis péptido-basados de mutaciones en el contexto de inmunoterapia basada linfocito T.

El de tres años, la concesión $1,2 millones del Instituto Nacional del Cáncer (NCI) avance la colaboración en curso de Kavraki con el co-investigador Gregory Lizee en el Doctor en Medicina centro de la Universidad de Texas del cáncer de Anderson.

En cáncer, las proteínas pueden sufrir las modificaciones que favorecen el mantenimiento y la proliferación de células malas. Una manera de luchar el cáncer está utilizando ligands con las propiedades antitumores para inhibir estas proteínas. Pero el descubrimiento de moléculas con las propiedades anticáncer no es fácil. Hay cientos de miles de diversas proteínas y de ligands posibles a fijar. Las proteínas y los ligands pueden asumir diversas conformaciones tridimensionales, e incluso la misma proteína puede tener mutaciones múltiples; ambas estas entregas afectan al atascamiento del proteína-ligand. Kavraki dijo que PROTEAN-CR es necesario debido a estos retos y un entrehierro persistente del conocimiento con análisis estructurales de las acciones recíprocas del proteína-ligand.

Kavraki, el profesor de Noah Harding del arroz de informática, un profesor de la bioingeniería, ingeniería y eléctrico industriales y ingeniería informática, y director del instituto de Ken Kennedy, dijeron que la meta a largo plazo de la concesión U01 es habilitar el análisis estructural amplio de las acciones recíprocas del proteína-ligand así que los investigadores del cáncer pueden mezclar, igualar y probar las pequeñas moléculas antitumores para las terapias personalizadas del cáncer.

PROTEAN-CR también permitirá que los investigadores manipulen las estructuras 3D de moléculas sabidas y de sus formas posibles, haciéndolo más fácil para que los investigadores revisen complejos posibles del proteína-ligand y predigan a cómo atarán y destruirán las células del tumor. Para fijar las mejores maneras obligatorias, los métodos del aprendizaje de máquina serán utilizados para crear nuevas funciones de rayado. PROTEAN-CR también será - bases de datos biológicas disponibles enlazadas para extraer público la información actualizada sobre mutaciones y modificaciones de la proteína.

Kavraki dijo que su aproximación ciencia-inspirada los datos unificada acelerará la investigación de cáncer complementando el mojado-laboratorio y estudios clínicos. Los colaboradores adicionales incluyen Dinler Antunes en la universidad de Houston y de Jin Wang en la universidad de Baylor del remedio.

Hay un entrehierro real en la incorporación de análisis estructural en grande para entender el papel de proteínas y acciones recíprocas del proteína-ligand en enfermedades complejas tales como cáncer. Nuestro trabajo llenará este entrehierro y complementará las herramientas que están actualmente en el revelado con el programa de la informática del NCI.”

Lydia Kavraki, informático, escuela de Brown de Rice University de la ingeniería

El laboratorio de Kavraki ha desarrollado ya funciones de la base de algún PROTEAN-CR con un web server del prototipo que era probado por el Doctor en Medicina investigadores de Anderson para los usos del descubrimiento y de la inmunoterapia de la droga. Desde marzo de 2017, ha tenido más de 9.752 utilizadores únicos a partir de 109 países.