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Mutations distinctes de protéine de pointe dans la variante SARS-CoV-2 en Russie

Le coronavirus 2 (SARS-CoV-2), l'agent causal de syndrôme respiratoire aigu sévère pour le coronavirus 2019 pandémies (COVID-19), a a duré environ une année et demie, avec plus de 173 millions de mondial rapporté d'infections.

Malgré avoir acquis et recensé un grand nombre de séquences et de variantes génétiques depuis le début de la pandémie, les scientifiques relèvent toujours le défi de recenser des variantes neuves de préoccupation.

Les variants génétiques de la préoccupation comprennent le R-U (20I/501Y), le Brésil (20J/501Y.V3), et l'Afrique du Sud (20H/501Y.V2).

Supplémentaire, une variante nouvelle a été récent caractérisée par des chercheurs de Russie dans les virus de tourillon. La variante, d'abord découverte en janvier 2021 en Russie du nord-ouest, est caractérisée par des mutations distinctes de protéine de pointe.

Génétique de SARS-CoV-2

Les informations disponibles au sujet de la diversité génétique de SARS-CoV-2 en Russie sont relativement conservatrices parce que seulement un numéro limité des séquences ont été téléchargés aux bases de données génétiques telles que le GenBank de NCBI et le GISAID.

La base de données GISAID a donné que les variants génétiques les plus courants en Russie appartiennent au clade 20B.

Le virus SARS-CoV-2 se compose des gènes tels que S, E, M et N, qui codent des protéines de structure, avec les régions du cadre ouvert de lecture 1a et du cadre ouvert de lecture 1B codant les protéines non-structurelles comprenant la protéase 3 comme une chymotrypsine, la protéase comme une papaïne, et la polymérase ARN ARN-dépendante.

La protéine de S comprend un N-terminus extracellulaire, un domaine de transmembrane dans la membrane virale et un C-terminus intracellulaire court ; cette protéine peut subir le réarrangement structurel quand le virus SARS-CoV-2 agit l'un sur l'autre avec la cellule hôte, permettant au virus de protéger par fusible avec la membrane de cellule hôte.

Les auteurs de cet article décrivent les résultats de deux séquences de génome exécutées pendant des études courantes de la diversité génétique des variantes trouvées en Russie du nord-ouest, qui se sont avérées génétiquement différentes si comparées au gène qui code la protéine des virus.

Découvertes

L'analyse des séquences génétiques obtenues illustre des mutations distinctes dans deux séquences situées dans le gène de glycoprotéine de pointe. Ces mutations les deux comprennent une omission de 27 nucléotides aux positions 21,967-21,993 et une mise en place de 12 nucléotides aux positions 23,598-23,599.

Modèle structurel de protéine de la variante SARS-CoV-2 S, tension SPb-117 (nanowatt), basée sur l
Modèle structurel de protéine de la variante SARS-CoV-2 S, tension SPb-117 (nanowatt), basée sur l'APB : structure 7cwu.1 [24]. Les flèches noires indiquent les positions des mutations principales de la tension décrite : l'omission de neuf acides aminés, C136_Y144del (résidus Wuhan-Hu-1 numérotés par tension) ; et la mise en place de quatre acides aminés, N679delinsKGIAL. Mensonge de les deux mutations dans des régions saillantes du réseau acide aminé.

La caractéristique distinctive principale de la variante russe du nord-ouest est une différence dans la composition acide aminée de protéine de S, cependant, ces modifications n'affectent pas la structure générale de la protéine.

En outre, d'autres analyses ont indiqué les mutations qui ont affecté les sites de clivage du variable, affectant son entrée dans la cellule hôte, ainsi que mutations affectant la vésicule clathrin-enduite, qui a pu avoir affecté l'entrée virale.

L'importance de la formation clathrin-enduite de vésicule se situe dans son rôle important dans la circulation vésiculaire qui atteint le compartiment endosomal. Le grippement du virus à l'enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (ACE2) active la formation des piqûres clathrin-enduites ; c'est significatif pour l'endocytose clathrin-assistée employée par SARS-CoV-2, comme confirmé par une étude 2021 mentionnée en cet article.

La recherche décrit l'identification d'une variante SARS-CoV-2 neuve et non documentée jusqu'ici, que nous avons nommée la variante du nord-ouest (variante de nanowatt). À la lumière des différences important dans la région extérieure de la protéine de S, il peut supposer que les propriétés de la variante de nanowatt seront sensiblement différentes de ceux des autres variantes. Ainsi, la variante de nanowatt pourrait être une variante de préoccupation (VOC). Cependant, cette supposition doit être examinée plus rigoureusement.

La caractérisation de cette variante russe du nord-ouest nouvelle est intégrale pour l'entretien de la recherche globale dans des variantes apparaissantes par la communauté de la science afin d'avec compétence comprendre et traiter l'infection effectivement. Ces mutations génétiques activent plus de connaissance sur la façon dont les travaux de virus et de quelles voies les variantes subissent une mutation le virus de faisceau. Il avisera la recherche des vaccins et la thérapeutique nouvelle qui peut être effectuée pour s'assurer ces mutations génétiques sont également considérées.

Les chercheurs ont montré comment les mutations génétiques de deux séquences SARS-CoV-2 affectent le gène de la protéine de pointe, qui peut changer l'affinité des récepteurs en ACE2.

Journal reference:
  • Gladkikh, A., Dolgova, A., Dedkov, V., Sbarzaglia, V., Kanaeva, O., Popova, A. and Totolian, A., 2021. Characterization of a Novel SARS-CoV-2 Genetic Variant with Distinct Spike Protein Mutations. Viruses, 13(6), p.1029. https://www.mdpi.com/1999-4915/13/6/1029
Marzia Khan

Written by

Marzia Khan

Marzia Khan is a lover of scientific research and innovation. She immerses herself in literature and novel therapeutics which she does through her position on the Royal Free Ethical Review Board. Marzia has a MSc in Nanotechnology and Regenerative Medicine as well as a BSc in Biomedical Sciences. She is currently working in the NHS and is engaging in a scientific innovation program.

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