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A técnica nova usa a alto-produção que arranja em seqüência para obter imagens da ultra-alto-definição da expressão genética

Os 30.000 ou assim os genes que compo o genoma humano contêm as instruções vitais à vida. Contudo cada um de nossas pilhas expressa somente um subconjunto destes genes no seu funcionamento diário. A diferença entre uma pilha do coração e uma pilha de fígado, por exemplo, é determinada por que os genes são expressados--e a expressão correcta dos genes pode significar a diferença entre a saúde e a doença.

Até recentemente, os pesquisadores que investigam os genes que são a base da doença foram limitados porque as técnicas de imagem lactente tradicionais permitem somente o estudo de um punhado dos genes em um momento.

Uma técnica nova desenvolveu daqui até junho o Lee de Hee, o Ph.D., e a sua equipe na Faculdade de Medicina da Universidade do Michigan, parte da medicina de Michigan, alto-produção dos usos que arranja em seqüência, em vez de um microscópio, para obter imagens da ultra-alto-definição da expressão genética de uma corrediça do tecido.

A tecnologia, que chamam Segs.-Espaço, permite um pesquisador de considerar pilhas de cada gene e estruturas expressadas, também únicas dentro daquelas pilhas, em incredibly de alta resolução: 0,6 micrômetros ou 66 vezes menores do que um cabelo humano--métodos actuais batendo por ordens de grandeza múltiplos.

Sempre que um patologista obtem uma amostra de tecido, mancham-na e olham-na sob o microscópio--é como diagnosticam a doença. Em vez de fazer isso, com nosso método novo, nós fizemos um microdevice que você pudesse overlay com uma amostra e uma seqüência de tecido tudo dentro dele com um código de barras com coordenadas espaciais.”

Lee de junho Hee, Ph.D., professor adjunto, departamento da fisiologia molecular & Integrative

Cada código de barras assim chamado é compo de uma seqüência de nucleotide--o teste padrão de A, T, G, um C--encontrado no ADN. Usando estes códigos de barras, um computador pode encontrar cada gene dentro de uma amostra de tecido, criando a Google-como a base de dados de todos os mRNAs transcritos do genoma.

Os “povos têm tentado fazer este com outros métodos, tais como microprinting, microbeads ou dispositivos microfluidic, mas devido às limitações tecnologicos, sua definição estêve a uma distância de 20-100 micrômetros. Nessa definição você não pode realmente ver o nível de detalhe necessário para diagnosticar doenças,” Lee disse.

O Lee adiciona que a tecnologia tem o potencial criar uma maneira sistemática imparcial de analisar genes.

“Sempre que nós fazemos a ciência, nós tivemos que fazer uma hipótese sobre o papel de dois ou três genes, mas agora nós temos dados genoma-largos na escala microscópica e muito mais conhecimento sobre o que está indo sobre o interior que tecido do paciente ou de animal do modelo.”

Este conhecimento poderia ser usado para fornecer a introspecção em porque determinados pacientes respondem a determinadas drogas quando outro não fizerem, disseram o Lee.

A equipe demonstrou a eficácia da utilização da técnica normal e as pilhas de fígado doentes, identificando com sucesso pilhas de fígado de morte, seu cerco inflamaram pilhas imunes e pilhas de fígado com expressão genética alterada.

“Esta tecnologia mostrou realmente muitas características patológicas conhecidas que os povos têm descoberto previamente mas igualmente muitos genes que são regulados em uma maneira nova que seja não reconhecida previamente,” disse o Lee. Do “a tecnologia Segs.-Espaço, combinada com o outro único RNA da pilha que arranja em seqüência técnicas, podia acelerar descobertas científicas e podia conduzir a um paradigma novo no diagnóstico molecular.”

Source:
Journal reference:

Cho, C-S., et al. (2021) Microscopic examination of spatial transcriptome using Seq-Scope. Cell. doi.org/10.1016/j.cell.2021.05.010.