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Délais et programme génomique de contrôle du coup SARS-CoV-2 de manques

Peu après que le coronavirus nouveau SARS-CoV-2 (le coronavirus de syndrôme respiratoire aigu sévère 2) a commencé à répartir le monde, menant à la pandémie dévastatrice de la maladie 2019 (COVID-19) de coronavirus, les premières séquences était publié. Depuis lors, le contrôle génomique du virus a été un outil indispensable pour maintenir neuf et probablement des variantes plus virulentes ou plus transmissibles au fur et à mesure qu'elles apparaissent et écartent.

Une étude neuve de l'institut de la bio-informatique et de la biotechnologie appliquée (IBAB), Bengaluru, Inde, fournit une synthèse d'à quel point ce mécanisme important de surveillance fonctionne autour du monde. L'équipe a relâché leurs découvertes comme prétirage sur le serveur de bioRxiv*.

Étude : Contrôle génomique national des tensions SARS-CoV-2. Crédit d
Étude : Contrôle génomique national des tensions SARS-CoV-2. Crédit d'image : vchal/Shutterstock

Les bonnes pratiques en matière virales de contrôle par l'intermédiaire de l'ordonnancement génomique dépendent de l'existence d'une plate-forme courante d'ouvert-accès qui effectue tous les génomes a ordonnancé jusqu'ici librement procurable aux chercheurs mondiaux.

Même au début, les chercheurs COVID-19 ont coopté le génome de virus de la grippe partageant la plate-forme GISAID (initiative globale sur partager toutes les caractéristiques de grippe) pour déposer les séquences SARS-CoV-2 neuves.

C'est maintenant la plus grande plate-forme d'ouvert-accès en service, enregistrant des séquences génomique avec les corrélations cliniques et épidémiologiques de plus de 1,7 millions de tensions de SARS-CoV-2, lui effectuant l'organisme jamais le plus intensivement étudié.

Ceci a facilité l'identification de plusieurs variantes neuves, y compris la variante B.1.1.7 (alpha), d'abord recensée au R-U ; B.1.351 (bêta, vus d'abord en Afrique du Sud) ; B.1.1.28 ou P.1 (gamma ; d'abord au Brésil) ; B.1.617.2 (triangle) et B.1.617.1 (Kappa), les deux premiers en Inde ; P.3 (thêta ; d'abord aux Philippines) ; et B.1.427 et B.1.429 (epsilon ; d'abord aux Etats-Unis).

Cette plate-forme a aidé à analyser des séquences, à recenser des variantes apparaissantes en temps opportun, et à fournir les informations utiles aux gouvernements en danger pour former leurs polices. Dans la réaction, là a été un choeur concerté des scientifiques demandant l'ordonnancement accru mondial. Cependant, il y a un retard observable à soumettre des séquences à de tels portails, entravant leur utilité.

Les scientifiques dans cette étude ont pour cette raison proposé une mesure de ce délai, appelée le ramassage au délai de présentation (CSTlag) selon la tension.

Délais significatifs dans des séquences de chargement

Les valeurs médianes/de moyen CSTlag varient entre les pays, d'un jour à un an (ou même à plus).

Parmi les pays qui ont soumis mille génomes ou plus, le R-U a le moins délai (16 jours) avec approximativement 420.000 génomes soumis.

Pour d'autres pays européens, environ 590.000 génomes ont été déposés avec un retard de 25 jours. Les USA sont proches derrière, après avoir contribué presque 500.000 génomes avec le délai de 26 jours.

En Asie, le Japon a pris 79 jours (de médian) pour plus de 37.000 génomes. CSTlag de l'Inde était de 72 jours pour approximativement 16.000 génomes. Le Qatar, dans le Moyen-Orient, a téléchargé environ 2.200 génomes avec un retard médian de presque 290 jours. Réciproquement, Singapour a un retard médian de 26 jours pour approximativement 2.500 génomes.

Dans l'hémisphère sud, l'Australie et le Nouvelle-Zélande ont un retard de 40 et 51 jours, respectivement, pour 17.000 et 1.000 génomes, respectivement. L'Amérique du Sud a téléchargé plus de 18.000 génomes, à 61 jours, et l'Afrique 7.000 avec un retard médian de 50 jours.

Ordonnancement des régimes

Les scientifiques ont également évalué le régime du séquençage du génome selon le nombre total du cas COVID-19 et selon million de population, respectivement.

Proportionnellement au nombre de cas rapportés, l'Islande a ordonnancé un 77% impressionnant de tous les cas positifs, contre ~60% en Australie. Le Nouvelle-Zélande et le Danemark ont ordonnancé environ 40% et 35%, respectivement.

Le plus grand nombre de génomes sont venus des Etats-Unis, comme vu ci-dessus, et du R-U. Bien que l'Inde ait une population très grande de plus d'un milliard et ait été heurtée férocement par la deuxième onde, elle a ordonnancé un simple 0,05% d'entre eux.

Ce équiper de la configuration vue au-dessus de l'Asie, de l'Afrique et de l'Amérique du Sud, où ordonnançant des panneaux moins de 0,1% à 0,4% de cas. L'Europe a ordonnancé ~2%, Amérique du Nord 1,4%, mais Océanie 37%, des cas.

Régimes de ordonnancement basés sur la population

Regardant le régime de l'ordonnancement selon million de population, premiers pays du monde en (l'Europe et) fil Etats-Unis occidentaux le paquet, avec l'Israël et la Réunion, plus de 1.000 selon million de population. La moyenne nord-américaine est 600, contre 1.000 pour l'Europe, mais 600 pour Océanie.

En fait, les Etats-Unis et le Japon sont les seuls pays avec plus de 100 millions de personnes pour avoir ordonnancer des régimes au-dessus de 100 personnes selon million de population. Le Brésil est le prochain dans ce groupe, à 50, comparable à la totalité de l'Amérique du Sud. Réciproquement, l'Inde montre des 11 maigres, environ la moitié de la moyenne asiatique de 21, et plus près de la valeur africaine de 14.

Quelles sont les implications ?

Le CSTlag réfléchit la force de l'infrastructure locale de santé publique, reflétant le fonctionnement général du système de santé public. La collection témoin et l'enregistrement efficaces des méta-données, ainsi que la distribution douce à l'isolement et au séquençage du génome d'ARN centre, sont ainsi essentiels pour augmenter des capacités de ordonnancement génomiques.

Deuxièmement, l'absence ou la panne de tels systèmes dans des réglages d'inférieur-moyen ou d'inférieur-rendement est aggravée par la pénurie d'installations de biosecurity capables de traiter les agents pathogènes hautement infectieux tels que COVID-19 ou peut avoir seulement quelques uns, de nouveau contribuant aux délais.

Troisièmement, le financement est souvent heurté pendant des situations telles qu'une pandémie, avec des moyens étant détournés aux soins urgents et essentiels. Quatrièmement, les restrictions à l'importation sur des réactifs et le matériel exigé pour l'ordonnancement d'ARN peuvent davantage entraver ce domaine de recherche.

En conclusion, la confiance dans probablement des procédés périmés et plus chers peut encore empirer le délai plus. Plusieurs de ces facteurs sont connus pour fonctionner en Inde, par exemple, et exigeront la rectification.

Une sortie alternative peut être pour des partenariats niveau institutionnel couvrant la nouvelle base, plutôt que comptant sur des gouvernements locaux et nationaux pour les installations d'infrastructure. Ceci signifie un retard inévitable avant que ces systèmes soient en service.  

Au delà de l'ordonnancement réel, des téléchargements sont souvent retardés. « Il est susceptible que bien plus d'échantillons aient été ordonnancés que sont représentés dans GISAID. »

Ceci peut se produire d'un souhait pour maintenir le secret de recherches jusqu'aux papiers ou les brevets sont prêts pour la publication, un premier manque de compréhension d'importance de l'ordonnancement, ou même à cause du stigmate dominant lié aux noms des variantes appelées après les pays qui premier rapporté ils.

L'interférence politique a pu également avoir contribué jusqu'aux degrés significatifs, bien que ce soit, naturellement, l'eau sombre.

Celui que la cause, un retard dans l'enregistrement donne à l'heure variable d'écarter en travers des bordures nationales et même de subir d'autres mutations et d'apparaître en tant qu'autre tension totalement. Afin d'amortir ce phénomène, il est essentiel de recenser et déboucher ces, ordonnançant une proportion plus élevée de cas positifs et téléchargeant les séquences rapidement aux plates-formes d'ouvert-accès.

Les chercheurs écrivent :

Ceci permettra à des chercheurs en travers du globe de suivre les variantes évoluées, leurs mutations, épidémiologie, et conséquences biologiques, qui fourniront les données essentielles pour des politiques sanitaires publiques appropriées et efficaces. »

avis *Important

le bioRxiv publie les états scientifiques préliminaires qui pair-ne sont pas observés et ne devraient pas, en conséquence, être considérés comme concluants, guident la pratique clinique/comportement relatif à la santé, ou traité en tant qu'information déterminée.

Journal reference:
Dr. Liji Thomas

Written by

Dr. Liji Thomas

Dr. Liji Thomas is an OB-GYN, who graduated from the Government Medical College, University of Calicut, Kerala, in 2001. Liji practiced as a full-time consultant in obstetrics/gynecology in a private hospital for a few years following her graduation. She has counseled hundreds of patients facing issues from pregnancy-related problems and infertility, and has been in charge of over 2,000 deliveries, striving always to achieve a normal delivery rather than operative.

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