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More e programma genomica di sorveglianza di colpo SARS-CoV-2 delle scarsità

Presto dopo che il coronavirus novello SARS-CoV-2 (il coronavirus di sindrome respiratorio acuto severo 2) ha cominciato a diffondersi il mondo, piombo alla pandemia devastante della malattia 2019 (COVID-19) di coronavirus, le sequenze più iniziali è stato pubblicato. Da allora, la sorveglianza genomica del virus è stata uno strumento essenziale per tenersi al corrente di nuovo e possibilmente varianti più virulente o più ereditarie man mano che emergono e si spargono.

Un nuovo studio dall'istituto di bioinformatica e di biotecnologia applicata (IBAB), Bengaluru, India, fornisce una generalità di come questo meccanismo importante di video sta funzionando intorno al mondo. Il gruppo ha rilasciato i loro risultati come pubblicazione preliminare sul " server " del bioRxiv*.

Studio: Sorveglianza genomica estesa a tutto il paese degli sforzi SARS-CoV-2. Credito di immagine: vchal/Shutterstock
Studio: Sorveglianza genomica estesa a tutto il paese degli sforzi SARS-CoV-2. Credito di immagine: vchal/Shutterstock

Le buone pratiche virali di sorveglianza via l'ordinamento genomica dipendono dall'esistenza di una piattaforma comune di aperto Access che fa tutti i genoma ha ordinato finora liberamente disponibile ai ricercatori mondiali.

Molto all'inizio, i ricercatori COVID-19 hanno cooptato il genoma del virus dell'influenza che divide la piattaforma GISAID (iniziativa globale sulla divisione di tutti i dati di influenza) per depositare le nuove sequenze SARS-CoV-2.

Ciò ora è la più grande piattaforma di aperto Access in uso, memorizzando le sequenze genomiche con le componenti cliniche ed epidemiologiche di più di 1,7 milione sforzi di SARS-CoV-2, rendentegi l'organismo mai il più intensivamente studiato.

Ciò ha facilitato l'identificazione di parecchie nuove varianti, compreso la variante B.1.1.7 (alfa), in primo luogo identificata nel Regno Unito; B.1.351 (beta, veduto in primo luogo nel Sudafrica); B.1.1.28 o P.1 (gamma; in primo luogo nel Brasile); B.1.617.2 (delta) e B.1.617.1 (kappe), entrambi i prime in India; P.3 (teta; in primo luogo nelle Filippine); e B.1.427 e B.1.429 (epsilon; in primo luogo in U.S.A.).

Questa piattaforma ha contribuito ad analizzare le sequenze, identificare tempestivamente le varianti emergenti ed a fornire le informazioni utili ai governi al rischio per modellare le loro polizze. Nella risposta, ha stato un coro concordato degli scienziati che sollecitano l'ordinamento aumentato universalmente. Tuttavia, c'è una mora osservabile nella presentazione delle sequenze a tali portali, ostacolanti la loro utilizzabilità.

Gli scienziati in questo studio quindi hanno fornito una misura di questa mora, chiamata la raccolta al ritardo di osservazione (CSTlag) per sforzo.

More significative nel caricare le sequenze

I valori di media/mediani CSTlag variano fra i paesi, l'un giorno - un anno (o persino più).

Fra i paesi che hanno presentato mille o più genoma, il Regno Unito ha la meno mora (16 giorni) con circa 420.000 genoma presentati.

Per altri paesi europei, circa 590.000 genoma sono stati depositati con un ritardo dei 25 giorni. Gli Stati Uniti sono vicini dietro, contribuendo quasi 500.000 genoma con una mora dei 26 giorni.

In Asia, il Giappone ha richiesto (mediano) i 79 giorni per oltre 37.000 genoma. Il CSTlag dell'India era dei 72 giorni per circa 16.000 genoma. Il Qatar, in Medio Oriente, ha caricato circa 2.200 genoma con un ritardo mediano dei quasi 290 giorni. Per contro, Singapore ha un ritardo mediano dei 26 giorni per circa 2.500 genoma.

Nell'emisfero australe, l'Australia e la Nuova Zelanda hanno un ritardo del 40 e 51 giorno, rispettivamente, per 17.000 e 1.000 genoma, rispettivamente. Il Sudamerica si è caricato oltre 18.000 genoma, al 61 giorno e l'Africa 7.000 con un ritardo mediano dei 50 giorni.

Ordinamento delle tariffe

Gli scienziati egualmente hanno valutato la tariffa di sequenziamento del genoma per numero totale di caso COVID-19 e per milione popolazioni, rispettivamente.

Proporzionalmente al numero dei casi riferiti, l'Islanda ha ordinato un 77% impressionante di tutti i casi positivi, contro ~60% in Australia. La Nuova Zelanda e la Danimarca hanno ordinato circa 40% e 35%, rispettivamente.

Il più grande numero dei genoma è venuto da U.S.A., come veduto sopra e dal Regno Unito. Sebbene l'India abbia una popolazione molto grande oltre di un miliardo e sia stata colpita feroce dalla seconda onda, ha ordinato un mero 0,05% loro.

Questo misure con il reticolo ispezionato l'Asia, l'Africa ed il Sudamerica, dove ordinando i coperchi meno di 0,1% - 0,4% dei casi. Europa ha ordinato ~2%, America settentrionale 1,4%, ma Oceania 37%, dei casi.

Tariffe d'ordinamento basate sulla popolazione

Esaminando la tariffa di ordinamento per milione popolazioni, primi paesi del mondo (in Europa ed in cavo ad ovest di U.S.A.) il terrapieno, con l'Israele e la Riunione, oltre 1.000 per milione popolazioni. La media nordamericana è 600, contro 1.000 per Europa, ma 600 per Oceania.

Infatti, U.S.A. ed il Giappone sono i soli paesi con oltre 100 milione di persone per avere ordinamento delle tariffe sopra 100 persone per milione popolazioni. Il Brasile è il seguente in questo gruppo, a 50, comparabile al tutto del Sudamerica. Per contro, l'India mostra i 11 scarni, circa la metà della media asiatica di 21 e più vicino al valore africano di 14.

Che cosa sono le implicazioni?

Il CSTlag riflette la resistenza dell'infrastruttura locale di salute pubblica, rispecchiante il funzionamento generale del sistema di salute pubblica. La raccolta del campione e la registrazione efficienti dei meta dati come pure la consegna regolare all'isolamento ed al sequenziamento del genoma del RNA concentra, sono così essenziali per aumentare le capacità d'ordinamento genomiche.

Secondariamente, l'assenza o la ripartizione di tali sistemi nelle impostazioni di basso risparmio di temi o della basso risorsa è esacerbata dalla scarsità degli impianti di biosecurity capaci di manipolazione degli agenti patogeni altamente contagiosi quale COVID-19 o può avere soltanto alcuni, ancora contribuendo alle more.

In terzo luogo, costituire un fondo per è colpito spesso durante le tali situazioni come pandemia, con le risorse che sono deviate alla cura urgente ed essenziale. In quarto luogo, le restrizioni all'importazione sui reagenti e le attrezzature richieste per l'ordinamento del RNA possono più ulteriormente ostacolare questo campo di ricerca.

Per concludere, il ricorso possibilmente ai trattamenti antiquati e più costosi può peggiorare ancora la mora più. Molti di questi fattori sono conosciuti per funzionare in India, per esempio e richiederanno la correzione.

Un'uscita alternativa può essere per delle le associazioni livelle istituzionale che riguardano un nuovo terreno, piuttosto che contando sul locale e sui governi nazionali per gli impianti infrastrutturali. Ciò significa un ritardo inevitabile prima che questi sistemi siano in servizio.  

Oltre l'ordinamento reale, si carica spesso sono ritardati. “È probabile che molto più campioni sono stati ordinati che sono rappresentati in GISAID.„

Ciò può provenire da un desiderio per tenere il segreto della ricerca fino ai documenti o i brevetti sono pronti per la pubblicazione, una mancanza iniziale di comprensione di importanza di ordinamento, o persino a causa del marchio di infamia dominante connesso con i nomi delle varianti chiamate dopo i paesi che in primo luogo li hanno riferiti.

L'interferenza politica può anche contribuire nelle misure significative, sebbene questa sia, naturalmente, l'acqua oscura.

Qualunque la causa, un ritardo in segnalazione dà al momento variabile di spargersi attraverso le frontiere e perfino di subire ulteriori mutazioni e di emergere come altro sforzo complessivamente. Per inumidire questo fenomeno, è cruciale identificare ed eliminare queste ostruzioni, ordinanti una proporzione elevata dei casi positivi e caricare rapido le sequenze con piattaforme di aperto Access.

I ricercatori scrivono:

Ciò permetterà ai ricercatori attraverso il globo di tenere la carreggiata le varianti mutevoli, le loro mutazioni, epidemiologia e le conseguenze biologiche, che forniranno gli input cruciali per le politiche sanitarie di salute pubblica appropriate ed efficaci.„

avviso *Important

il bioRxiv pubblica i rapporti scientifici preliminari che pari-non sono esaminati e, pertanto, non dovrebbero essere considerati conclusivi, guida la pratica clinica/comportamento correlato con la salute, o trattato come informazioni stabilite.

Journal reference:
Dr. Liji Thomas

Written by

Dr. Liji Thomas

Dr. Liji Thomas is an OB-GYN, who graduated from the Government Medical College, University of Calicut, Kerala, in 2001. Liji practiced as a full-time consultant in obstetrics/gynecology in a private hospital for a few years following her graduation. She has counseled hundreds of patients facing issues from pregnancy-related problems and infertility, and has been in charge of over 2,000 deliveries, striving always to achieve a normal delivery rather than operative.

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