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Atrasos e programa genomic da fiscalização da batida SARS-CoV-2 das faltas

Logo depois que o coronavirus novo SARS-CoV-2 (coronavirus 2 da Síndrome Respiratória Aguda Grave) começou a espalhar sobre o mundo, conduzindo à pandemia devastador da doença 2019 do coronavirus (COVID-19), as seqüências as mais adiantadas foram publicadas. Desde então, a fiscalização genomic do vírus foi uma ferramenta essencial para manter-se a par de novo e possivelmente umas variações mais virulentos ou mais transmissíveis à medida que emerge e espalha.

Um estudo novo do instituto da bioinformática e da biotecnologia aplicada (IBAB), Bengaluru, Índia, fornece uma vista geral de como bom este mecanismo importante da monitoração está funcionando em todo o mundo. A equipe liberou seus resultados como uma pré-impressão no server do bioRxiv*.

Estudo: Fiscalização genomic a nível nacional das tensões SARS-CoV-2. Crédito de imagem: vchal/Shutterstock
Estudo: Fiscalização genomic a nível nacional das tensões SARS-CoV-2. Crédito de imagem: vchal/Shutterstock

As boas práticas virais da fiscalização através de arranjar em seqüência genomic dependem da existência de uma plataforma comum do aberto-acesso que faça todos os genomas arranje em seqüência até agora livremente disponível aos pesquisadores mundiais.

Muito no começo, os pesquisadores COVID-19 cooptaram o genoma do virus da gripe que compartilha da plataforma GISAID (iniciativa global em compartilhar todos os dados da gripe) para depositar as seqüências SARS-CoV-2 novas.

Esta é agora a plataforma a maior do aberto-acesso no uso, armazenando seqüências genomic com as correlações clínicas e epidemiológicas de mais de 1,7 milhão tensões de SARS-CoV-2, fazendo lhe o organismo nunca o mais intensiva estudado.

Isto facilitou a identificação de diversas variações novas, incluindo (alfa) a variação B.1.1.7, identificada primeiramente no Reino Unido; B.1.351 (beta, visto primeiramente em África do Sul); B.1.1.28 ou P.1 (gama; primeiramente em Brasil); B.1.617.2 (delta) e B.1.617.1 (Kappa), ambos os primeiro na Índia; P.3 (teta; primeiramente nas Filipinas); e B.1.427 e B.1.429 (épsilon; primeiramente nos EUA).

Esta plataforma ajudou a analisar seqüências, identificar em tempo oportuno variações emergentes, e a fornecer em risco a informação útil aos governos para dar forma a suas políticas. Na resposta, tem estado um coro ajustado dos cientistas que incitam arranjar em seqüência aumentado no mundo inteiro. Contudo, há um atraso perceptível em submeter seqüências a tais portais, impedindo de sua utilidade.

Os cientistas neste estudo vieram conseqüentemente acima com uma medida deste atraso, chamada a coleção à retardação de tempo da submissão (CSTlag) pela tensão.

Atrasos significativos em seqüências transferindo ficheiros pela rede

Os valores medianos/do meio CSTlag variam entre países, um dia a um ano (ou mesmo a mais).

Entre os países que submeteram mil ou mais genomas, o Reino Unido tem menos atraso (16 dias) com aproximadamente 420.000 genomas submetidos.

Para outros países europeus, aproximadamente 590.000 genomas foram depositados com uma retardação de 25 dias. Os E.U. são próximos atrás, contribuindo quase 500.000 genomas com um atraso de 26 dias.

Em Ásia, Japão tomou 79 dias (mediano) para mais de 37.000 genomas. O CSTlag da Índia era 72 dias para aproximadamente 16.000 genomas. Catar, no Médio Oriente, transferiu ficheiros pela rede aproximadamente 2.200 genomas com uma retardação mediana de quase 290 dias. Inversamente, Singapura tem uma retardação mediana de 26 dias para aproximadamente 2.500 genomas.

No hemisfério sul, Austrália e Nova Zelândia têm uma retardação de 40 e 51 dias, respectivamente, para 17.000 e 1.000 genomas, respectivamente. Ámérica do Sul transferiu ficheiros pela rede sobre 18.000 genomas, em 61 dias, e África 7.000 com uma retardação mediana de 50 dias.

Arranjando em seqüência taxas

Os cientistas igualmente avaliaram a taxa de genoma que arranja em seqüência pelo número total do caso COVID-19 e por milhão populações, respectivamente.

Em proporção ao número de casos relatados, Islândia arranjou em seqüência uns 77% impressionante de todos os casos positivos, contra ~60% em Austrália. Nova Zelândia e Dinamarca arranjaram em seqüência aproximadamente 40% e 35%, respectivamente.

O número o maior de genomas veio dos EUA, como considerado acima, e do Reino Unido. Embora a Índia tem uma população muito grande sobre de um bilhão e é batida feroz pela segunda onda, arranjou em seqüência um mero 0,05% dele.

Este ajustes com o teste padrão visto sobre Ásia, África e Ámérica do Sul, onde arranjando em seqüência as tampas menos de 0,1% a 0,4% dos casos. Europa arranjou em seqüência ~2%, America do Norte 1,4%, mas Oceania 37%, dos casos.

População-baseado arranjando em seqüência taxas

Olhando a taxa de arranjar em seqüência por milhão populações, primeiros países do mundo (em Europa e) no chumbo os EUA ocidentais o bloco, junto com Israel e reunião, sobre em 1.000 por milhão populações. A média norte-americana é 600, contra 1.000 para Europa, mas 600 para Oceania.

De facto, os EUA e o Japão são os únicos países com sobre 100 milhões de pessoas para ter arranjar em seqüência taxas acima de 100 povos por milhão populações. Brasil é o seguinte neste grupo, em 50, comparável ao todo de Ámérica do Sul. Inversamente, a Índia mostra uns insuficientes 11, sobre a metade da média do asiático de 21, e mais perto do valor africano de 14.

Que são as implicações?

O CSTlag reflecte a força da infra-estrutura local da saúde pública, espelhando o corredor geral do sistema da saúde pública. A coleção da amostra e a gravação eficiente dos metadata, assim como a entrega lisa ao isolamento e ao genoma do RNA que arranjam em seqüência centros, são assim essenciais aumentar capacidades arranjando em seqüência genomic.

Em segundo lugar, a ausência ou a divisão de tais sistemas em ajustes do baixo-recurso ou da baixo-eficiência são agravadas pela falta das facilidades do biosecurity capazes de tratar os micróbios patogénicos altamente infecciosos tais como COVID-19 ou podem ter somente alguns, outra vez contribuindo aos atrasos.

Em terceiro lugar, financiar é batido frequentemente durante situações como uma pandemia, com os recursos que estão sendo desviados ao cuidado urgente e essencial. Em quarto lugar, as limitações de importação em reagentes e o equipamento exigido para arranjar em seqüência do RNA podem mais impedir desta área de pesquisa.

Finalmente, a confiança possivelmente em processos antiquados e mais caros pode agravar o atraso ainda mais. Muitos destes factores são sabidos para operar-se na Índia, por exemplo, e exigirão a correcção.

Uma maneira alternativa para fora pode ser para as parcerias do institucional-nível que cobrem a nova base, um pouco do que confiando no local e nos governos nacionais para facilidades infraestruturais. Isto significa uma retardação inevitável antes que estes sistemas estejam em serviço.  

Além de arranjar em seqüência real, as transferências de ficheiro pela rede são atrasadas frequentemente. “É provável que distante mais amostras estiveram arranjadas em seqüência do que são representados em GISAID.”

Isto pode ser de um desejo para manter o segredo da pesquisa até papéis ou as patentes estão prontas para a publicação, uma falta inicial da compreensão da importância de arranjar em seqüência, ou mesmo devido ao estigma patente associado com os nomes das variações chamadas após os países que os relataram primeiramente.

A interferência política pode igualmente ter contribuído às extensões significativas, embora esta é, naturalmente, água escura.

O que quer que a causa, uma retardação no relatório dá ao momento variante de espalhar através das beiras nacionais e mesmo de se submeter a umas mutações mais adicionais e de emergir completamente como uma outra tensão. A fim umedecer este fenômeno, é crucial identificar e remover estas obstruções, arranjando em seqüência uma proporção mais alta de casos positivos e transferindo ficheiros pela rede as seqüências ràpida às plataformas do aberto-acesso.

Os pesquisadores escrevem:

Isto permitirá pesquisadores através do globo de seguir as variações evoluídas, sua mutações, epidemiologia, e as conseqüências biológicas, que fornecerão entradas cruciais para políticas sanitárias públicas apropriadas e eficazes.”

observação *Important

o bioRxiv publica os relatórios científicos preliminares que par-não são revistos e, não devem conseqüentemente ser considerados como conclusivos, guia a prática clínica/comportamento saúde-relacionado, ou tratado como a informação estabelecida.

Journal reference:
Dr. Liji Thomas

Written by

Dr. Liji Thomas

Dr. Liji Thomas is an OB-GYN, who graduated from the Government Medical College, University of Calicut, Kerala, in 2001. Liji practiced as a full-time consultant in obstetrics/gynecology in a private hospital for a few years following her graduation. She has counseled hundreds of patients facing issues from pregnancy-related problems and infertility, and has been in charge of over 2,000 deliveries, striving always to achieve a normal delivery rather than operative.

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