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Retrasos y programa genomic de la vigilancia del golpe SARS-CoV-2 de las escaseces

Pronto después de que el coronavirus nuevo SARS-CoV-2 (el coronavirus de la neumonía asiática 2) comenzó a extender por el mundo, llevando al pandémico devastador de la enfermedad 2019 (COVID-19) del coronavirus, las series más tempranas fue publicado. Desde entonces, la vigilancia genomic del virus ha sido una herramienta esencial para no perder de vista nuevo y posiblemente variantes más virulentas o más transmisibles a medida que él emerja y se extienda.

Un nuevo estudio del instituto de la bioinformática y de la biotecnología aplicada (IBAB), Bengaluru, la India, ofrece una reseña de como de bien está funcionando este mecanismo importante de la supervisión en todo el mundo. Las personas han liberado sus conclusión como prueba preliminar en el servidor del bioRxiv*.

Estudio: Vigilancia genomic nacional de las deformaciones SARS-CoV-2. Haber de imagen: vchal/Shutterstock
Estudio: Vigilancia genomic nacional de las deformaciones SARS-CoV-2. Haber de imagen: vchal/Shutterstock

Las buenas prácticas virales de la vigilancia vía la secuencia genomic dependen de la existencia de una plataforma común del abierto-acceso que haga todos los genomas ordenó hasta ahora libremente disponible a los investigadores mundiales.

En mismo el comienzo, los investigadores COVID-19 cooptaron el genoma del virus de gripe que compartía la plataforma GISAID (iniciativa global en la distribución de todos los datos de la gripe) para depositar las nuevas series SARS-CoV-2.

Ésta ahora es la plataforma más grande del abierto-acceso funcionando, salvando series genomic con los correlativos clínicos y epidemiológicos de más de 1,7 millones de deformaciones de SARS-CoV-2, haciéndole el organismo lo más intensivo posible nunca estudiado.

Esto facilitó la identificación de varias nuevas variantes, incluyendo la variante B.1.1.7 (alfa), primero determinada en el Reino Unido; B.1.351 (beta, visto primero en Suráfrica); B.1.1.28 o P.1 (gamma; primero en el Brasil); B.1.617.2 (delta) y B.1.617.1 (Kappa), ambos primer en la India; P.3 (theta; primero en las Filipinas); y B.1.427 y B.1.429 (épsilon; primero en los E.E.U.U.).

Esta plataforma ha ayudado a analizar series, a determinar variantes emergentes a tiempo, y a ofrecer la información útil a los gobiernos a riesgo para dar forma sus planes de acción. En la reacción, tiene sido un estribillo concertado de los científicos que impulsan la secuencia creciente por todo el mundo. Sin embargo, hay un retraso observable en someter series a tales portales, obstaculizando su utilidad.

Los científicos en este estudio por lo tanto subieron con una dimensión de este retraso, llamada la colección al retraso de tiempo de la presentación (CSTlag) por la deformación.

Retrasos importantes en series que cargan por teletratamiento

Los valores medianos/del medio de CSTlag varían entre los países, a partir un día a un año (o aún más).

Entre los países que han sometido mil o más genomas, el Reino Unido tiene el menos retraso (16 días) con aproximadamente 420.000 genomas sometidos.

Para otros países europeos, cerca de 590.000 genomas se han depositado con un retraso de 25 días. Los E.E.U.U. están cercanos detrás, contribuyendo casi 500.000 genomas con retraso de 26 días.

En Asia, Japón tardó 79 días (de mediano) para más de 37.000 genomas. CSTlag de la India era 72 días para aproximadamente 16.000 genomas. Qatar, en el Oriente Medio, ha cargado por teletratamiento cerca de 2.200 genomas con un retraso mediano de casi 290 días. Inversamente, Singapur tiene un retraso mediano de 26 días para aproximadamente 2.500 genomas.

En el hemisferio meridional, Australia y Nueva Zelanda tienen un retraso de 40 y 51 días, respectivamente, para 17.000 y 1.000 genomas, respectivamente. Suramérica ha cargado por teletratamiento sobre 18.000 genomas, en 61 días, y África 7.000 con un retraso mediano de 50 días.

Secuencia de regímenes

Los científicos también fijaron el índice de genoma que ordenaba por número total del caso COVID-19 y por millón de poblaciones, respectivamente.

En proporción al número de casos denunciados, Islandia ha ordenado un 77% impresionante de todos los casos positivos, comparado con el ~60% en Australia. Nueva Zelanda y Dinamarca han ordenado el cerca de 40% y el 35%, respectivamente.

El número más grande de genomas ha venido de los E.E.U.U., según lo considerado arriba, y del Reino Unido. Aunque la India tiene una población muy grande de sobre un mil millones y ha sido pegada ferozmente por la segunda onda, ha ordenado un simple 0,05% de él.

Este ajustes con la configuración vista sobre Asia, África y Suramérica, donde ordenando las tapas menos de 0,1% a 0,4% de casos. Europa ha ordenado el ~2%, Norteamérica 1,4%, pero Oceanía el 37%, de casos.

Regímenes de secuencia sobre la base de la población

Observando el índice de secuencia por millón de poblaciones, los primeros países del mundo en (Europa y) el guía del oeste los E.E.U.U. el paquete, junto con Israel y la reunión, sobre 1.000 por millón de poblaciones. El promedio norteamericano es 600, comparado con 1.000 para Europa, pero 600 para Oceanía.

De hecho, los E.E.U.U. y el Japón son los únicos países con sobre 100 millones de personas de para tener secuencia de regímenes encima de 100 personas por millón de poblaciones. El Brasil es el siguiente en este grupo, en 50, comparable al conjunto de Suramérica. Inversamente, la India muestra 11 pobres, sobre mitad del promedio asiático de 21, y más cercano al valor africano de 14.

¿Cuáles son las implicaciones?

El CSTlag refleja la fuerza de la infraestructura local de la salud pública, reflejando el funcionamiento general del sistema de la salud pública. La colección de la muestra y la grabación eficiente de meta datos, así como el lanzamiento liso al aislamiento y al genoma del ARN que ordenan centros, son así esenciales aumentar capacidades de secuencia genomic.

En segundo lugar, la ausencia o la avería de tales sistemas en fijaciones del inferior-recurso o de la inferior-eficiencia es exacerbada por la escasez de instalaciones del biosecurity capaces de manejar patógeno altamente infecciosos tales como COVID-19 o puede tener solamente algunos, otra vez contribuyendo a los retrasos.

En tercer lugar, el financiamiento se pega a menudo durante las situaciones tales como un pandémico, con los recursos que son desviados al cuidado urgente y esencial. En cuarto lugar, las restricciones de importación en los reactivos y el equipo requerido para la secuencia del ARN pueden obstaculizar más lejos este campo de investigación.

Finalmente, la confianza en posiblemente procesos anticuados y más costosos puede todavía empeorar el retraso más. Muchos de estos factores se saben para operar en la India, por ejemplo, y requerirán la corrección.

Una salida alternativa puede estar para las sociedades del institucional-nivel que revisten la nueva base, bastante que confiando en los gobiernos locales y nacionales para las instalaciones infraestructurales. Esto significa un retraso inevitable antes de que estos sistemas sean en servicio.  

Más allá de la secuencia real, las cargas por teletratamiento se demoran a menudo. “Es probable que se ordenen lejos más muestras que se representan en GISAID.”

Esto puede ser de un deseo para guardar secreto de la investigación hasta los papeles o las patentes están listas para la publicación, una falta inicial de comprensión de la importancia de la secuencia, o aún debido al estigma penetrante asociado a los nombres de las variantes llamadas después de los países que primero los denunciaron.

La interferencia política pudo también haber contribuido a los fragmentos importantes, aunque ésta es, por supuesto, agua vergonzosa.

Sea cual sea la causa, un retraso en la información da a época variable de extenderse a través de las bandas nacionales e incluso de experimentar otras mutaciones y de emerger como otra deformación en conjunto. Para humedecer este fenómeno, es crucial determinar y quitar estas obstrucciones, ordenando una parte más elevada de casos positivos y cargando por teletratamiento las series rápidamente a las plataformas del abierto-acceso.

Los investigadores escriben:

Esto permitirá a investigadores a través del globo rastrear las variantes desarrolladas, sus mutaciones, epidemiología, y las consecuencias biológicas, que ofrecerán las entradas cruciales para las políticas sanitarias públicas apropiadas y efectivas.”

advertencia *Important

el bioRxiv publica los partes científicos preliminares que par-no se revisan y, por lo tanto, no se deben mirar como concluyentes, conduce práctica clínica/comportamiento relativo a la salud, o tratado como información establecida.

Journal reference:
Dr. Liji Thomas

Written by

Dr. Liji Thomas

Dr. Liji Thomas is an OB-GYN, who graduated from the Government Medical College, University of Calicut, Kerala, in 2001. Liji practiced as a full-time consultant in obstetrics/gynecology in a private hospital for a few years following her graduation. She has counseled hundreds of patients facing issues from pregnancy-related problems and infertility, and has been in charge of over 2,000 deliveries, striving always to achieve a normal delivery rather than operative.

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