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L'aide d'épidémiologie d'eaux usées a-t-elle pu suivre la circulation des variantes SARS-CoV-2 ?

Des inquiétudes grandes au-dessus des coronavirus 2 (SARS-CoV-2), l'agent causal de syndrôme respiratoire aigu sévère de la maladie 2019 (COVID-19) de coronavirus, sont soulevées à la suite de la boîte de vitesses élevée et de la mutation rapide du virus. Dans le passé récent, utilisant l'épidémiologie génomique, les scientifiques ont trouvé quelques rapide-propagation et variantes SARS-CoV-2 hautement virulentes - soulignant l'importance d'ordonnancer des analyses. Les configurations et l'abondance de ces VOCs (variantes de préoccupation) sont étudiées des échantillons cliniques provenant des patients COVID-positifs.

Tandis que l'épidémiologie basée sur eaux usées (WBE) a été type concentrée sur les médicaments pharmaceutiques en eaux usées domestiques, c'est maintenant un outil apparaissant pour surveiller la circulation et la dynamique de SARS-CoV-2 au niveau communautaire. WBE utilise l'amplification en chaîne par polymérase quantitative (qPCR) de déterminer les titres SARS-CoV-2 en eaux d'égout pour la corrélation avec le nombre rapporté de cas du positif SARS-CoV-2.

Cependant, très peu d'études utilisent actuellement le potentiel combiné de l'épidémiologie génomique et du WBE de déterminer les variantes SARS-CoV-2 génomiques diffusant dans une région spécifique. Par conséquent, dans une étude récente, les chercheurs ont évalué l'ordonnancement de la deuxième génération (NGS) des échantillons d'eaux usées pour recueillir des informations au sujet de la diversité des variantes SARS-CoV-2 et ont associé des mutations au niveau communautaire.

Dans une étude neuve, relâchée comme prétirage sur le serveur de medRxiv*, les chercheurs d'Allemagne, l'Italie et les Pays-Bas ont expliqué l'installation d'intégrer génomique et les eaux usées ont basé l'épidémiologie (WBE) pour fournir l'analyse sans précédent dans l'abondance de SARS-CoV-2 et le profil des mutations liées au VOCs (c.-à-d., B.1.1.7, B.1.351, P.1, et B.1.617.2) dans les échantillons d'eaux usées.

Nous avons déterminé l'abondance relative du VOCs basé sur l'abondance de affiche associé à certaines mutations d'aa, » écrivons les chercheurs.

Ils ont entrepris une étude pan-européenne sous la protection du système de sentinelle d'eaux d'égout d'UE pour SARS-CoV-2. Les chercheurs disent que c'est un résultat direct de ce qui est appelé « l'incubateur de HERA, » qui évalue l'information fournie par l'ordonnancement de la deuxième génération (NGS) des eaux usées échantillonne.

Les chercheurs ont exécuté cette recherche sur les échantillons composés des eaux à traiter 24h d'eaux usées rassemblés des centrales de traitement des eaux résiduaires en travers de 20 pays européens, y compris 54 municipalités. Ils ont rassemblé les échantillons des 10th au 30 mars 2021th .

Les chercheurs ont présenté une illustration de prévalence de COVID-19 dans les 20 pays européens à l'aide des caractéristiques de ordonnancement cliniques (en termes de cas positifs et abondance relative de séquences mutationnelles) et l'ont puis rapportée aux caractéristiques de leur échantillonnage d'eaux usées.

Intéressant, l'équipe a recensé des mutations liées à VOCs (633 mutations) dans les échantillons d'eaux usées. Par exemple, la mutation de W131C a été seulement trouvée dans des échantillons d'eaux usées provenant du Danemark ; elle est l'une des mutations importantes dans ORF3a, qui s'avère pour aider la formation de canal ionique et supporte de ce fait le virus dans son pouvoir infectant. De même, elles rapportées la mutation d'A220V, seulement recensée dans les échantillons provenant de la Lithuanie, qui a correspondu à la grande quantité d'A220V rapporté dans les échantillons patients cliniques.

En travers des vingt pays européens vingt-six mutations d'ORF1ab, quatorze clouent la protéine, la protéine de huit nucleocapsids (n), six ORF8, et trois mutations ORF3 étaient parmi les mutations dominantes, montrer spatial et variation temporelle, » elles ont noté.

Les mutations telles que la mutation de D614G et le P681H étaient dominantes dans les échantillons cliniques et d'eaux usées, expliquant la configuration des variantes génomiques et l'abondance de VOCs pour être cohérentes entre le clinique et les eaux usées ordonnançant des caractéristiques.

Notamment, les chercheurs ont observé que les eaux usées ordonnançant des caractéristiques ont également indiqué les variantes génomiques qui ne sont pas rapportées comme dominantes dans des caractéristiques cliniques. Ces découvertes supportent la notion que les eaux usées ordonnançant des caractéristiques peuvent fournir des analyses nouvelles dans la prévalence des mutations au niveau communautaire.

En travers de la plupart des échantillons d'eaux usées, nous avons trouvé un cas élevé des mutations ORF8 (c.-à-d. Q27stop, R52I), qui fournit la preuve pour la circulation des variantes SARS-COV-2 contenant ces mutations dans les régions échantillonnées »

Tandis que cette étude met l'accent sur que l'ordonnancement pour SARS-CoV-2 en eaux usées peut fournir les informations complémentaires à côté des caractéristiques cliniques au sujet de la prévalence des mutations, les chercheurs proposent que ce contrôle de ordonnancement devrait être considéré complémentaire.

Cette étude prouve clairement que le contrôle des profils de la mutation SARS-CoV-2 liés à VOCs dans des échantillons d'eaux usées est possible utilisant NGS, et fournit également des analyses précieuses augmentant la recherche épidémiologique clinique. La caractéristique produite également présente la possibilité pour atteindre une couverture suffisante du génome SARS-CoV-2 des échantillons d'eaux usées, les chercheurs écrit.

avis *Important

le medRxiv publie les états scientifiques préliminaires qui pair-ne sont pas observés et ne devraient pas, en conséquence, être considérés comme concluants, guident la pratique clinique/comportement relatif à la santé, ou traité en tant qu'information déterminée.

Journal reference:
Dr. Ramya Dwivedi

Written by

Dr. Ramya Dwivedi

Ramya has a Ph.D. in Biotechnology from the National Chemical Laboratories (CSIR-NCL), in Pune. Her work consisted of functionalizing nanoparticles with different molecules of biological interest, studying the reaction system and establishing useful applications.

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