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Ha potuto la guida dell'epidemiologia dell'acqua di scarico tenere la carreggiata la circolazione delle varianti SARS-CoV-2?

Vaste inquietudini sopra il coronavirus 2 (SARS-CoV-2), l'agente causativo di sindrome respiratorio acuto severo della malattia 2019 (COVID-19) di coronavirus, sono suscitate come conseguenza di alta mutazione della rapida e della trasmissione del virus. Nell'esperienza recente, facendo uso dell'epidemiologia genomica, gli scienziati hanno individuato alcune rapido diffusione e varianti altamente virulente SARS-CoV-2 - sottolineando l'importanza di ordinamento delle analisi. I reticoli e l'abbondanza di questi VOCs (varianti di preoccupazione) sono studiati dai campioni clinici dai pazienti COVID-positivi.

Mentre all'l'epidemiologia basata a acqua di scarico (WBE) è stata messa a fuoco tipicamente sulle droghe farmaceutiche in acqua di scarico nazionale, ora è uno strumento emergente per riflettere la circolazione e la dinamica di SARS-CoV-2 al livello comunitario. WBE impiega la reazione a catena quantitativa della polimerasi (qPCR) per determinare i titoli SARS-CoV-2 in acque luride per correlazione con il numero riferito dei casi del positivo SARS-CoV-2.

Tuttavia, molto pochi studi attualmente utilizzano il potenziale combinato dell'epidemiologia genomica e di WBE di determinare le varianti genomiche SARS-CoV-2 che circolano in una regione specifica. Di conseguenza, in uno studio recente, i ricercatori hanno valutato l'ordinamento di prossima generazione (NGS) dei campioni dell'acqua di scarico per riunire le informazioni sulla diversità delle varianti SARS-CoV-2 ed hanno associato le mutazioni al livello comunitario.

In un nuovo studio, rilasciato come pubblicazione preliminare sul " server " del medRxiv*, i ricercatori dalla Germania, l'Italia ed i Paesi Bassi hanno dimostrato l'utilità di integrazione genomica e l'acqua di scarico ha basato l'epidemiologia (WBE) per fornire la comprensione senza precedenti nell'abbondanza di SARS-CoV-2 e nel profilo delle mutazioni connesse con il VOCs (cioè, B.1.1.7, B.1.351, P.1 e B.1.617.2) nei campioni dell'acqua di scarico.

Abbiamo determinato l'abbondanza relativa del VOCs basato sull'abbondanza di leggiamo associato con determinate mutazioni di aa,„ scriviamo i ricercatori.

Hanno intrapreso gli studi pan-europei sotto l'egida del sistema della sentinella delle acque luride di UE per SARS-CoV-2. I ricercatori dicono che questo è un risultato diretto di che cosa è chiamato “l'incubatrice di ERA,„ che valuta le informazioni fornite dall'ordinamento di prossima generazione (NGS) dell'acqua di scarico campiona.

I ricercatori hanno realizzato questa ricerca sui campioni compositi dell'affluente 24h dell'acqua di scarico raccolti dagli impianti di trattamento delle acque reflue attraverso 20 paesi europei, compreso 54 comuni. Hanno raccolto i campioni dai 10th al 30 marzo 2021th .

I ricercatori hanno presentato una maschera di prevalenza di COVID-19 nei 20 paesi europei usando i dati d'ordinamento clinici (in termini di casi positivi ed abbondanza relativa di sequenze mutational) e poi la hanno riferita ai dati dalla loro campionatura dell'acqua di scarico.

Interessante, il gruppo ha identificato le mutazioni connesse con VOCs (633 mutazioni) nei campioni dell'acqua di scarico. Per esempio, la mutazione di W131C è stata individuata soltanto nei campioni dell'acqua di scarico dalla Danimarca; è una delle mutazioni importanti in ORF3a, che è trovato per assistere la formazione del canale ionico e quindi supporta il virus nella sua infettività. Inoltre, hanno riferito la mutazione di A220V, solo identificato in campioni dalla Lituania, che ha corrisposto alla quantità elevata di A220V riferito in campioni pazienti clinici.

Attraverso i venti paesi europei ventisei mutazioni di ORF1ab, quattordici chiodano la proteina, una proteina di otto nucleocapsids (n), sei ORF8 e tre mutazioni ORF3 erano fra le mutazioni dominanti, esibire spaziale e la variazione temporale,„ hanno notato.

Le mutazioni quali la mutazione di D614G e P681H erano dominanti sia nei campioni dell'acqua di scarico che clinici, dimostranti il reticolo delle varianti genomiche e l'abbondanza di VOCs per essere coerenti fra il clinico e l'acqua di scarico che ordinano i dati.

Considerevolmente, i ricercatori hanno osservato che l'acqua di scarico che ordina i dati egualmente ha rivelato le varianti genomiche che non sono riferite come dominanti nei dati clinici. Questi risultati supportano la nozione che l'acqua di scarico che ordina i dati può fornire le comprensioni novelle nella prevalenza delle mutazioni al livello comunitario.

Attraverso la maggior parte dei campioni dell'acqua di scarico, abbiamo individuato un alto avvenimento ORF8 delle mutazioni (cioè Q27stop, R52I), che fornisce la prova per la circolazione delle varianti SARS-COV-2 che contengono queste mutazioni nelle regioni campionate„

Mentre questo studio sottolinea che ordinare per SARS-CoV-2 in acqua di scarico può fornire l'ulteriore informazione accanto ai dati clinici circa la prevalenza delle mutazioni, i ricercatori suggeriscono che questa sorveglianza d'ordinamento dovrebbe essere considerata complementare.

Questo studio indica chiaramente che la sorveglianza dei profili di mutazione SARS-CoV-2 connessi con VOCs nei campioni dell'acqua di scarico è possibile facendo uso di NGS ed egualmente fornisce le comprensioni apprezzate che aumentano la ricerca epidemiologica clinica. I dati generati anche presentano la possibilità per raggiungere una copertura sufficiente del genoma SARS-CoV-2 dai campioni dell'acqua di scarico, i ricercatori scrivono.

avviso *Important

il medRxiv pubblica i rapporti scientifici preliminari che pari-non sono esaminati e, pertanto, non dovrebbero essere considerati conclusivi, guida la pratica clinica/comportamento correlato con la salute, o trattato come informazioni stabilite.

Journal reference:
Dr. Ramya Dwivedi

Written by

Dr. Ramya Dwivedi

Ramya has a Ph.D. in Biotechnology from the National Chemical Laboratories (CSIR-NCL), in Pune. Her work consisted of functionalizing nanoparticles with different molecules of biological interest, studying the reaction system and establishing useful applications.

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