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Podia a ajuda da epidemiologia das águas residuais seguir a circulação das variações SARS-CoV-2?

Os interesses largos sobre o coronavirus 2 da Síndrome Respiratória Aguda Grave (SARS-CoV-2), o agente causal da doença 2019 do coronavirus (COVID-19), são levantados como consequência da transmissão alta e da mutação rápida do vírus. No passado recente, usando a epidemiologia genomic, os cientistas detectaram alguns rápido-espalhamento e variações SARS-CoV-2 altamente virulentos - sublinhando a importância de arranjar em seqüência análises. Os testes padrões e a abundância destes VOCs (variações do interesse) são estudados das amostras clínicas dos pacientes COVID-positivos.

Quando a epidemiologia águas residuais-baseada (WBE) for focalizada tipicamente em drogas farmacêuticas em águas residuais domésticas, é agora uma ferramenta emergente para monitorar a circulação e a dinâmica de SARS-CoV-2 a nível comunitário. WBE emprega a reacção em cadeia quantitativa da polimerase (qPCR) determinar os titers SARS-CoV-2 na água de esgoto para a correlação com o número relatado de casos do positivo SARS-CoV-2.

Contudo, muito poucos estudos utilizam presentemente o potencial combinado da epidemiologia genomic e do WBE determinar as variações SARS-CoV-2 genomic que circulam em uma região específica. Conseqüentemente, em um estudo recente, os pesquisadores avaliaram arranjar em seqüência da próxima geração (NGS) de amostras das águas residuais para recolher a informação sobre a diversidade das variações SARS-CoV-2 e associaram mutações a nível comunitário.

Em um estudo novo, liberado como uma pré-impressão no server do medRxiv*, os pesquisadores de Alemanha, Itália e Países Baixos demonstraram o serviço público da integração genomic e as águas residuais basearam a epidemiologia (WBE) para fornecer introspecção inaudita na abundância de SARS-CoV-2 e no perfil das mutações associadas com o VOCs (isto é, B.1.1.7, B.1.351, P.1, e B.1.617.2) nas amostras das águas residuais.

Nós determinamos a abundância relativa do VOCs baseado na abundância de lemos associado com determinadas mutações do AA,” escrevemos os pesquisadores.

Conduziram um estudo pan-europeu sob o patrocínio do sistema da sentinela da água de esgoto da UE para SARS-CoV-2. Os pesquisadores dizem que este é um resultado directo do que seja chamado “a incubadora de HERA,” que avalia a informação fornecida pela próxima geração que arranjar em seqüência (NGS) das águas residuais prova.

Os pesquisadores executaram esta pesquisa sobre as amostras do composto do afluente 24h das águas residuais recolhidas das plantas de tratamento de águas residuais através de 20 países europeus, incluindo as 54 municipalidades. Recolheram as amostras dos 10th ao 30 de março de 2021th .

Os pesquisadores apresentaram uma imagem da predominância de COVID-19 nos 20 países europeus usando dados arranjando em seqüência clínicos (em termos dos casos positivos e da abundância relativa de seqüências mutational) e relacionaram-na então aos dados de sua amostra das águas residuais.

Interessante, a equipe identificou as mutações associadas com o VOCs (633 mutações) nas amostras das águas residuais. Por exemplo, a mutação de W131C foi detectada somente em amostras das águas residuais de Dinamarca; é uma das mutações importantes em ORF3a, que é encontrado para ajudar à formação do canal do íon e apoia desse modo o vírus em sua infectividade. Igualmente, relataram a mutação de A220V, simplesmente identificado nas amostras de Lituânia, que corresponderam com a grande quantidade de A220V relatado em amostras pacientes clínicas.

Através dos vinte países europeus vinte e seis mutações de ORF1ab, quatorze cravam a proteína, oito nucleocapsids (N) a proteína, seis ORF8, e três mutações ORF3 estavam entre as mutações dominantes, exibir espacial e variação temporal,” notou.

As mutações tais como a mutação de D614G e o P681H eram dominantes nas amostras clínicas e das águas residuais, demonstrando o teste padrão de variações genomic e a abundância de VOCs para ser consistentes entre o clínico e as águas residuais que arranjam em seqüência dados.

Notàvel, os pesquisadores observaram que as águas residuais que arranjam em seqüência dados igualmente revelaram as variações genomic que não são relatadas como dominantes em dados clínicos. Estes resultados apoiam a noção que as águas residuais que arranjam em seqüência dados podem fornecer introspecções novas na predominância das mutações a nível comunitário.

Através da maioria das amostras das águas residuais, nós detectamos uma ocorrência alta das mutações ORF8 (isto é Q27stop, R52I), que fornecesse a evidência para a circulação das variações SARS-COV-2 que contêm estas mutações nas regiões provadas”

Quando este estudo sublinhar que arranjar em seqüência para SARS-CoV-2 nas águas residuais pode fornecer a informações adicionais ao lado dos dados clínicos sobre a predominância das mutações, os pesquisadores sugerem que esta fiscalização arranjando em seqüência seja considerada complementar.

Este estudo mostra claramente que a fiscalização dos perfis da mutação SARS-CoV-2 associados com o VOCs em amostras das águas residuais é possível usando NGS, e igualmente fornece as introspecções valiosas que aumentam a pesquisa epidemiológica clínica. Os dados gerados igualmente apresentam a possibilidade para alcançar uma suficiente cobertura do genoma SARS-CoV-2 das amostras das águas residuais, os pesquisadores escrevem.

observação *Important

o medRxiv publica os relatórios científicos preliminares que par-não são revistos e, não devem conseqüentemente ser considerados como conclusivos, guia a prática clínica/comportamento saúde-relacionado, ou tratado como a informação estabelecida.

Journal reference:
Dr. Ramya Dwivedi

Written by

Dr. Ramya Dwivedi

Ramya has a Ph.D. in Biotechnology from the National Chemical Laboratories (CSIR-NCL), in Pune. Her work consisted of functionalizing nanoparticles with different molecules of biological interest, studying the reaction system and establishing useful applications.

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