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¿Podía la ayuda de la epidemiología de las aguas residuales rastrear la circulación de las variantes SARS-CoV-2?

Las inquietudes amplias por el coronavirus 2 (SARS-CoV-2), el agente causativo de la neumonía asiática de la enfermedad 2019 (COVID-19) del coronavirus, se despiertan como consecuencia de la alta transmisión y de la mutación rápida del virus. En el pasado reciente, usando la epidemiología genomic, los científicos han descubierto algún rápido-extenderse y variantes altamente virulentas SARS-CoV-2 - subrayando la importancia de ordenar análisis. Las configuraciones y la abundancia de estos VOCs (variantes de la preocupación) se estudian de las muestras clínicas de pacientes COVID-positivos.

Mientras que la epidemiología aguas residuales-basada (WBE) se ha centrado típicamente en las drogas farmacéuticas en aguas residuales nacionales, ahora es una herramienta emergente para vigilar la circulación y la dinámica de SARS-CoV-2 en el nivel de comunidad. WBE emplea la reacción en cadena cuantitativa de polimerasa (qPCR) para determinar los títulos SARS-CoV-2 en las aguas residuales para la correlación con el número denunciado de casos del positivo SARS-CoV-2.

Sin embargo, muy pocos estudios utilizan actualmente el potencial combinado de la epidemiología genomic y de WBE de determinar las variantes genomic SARS-CoV-2 que circulan en una región específica. Por lo tanto, en un estudio reciente, los investigadores fijaron la secuencia de la siguiente-generación (NGS) de las muestras de las aguas residuales para recopilar la información sobre la diversidad de las variantes SARS-CoV-2 y asociaron mutaciones en el nivel de comunidad.

En un nuevo estudio, liberado como prueba preliminar en el servidor del medRxiv*, los investigadores de Alemania, Italia y Países Bajos demostraron la utilidad de la integración genomic y las aguas residuales basaron la epidemiología (WBE) para ofrecer discernimiento sin precedente en la abundancia de SARS-CoV-2 y el perfil de las mutaciones asociadas al VOCs (es decir, B.1.1.7, B.1.351, P.1, y B.1.617.2) en las muestras de las aguas residuales.

Determinamos la abundancia relativa del VOCs basado en la abundancia de leemos asociado con ciertas mutaciones del AA,” escribimos a los investigadores.

Conducto un estudio pan-europeo bajo el paraguas del sistema del centinela de las aguas residuales de la UE para SARS-CoV-2. Los investigadores dicen que éste es un resultado directo de qué se llama “la incubadora de HERA,” que fija la información ofrecida por la siguiente-generación que la secuencia (NGS) de las aguas residuales muestrea.

Los investigadores realizaron esta investigación sobre las muestras compuestas del influente 24h de las aguas residuales cerco de las depuradoras de aguas residuales a través de 20 países europeos, incluyendo los 54 municipios. Cerco las muestras de los 10th al 30 de marzo de 2021th .

Los investigadores presentaron un retrato de la incidencia de COVID-19 en los 20 países europeos usando datos de secuencia clínicos (en términos de casos positivos y abundancia relativa de series mutacionales) y después se relacionaron lo con los datos de su muestreo de las aguas residuales.

Interesante, las personas determinaron las mutaciones asociadas a VOCs (633 mutaciones) en las muestras de las aguas residuales. Por ejemplo, la mutación de W131C fue descubierta solamente en muestras de las aguas residuales de Dinamarca; es una de las mutaciones importantes en ORF3a, que se encuentra para ayudar a la formación del canal del ión y de tal modo soporta el virus en su contagiosidad. Asimismo, denunciaron la mutación de A220V, sólo está determinado en muestras de Lituania, que correspondió con el alto registro de A220V denunciado en muestras pacientes clínicas.

A través de los veinte países europeos veintiséis mutaciones de ORF1ab, catorce clavan la proteína, proteína de ocho nucleocapsids (n), seis ORF8, y tres mutaciones ORF3 estaban entre las mutaciones dominantes, exhibición espacial y variación temporal,” observaron.

Las mutaciones tales como mutación de D614G y P681H eran dominantes en las muestras clínicas y de las aguas residuales, demostrando la configuración de variantes genomic y la abundancia de VOCs para ser constantes entre el clínico y las aguas residuales que ordenaban datos.

Notablemente, los investigadores observaron que las aguas residuales que ordenaban datos también revelaron las variantes genomic que no se denuncian como dominantes en datos clínicos. Estas conclusión soportan la noción que las aguas residuales que ordenan datos pueden ofrecer discernimientos nuevos en la incidencia de mutaciones en el nivel de comunidad.

A través la mayor parte de las muestras de las aguas residuales, descubrimos un alto acontecimiento de las mutaciones ORF8 (es decir Q27stop, R52I), que proporciona las pruebas para la circulación de las variantes SARS-COV-2 que contienen estas mutaciones en las regiones muestreadas”

Mientras que este estudio acentúa que la secuencia para SARS-CoV-2 en aguas residuales puede ofrecer la información adicional junto a datos clínicos sobre la incidencia de mutaciones, los investigadores sugieren que esta vigilancia de secuencia sea considerada complementaria.

Este estudio muestra sin obstrucción que la vigilancia de los perfiles de la mutación SARS-CoV-2 asociados a VOCs en muestras de las aguas residuales es posible usando NGS, y también ofrece los discernimientos valiosos que aumentan la investigación epidemiológica clínica. Los datos generados también presentan la posibilidad para lograr un suficiente abrigo del genoma SARS-CoV-2 de las muestras de las aguas residuales, los investigadores escriben.

advertencia *Important

el medRxiv publica los partes científicos preliminares que par-no se revisan y, por lo tanto, no se deben mirar como concluyentes, conduce práctica clínica/comportamiento relativo a la salud, o tratado como información establecida.

Journal reference:
Dr. Ramya Dwivedi

Written by

Dr. Ramya Dwivedi

Ramya has a Ph.D. in Biotechnology from the National Chemical Laboratories (CSIR-NCL), in Pune. Her work consisted of functionalizing nanoparticles with different molecules of biological interest, studying the reaction system and establishing useful applications.

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