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I ricercatori creano l'atlante più completo di transcriptome umano

Insieme all'istituto universitario di Baylor di medicina e della società d'ordinamento di piombo del mondo, Illumina, ricercatori all'università di Gand ha costruito mai uno dei cataloghi più completi del transcriptome umano. Abile combinando le tecniche d'ordinamento complementari hanno approfondito la nostra comprensione della funzione delle molecole conosciute del RNA e di migliaia scoperte di nuovo RNAs. Una migliore comprensione del nostro transcriptome è essenziale per capire meglio i trattamenti di malattia e per scoprire i geni novelli che possono servire da obiettivi o biomarcatori terapeutici.

L'articolo “l'atlante del RNA espande il catalogo di non codifica umana RNAs„, pubblicato oggi in biotecnologia della natura, è il risultato di più di cinque anni di duro lavoro più ulteriormente per disfare la complessità del transcriptome umano. Mai prima così sforzo completo è stato intrapreso per caratterizzare tutte le RNA-molecole nelle cellule umane ed in tessuti.

RNAs in tutte le forme e dimensioni

Il nostro transcriptome è - analogo al nostro genoma - la somma di tutte le molecole del RNA che sono trascritte dai fili del DNA che compongono il nostro genoma. Tuttavia, non c'è relazione 1 on-1 con gli ultimi. In primo luogo, ogni cella e tessuto ha un transcriptome unico, con produzione del RNA e composizioni varianti, compreso RNAs tessuto-specifico. Secondariamente, non tutto il RNAs è trascritto - codifica della proteina - dai geni tipici che finalmente producono le proteine. Molte delle nostre molecole del RNA non sono usate come modello per costruire le proteine, ma provengono da che cosa una volta è stato chiamato junk DNA: sequenze lunghe di DNA con le funzioni sconosciute.

Questi non codifica RNAs (ncRNAs) vengono in tutti i tipi di in forme e di dimensioni: breve, lungamente e perfino RNAs circolare. Molti di loro anche mancanza la coda delle adenina-molecole che è tipica per proteina-codifica RNAs.

300 tipi del tessuto e della cellula umana e tre metodi d'ordinamento

Ci sono stati altri progetti per catalogare il nostro transcriptome ma il progetto dell'RNA-Atlante è unico a causa dei metodi d'ordinamento applicati. Non solo abbiamo esaminato il transcriptome dell'altrettanto come 300 tipi del tessuto e della cellula umana, ma per di più, abbiamo agito in tal modo con le tre tecnologie d'ordinamento complementari, un piccolo RNAs puntato su, un (polyA) RNAs polyadenylated puntato su e una tecnica chiamata RNA totale che ordina.„

Pieter Mestdagh, il professor, centro per la genetica medica, università di Gand

Questa ultima tecnologia d'ordinamento piombo alla scoperta di migliaia di geni novelli del RNA di non codifica, compreso una classe novella di singoli geni non-polyadenylated dell'esone e molto nuovo RNAs circolare. Combinando e confrontando i risultati dei metodi d'ordinamento differenti i ricercatori potevano definire per ogni trascrizione misurata del RNA, l'abbondanza nelle celle differenti ed i tessuti, se ha una polyA-coda o non (sembra che quello per alcuni geni questa potesse differire dal tipo delle cellule al tipo delle cellule) e se è lineare della circolare.

Inoltre, il consorzio ha cercato e trovato le bugne importanti nella determinazione della funzione di alcuni dei ncRNAs. Esaminando il abundancy di RNA differente nei tipi differenti delle cellule hanno trovato le correlazioni che indicano le funzioni regolarici e potrebbero determinare se questo regolamento accade al livello della trascrizione (impedendo o stimolando trascrizione dei geni di codifica della proteina) o post-trascrizionale (per esempio ripartendo RNAs).

Una risorsa inestimabile per scienza biomedica

Tutti i dati, analisi e risultati (equivalenti ad alcune librerie di informazioni) sono disponibili per il download e l'interrogazione nel portale internet R2, permettendo alla comunità di applicare questa risorsa come strumento per prospezione di biologia e della funzione del RNA di non codifica.

Prof. Pavel Sumazin dell'istituto universitario di Baylor di medicina: “Combinando tutti i dati in un catalogo completo, abbiamo creato una nuova risorsa apprezzata per gli scienziati biomedici intorno al mondo che studiano i trattamenti di malattia. Una migliore comprensione della complessità del transcriptome è effettivamente essenziale per capire meglio i trattamenti di malattia e per scoprire i geni novelli che possono servire da obiettivi o biomarcatori terapeutici. L'età di terapeutica del RNA sta aumentando rapidamente - tutti abbiamo testimoniato la creazione impressionante dei vaccini del RNA e già le prime medicine che il RNA dell'obiettivo è utilizzato nella clinica. Sono sicuro che vederemo i lotti di più di queste terapie negli anni e nelle decadi venturi.„

Source:
Journal reference:

Lorenzi, L., et al. (2021) The RNA Atlas expands the catalog of human non-coding RNAs. Nature Biotechnology. doi.org/10.1038/s41587-021-00936-1.