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L'initiative de Chan Zuckerberg annonce presque $28 millions pour des protéomiques visuelles

Aujourd'hui, l'initiative de Chan Zuckerberg (CZI) a annoncé presque $28 millions dans les concessions pour supporter les développements des technologies qui permettront à des chercheurs de voir les fonctionnements internes des cellules à la définition proche-atomique par la microscopie électronique de la deuxième génération. CZI a également lancé une opportunité neuve du financement de supporter des projets de développement embrochables pour la plate-forme d'analyse d'image de napari, un communautaire communauté, basé sur python, outil open source pour parcourir, annoter, et analyser de grandes images multidimensionnelles.

Les frontières de l'initiative de représentation, une partie d'un programme plus grand de la représentation de CZI, supporte le développement des technologies de l'image disruptives qui branchent les écailles biologiques en travers des organes, cellules, et des protéines, permettant à des chercheurs de concevoir directement des procédés biologiques à la définition et au contexte nécessaires d'obtenir une compréhension mécaniste de la santé et de la maladie.

Les 14 bénéficiaires sélectés de la demande visuelle de protéomique des applications (RFA) travailleront sur 2 projets de la technologie 1/2-year qui permettront à des chercheurs d'obtenir des vues sans précédent de la structure, de la quantité, de la distribution, et des interactions des protéines en cellules. Les projets comprennent des améliorations à la visserie de représentation, le développement de logiciel, la lumière et la microscopie électronique corrélative, et les sondes de représentation.

L'obtention des vues à haute résolution des protéines dans leur environnement cellulaire est une opération principale à gagner une meilleure compréhension de la façon dont les cellules fonctionnent dans les conditions normales et malades et à produire plus de traitements efficaces. Nous sommes excités pour que ces scientifiques doués développent des technologies de l'image neuves pour avancer la protéomique visuelle. »

Cori Bargmann, tête de la Science, initiative de Chan Zuckerberg

Dans un deuxième projet, CZI lance les concessions embrochables MLDS d'accélérateur de napari, qui vise à produire d'un écosystème embrochable extensible et à fournir l'accès facile à l'analyse reproductible et quantitative de bioimage. L'augmentation du python comme principale plate-forme pour calculer et apprentissage automatique scientifiques se montre pour des applications prometteur en biomédecine.

Pourtant il reste difficile que les biologistes tirent profit des derniers développements dans l'analyse quantitative apprendre-activée profonde à cause d'un manque d'outils de visualisation et d'analyse qui peuvent supporter la microscopie moderne et les grands ensembles de données de représentation. Pour relever ce défi, les associés de CZI avec le napari, un outil de visualisation fondamental qui permet d'accéder à l'analyse spécifique de domaine par des plugins de python se sont développés, mis à jour, et supporté par la communauté bioimaging.

« Nous voulons recenser et les outils de support qui sont de bons modèles des pratiques en matière de développement de logiciel libre pour une communauté grandissante des révélateurs embrochables scolaires, » a dit le chef de produit Justin Kiggins de la Science de CZI. « En établissant cet écosystème des outils d'analyse d'image, nous recherchons les exemples grands qui les révélateurs peuvent examiner à pour l'inspiration--de la qualité d'indicatif, à la compatibilité avec d'autres outils dans l'écosystème scientifique de python, au potentiel pour le choc dans les domaines aimez le neurodegeneration et la biologie unicellulaire. »

Pour piloter le développement de l'écosystème croissant des napari des plugins pour l'analyse d'image et supporter la maintenance des plugins, CZI invite des demandes de concessions de $20.000 ou de $50.000 qui permettraient à des révélateurs de convertir un outil d'analyse d'image existant en plugin de napari ; supportez et continuez le développement d'un plugin existant de napari ; ou infrastructure fondamentale de construction pour d'autres révélateurs embrochables. Renseignez-vous sur la cohorte d'alpha des programmateurs de logiciel produisant des plugins pour le napari.