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L'outil de contrôle de génome facilite le dépistage des variantes COVID-19

Les chercheurs suédois ont développé COVseq, un dispositif de poursuite du génome SARS-CoV-2 qui peut être produit à une large échelle pour un petit coût.

Variantes COVID-19

Variantes SARS-CoV-2. Crédit d'image : Lightspring/Shutterstock.com

Un chemin contre l'heure d'adresser l'évolution SARS-CoV-2

Des milliers de génomes viraux ont été recensés et ordonnancés pour reconstruire l'évolution et l'écart global du coronavirus. Cette information est principale pour recenser les variantes qui sont plus contagieuses, pathogènes, ou résistantes aux vaccins existants et aux demandes de règlement.

Les retombées radioactives potentielles de SARS-CoV-2 ont pu forcer des pays pour ressaisir le lockdown et pour rendre des efforts actuels de vaccination inutiles. Cependant, les chercheurs essayent déjà d'aborder ces éditions en développant plusieurs approches.

D'abord, les vaccins ont été de plus en plus prouvés pour être efficaces contre la plupart des variantes actuelles, qui pourraient limiter l'écart des variantes actuelles et apparaissantes. En second lieu, des polices ont été mises en application pour recenser et tracer la source et l'écart des variantes pour contenir l'écart. En conclusion, les chercheurs ont également commencé à développer les outils génomiques pour faciliter le rail des variantes.

L'ancien était le centre d'une étude publiée dans les communications de nature de tourillon des scientifiques au laboratoire de Bienko-Crosetto à l'institut et à la Science de Karolinska pour le laboratoire de durée (SciLifeLabthe en Suède. L'équipe a réussi à la technologie se développante pour le contrôle rentable de l'écart global des variantes SARS-CoV-2 neuves.

La méthode neuve, nommée COVseq, peut surveil le génome viral sur une échelle massive à un coût bas par les copies multiplex échantillonnées d'ACP qui sont mises ensemble et téléchargées en commun dans la même bibliothèque de ordonnancement en ligne.

« En exécutant des réactions dans les volumes très petits et en mettant ensemble des centaines en commun d'échantillons dans la même bibliothèque de ordonnancement, nous pouvons ordonnancer potentiellement des milliers de génomes viraux par semaine à un coût de moins de dollars than15 selon l'échantillon, » décrit Ning Zhang, un chercheur post-doctoral au service des biochimies et de la biophysique médicale, de l'institut de Karolinska et du Co-premier auteur de la présente étude.

Peu coûteux, précis, et préparez pour la mise en place répandue

L'analyse comparant 29 échantillons SARS-CoV-2 positifs a indiqué que COVseq a eu une capacité égale comme les méthodes normales pour recenser le petit génome change, mais promeut l'inspection de 245 autres échantillons a montré que COVseq a eu une capacité particulièrement élevée de trouver des variantes virales émergentes de préoccupation.

Ceci explique l'efficacité de COVseq, qui est encore grâce avantageuse à la rentabilité relativement à d'autres méthodes actuelles de dépistage. En effet, PCRs multiplex sont peu coûteux et n'exigent pas la formation des spécialistes, les rendant largement accessibles aux travailleurs de ligne du front autour du monde.  

Notre méthode peu coûteuse a pu immédiatement être employée pour le contrôle SARS-CoV-2 génomique par des agences de santé publique et a pu également être facilement adaptée à d'autres virus ARN, tels que des virus de grippe et de dengue, »

Nicola Crosetto, service des biochimies et de la biophysique médicales, institut de Karolinska

Un dispositif de poursuite génomique si efficace et prometteur peut prouver particulièrement précieux à mesure que les régimes de la vaccination augmente autour du monde. Plusieurs pays comprenant l'Inde et le Royaume-Uni remarquent déjà les effets des variantes nuisibles.

Pourtant cette configuration est rien de neuf, car il a été que plusieurs variantes aient été déjà présentes au début de la pandémie en Chine. Les chercheurs sont pour cette raison avertis bon de la capacité de SARS-CoV-2 de subir une mutation, et des outils qui sont peu coûteux et largement - procurable soyez le plus efficace en recensant, en suivant, et en traitant des variantes apparaissantes.

Journal reference:
  • "COVseq is a cost-effective workflow for mass-scale SARS-CoV-2 genomic surveillance". Michele Simonetti, Ning Zhang, Luuk Harbers, Maria Grazia Milia, Silvia Brossa, Thi Thu Huong Nguyen, Francesco Cerutti, Enrico Berrino, Anna Sapino, Magda Bienko, Antonino Sottile, Valeria Ghisetti and Nicola Crosetto. Nature Communications, online 23 June 2021, doi: 10.1038/s41467-021-24078-9.
James Ducker

Written by

James Ducker

James completed his bachelor in Science studying Zoology at the University of Manchester, with his undergraduate work culminating in the study of the physiological impacts of ocean warming and hypoxia on catsharks. He then pursued a Masters in Research (MRes) in Marine Biology at the University of Plymouth focusing on the urbanization of coastlines and its consequences for biodiversity.  

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