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Lo strumento di sorveglianza del genoma facilita la rilevazione delle varianti COVID-19

I ricercatori svedesi hanno sviluppato COVseq, un inseguitore del genoma SARS-CoV-2 che può essere prodotto ad una larga scala per un piccolo costo.

Varianti COVID-19

Varianti SARS-CoV-2. Credito di immagine: Lightspring/Shutterstock.com

Una corsa contro il tempo per indirizzare evoluzione SARS-CoV-2

Migliaia di genoma virali sono state identificate ed ordinato state per ricostruire l'evoluzione e la diffusione globale del coronavirus. Questi informazioni sono chiave identificare le varianti che sono più contagiose, patogene, o resistenti ai vaccini attuali ed ai trattamenti.

La precipitazione radioattiva potenziale di SARS-CoV-2 ha potuto forzare i paesi registrare di nuovo il lockdown e rendere gli sforzi correnti della vaccinazione inefficaci. Tuttavia, i ricercatori già stanno tentando di affrontare queste emissioni sviluppando parecchi approcci.

In primo luogo, i vaccini sempre più si sono rivelati essere efficaci contro la maggior parte delle varianti correnti, in grado di limitare la diffusione della corrente e delle varianti emergenti. In secondo luogo, le polizze sono state applicate per identificare e rintracciare la sorgente e la diffusione delle varianti per contenere la diffusione. Per concludere, i ricercatori egualmente hanno cominciato a sviluppare gli strumenti genomica per facilitare tenere la carreggiata delle varianti.

Il precedente era il fuoco di uno studio pubblicato nelle comunicazioni della natura del giornale degli scienziati al laboratorio di Bienko-Crosetto all'istituto ed alla scienza di Karolinska per il laboratorio di vita (SciLifeLabthe in Svezia. Il gruppo è riuscito alla tecnologia svilupparsi per sorveglianza redditizia della diffusione globale di nuove varianti SARS-CoV-2.

Il nuovo metodo, nominato COVseq, può surveil il genoma virale su un disgaggio massiccio ad un basso costo attraverso le copie multiple campionate di PCR che sono riunite insieme e sono caricate nella stessa libreria d'ordinamento online.

“Eseguendo le reazioni nei volumi molto piccoli e riunendo insieme le centinaia di campioni nella stessa libreria d'ordinamento, possiamo ordinare potenzialmente migliaia di genoma virali alla settimana ad un costo di meno dollari than15 per campione,„ descriviamo Ning Zhang, un ricercatore postdottorale al dipartimento della biochimica e della biofisica medica, dell'istituto di Karolinska e del co-primo autore dello studio presente.

Economico, accurato e ready per l'entrata in vigore su vasta scala

L'analisi che confronta 29 campioni positivi SARS-CoV-2 ha rivelato che COVseq ha avuto un'abilità uguale come i metodi standard per identificare il piccolo genoma cambia, ma che avanza un esame altri di 245 campioni ha mostrato che COVseq ha avuto una capacità particolarmente alta di individuare le varianti virali emergenti di preoccupazione.

Ciò dimostra l'efficacia di COVseq, che è più ulteriormente grazie utili alla redditività riguardante altri metodi correnti di rilevazione. Effettivamente, PCRs multiplo è economico e non richiede l'addestramento specialistico, rendente li ampiamente accessibili ai lavoratori di linea di battaglia intorno al mondo.  

Il nostro metodo economico ha potuto immediatamente essere usato per sorveglianza genomica SARS-CoV-2 dalle agenzie di salute pubblica ed ha potuto anche adattarsi facilmente ad altri virus a RNA, quali i virus di febbre rompiossa e di influenza,„

Nicola Crosetto, dipartimento di biochimica e di biofisica mediche, istituto di Karolinska

Così efficace ed inseguitore genomica di promessa può provare particolarmente apprezzato mentre le tariffe della vaccinazione aumenta intorno al mondo. Parecchi paesi compreso l'India ed il Regno Unito già stanno avvertendo gli effetti delle varianti nocive.

Eppure questo reticolo è niente di nuovo, poichè è stato provato che parecchie varianti erano già presenti all'inizio della pandemia in Cina. I ricercatori sono quindi informato buono della capacità di SARS-CoV-2 di subire una mutazione e strumenti che sono economici ed ampiamente - disponibile sia il più efficace nell'identificazione, nel tenere la carreggiata e nel trattamento delle varianti emergenti.

Journal reference:
  • "COVseq is a cost-effective workflow for mass-scale SARS-CoV-2 genomic surveillance". Michele Simonetti, Ning Zhang, Luuk Harbers, Maria Grazia Milia, Silvia Brossa, Thi Thu Huong Nguyen, Francesco Cerutti, Enrico Berrino, Anna Sapino, Magda Bienko, Antonino Sottile, Valeria Ghisetti and Nicola Crosetto. Nature Communications, online 23 June 2021, doi: 10.1038/s41467-021-24078-9.
James Ducker

Written by

James Ducker

James completed his bachelor in Science studying Zoology at the University of Manchester, with his undergraduate work culminating in the study of the physiological impacts of ocean warming and hypoxia on catsharks. He then pursued a Masters in Research (MRes) in Marine Biology at the University of Plymouth focusing on the urbanization of coastlines and its consequences for biodiversity.  

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