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A ferramenta da fiscalização do genoma facilita a detecção das variações COVID-19

Os pesquisadores suecos desenvolveram COVseq, um perseguidor do genoma SARS-CoV-2 que pudesse ser produzido em uma grande escala para um custo pequeno.

Variações COVID-19

Variações SARS-CoV-2. Crédito de imagem: Lightspring/Shutterstock.com

Uma raça contra a hora de endereçar a evolução SARS-CoV-2

Os milhares de genomas virais foram identificados e arranjados em seqüência para reconstruir a evolução e a propagação global do coronavirus. Esta informação é chave identificar as variações que são mais contagiosos, patogénicos, ou resistentes às vacinas existentes e aos tratamentos.

A precipitação potencial de SARS-CoV-2 podia forçar países para reenter o lockdown e tornar esforços actuais da vacinação ineficazes. Contudo, os pesquisadores já estão tentando endereçar estas edições desenvolvendo diversas aproximações.

Primeiramente, as vacinas foram provadas cada vez mais ser eficazes contra a maioria de variações actuais, que poderiam limitar a propagação da corrente e de variações emergentes. Em segundo, as políticas foram executadas para identificar e seguir a fonte e a propagação das variações para conter a propagação. Finalmente, os pesquisadores igualmente começaram a desenvolver ferramentas genomic para facilitar o seguimento das variações.

O anterior era o foco de um estudo publicado nas comunicações da natureza do jornal por cientistas no laboratório de Bienko-Crosetto no instituto e na ciência de Karolinska para o laboratório da vida (SciLifeLabthe na Suécia. A equipe sucedeu na tecnologia tornando-se para a fiscalização eficaz na redução de custos da propagação global das variações SARS-CoV-2 novas.

O método novo, nomeado COVseq, pode surveil o genoma viral em uma escala maciça a baixo custo através das cópias multiplex provadas do PCR que são associadas junto e transferidas ficheiros pela rede na mesma biblioteca arranjando em seqüência em linha.

“Executando reacções em volumes muito pequenos e associando junto centenas de amostras na mesma biblioteca arranjando em seqüência, nós podemos arranjar em seqüência potencial milhares de genomas virais pela semana a custo de menos dólares than15 pela amostra,” descrevemos Ning Zhang, um pesquisador pos-doctoral no departamento da bioquímica e da biofísica médica, do instituto de Karolinska e do co-primeiro autor do estudo actual.

Barato, exacto, e apronte para a aplicação widescale

A análise que compara 29 amostras SARS-CoV-2 positivas revelou que COVseq teve uma capacidade igual como os métodos padrão para identificar o genoma pequeno mudam, mas promove um exame outras de 245 amostras mostrou que COVseq teve uma capacidade particularmente alta para detectar variações virais emergentes do interesse.

Isto demonstra a eficácia de COVseq, que é mais agradecimentos benéficos à rentabilidade relativo a outros métodos actuais da detecção. Certamente, PCRs multiplex é barato e não exige a formação de especialistas, fazendo os extensamente acessíveis aos trabalhadores da linha da frente em todo o mundo.  

Nosso método barato podia imediatamente ser usado para a fiscalização SARS-CoV-2 genomic por agências da saúde pública e podia igualmente facilmente ser adaptado a outros vírus do RNA, tais como a gripe e os vírus de dengue,”

Nicola Crosetto, departamento da bioquímica e da biofísica médicas, instituto de Karolinska

Um perseguidor genomic tão eficaz e prometedor pode provar particularmente o artigo de valor enquanto as taxas de vacinação aumentam em todo o mundo. Diversos países que incluem a Índia e o Reino Unido já estão experimentando os efeitos de variações prejudiciais.

Contudo este teste padrão é nada de novo, porque se mostrou que diversas variações estavam já actuais no início da pandemia em China. Os pesquisadores estão conseqüentemente cientes bom da capacidade de SARS-CoV-2 para transformar-se, e as ferramentas que são baratas e amplamente disponível seja o mais eficaz na identificação, seguindo, e tratando variações emergentes.

Journal reference:
  • "COVseq is a cost-effective workflow for mass-scale SARS-CoV-2 genomic surveillance". Michele Simonetti, Ning Zhang, Luuk Harbers, Maria Grazia Milia, Silvia Brossa, Thi Thu Huong Nguyen, Francesco Cerutti, Enrico Berrino, Anna Sapino, Magda Bienko, Antonino Sottile, Valeria Ghisetti and Nicola Crosetto. Nature Communications, online 23 June 2021, doi: 10.1038/s41467-021-24078-9.
James Ducker

Written by

James Ducker

James completed his bachelor in Science studying Zoology at the University of Manchester, with his undergraduate work culminating in the study of the physiological impacts of ocean warming and hypoxia on catsharks. He then pursued a Masters in Research (MRes) in Marine Biology at the University of Plymouth focusing on the urbanization of coastlines and its consequences for biodiversity.  

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