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La herramienta de la vigilancia del genoma facilita la detección de las variantes COVID-19

Los investigadores suecos han desarrollado COVseq, perseguidor del genoma SARS-CoV-2 que puede ser producido en un gran escala para un pequeño costo.

Variantes COVID-19

Variantes SARS-CoV-2. Haber de imagen: Lightspring/Shutterstock.com

Una carrera contra hora de dirigir la evolución SARS-CoV-2

Los millares de genomas virales se han determinado y se han ordenado para reconstruir la evolución y la extensión global del coronavirus. Esta información es dominante determinar las variantes que son más contagiosas, patógenas, o resistentes a las vacunas existentes y a los tratamientos.

El polvillo radiactivo potencial de SARS-CoV-2 podía forzar países para entrar el lockdown de nuevo y para hacer esfuerzos actuales de la vacunación ineficaces. Sin embargo, los investigadores están tentativa ya abordar estas entregas desarrollando varias aproximaciones.

Primero, las vacunas se han demostrado cada vez más ser efectivas contra la mayoría de las variantes actuales, que podrían limitar la extensión de la corriente y de variantes emergentes. En segundo lugar, los planes de acción se han aplicado para determinar y para trazar la fuente y la extensión de variantes para contener la extensión. Finalmente, los investigadores también han comenzado a desarrollar las herramientas genomic para facilitar la búsqueda de variantes.

El anterior era el foco de un estudio publicado en las comunicaciones de la naturaleza del gorrón por los científicos en el laboratorio de Bienko-Crosetto en el instituto y la ciencia de Karolinska para el laboratorio de la vida (SciLifeLabthe en Suecia. Las personas tuvieron éxito en la tecnología que se convertía para la vigilancia de poco costo de la extensión global de las nuevas variantes SARS-CoV-2.

El nuevo método, nombrado COVseq, puede surveil el genoma viral en una escala masiva en un bajo costo a través de las copias múltiplexes muestreadas de la polimerización en cadena que se reúnen juntas y se cargan por teletratamiento en la misma biblioteca de secuencia en línea.

“Realizando reacciones en volúmenes muy pequeños y reuniendo juntas centenares de muestras en la misma biblioteca de secuencia, podemos ordenar potencialmente millares de genomas virales por semana en un costo de menos dólares than15 por muestra,” describimos a Ning Zhang, investigador postdoctoral en el departamento de la bioquímica y de la biofísica médica, del instituto de Karolinska y del co-primer autor del actual estudio.

Barato, exacto, y aliste para la puesta en vigor a gran escala

El análisis que comparaba 29 muestras positivas SARS-CoV-2 reveló que COVseq tenía una capacidad igual como los métodos estándar para determinar el pequeño genoma cambian, pero fomenta el examen de 245 otras muestras mostró que COVseq tenía una capacidad determinado alta de descubrir variantes virales emeregentes de la preocupación.

Esto demuestra la eficacia de COVseq, que es más a fondo gracias beneficiosos a la rentabilidad en relación con otros métodos actuales de detección. De hecho, PCRs múltiplex es barato y no requiere el entrenamiento de especialista, haciéndolos extensamente accesibles a los trabajadores de la frente en todo el mundo.  

Nuestro método barato se podía utilizar inmediatamente para la vigilancia genomic SARS-CoV-2 por las dependencias de la salud pública y se podía también adaptar fácilmente a otros virus del ARN, tales como gripe y virus de dengue,”

Nicola Crosetto, departamento de la bioquímica y de la biofísica médicas, instituto de Karolinska

Un perseguidor genomic tan efectivo y prometedor puede probar determinado valioso mientras que los índices de vacunación aumentan en todo el mundo. Varios países incluyendo la India y el Reino Unido están experimentando ya los efectos de variantes dañinas.

Con todo esta configuración es nada nuevo, pues se ha probado que varias variantes estaban ya presentes en el inicio del pandémico en China. Los investigadores son por lo tanto enterados bien de la capacidad de SARS-CoV-2 de transformarse, y las herramientas que son baratas y extensamente - disponible sea el más efectivo de determinar, de rastrear, y de tratar variantes emergentes.

Journal reference:
  • "COVseq is a cost-effective workflow for mass-scale SARS-CoV-2 genomic surveillance". Michele Simonetti, Ning Zhang, Luuk Harbers, Maria Grazia Milia, Silvia Brossa, Thi Thu Huong Nguyen, Francesco Cerutti, Enrico Berrino, Anna Sapino, Magda Bienko, Antonino Sottile, Valeria Ghisetti and Nicola Crosetto. Nature Communications, online 23 June 2021, doi: 10.1038/s41467-021-24078-9.
James Ducker

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James Ducker

James completed his bachelor in Science studying Zoology at the University of Manchester, with his undergraduate work culminating in the study of the physiological impacts of ocean warming and hypoxia on catsharks. He then pursued a Masters in Research (MRes) in Marine Biology at the University of Plymouth focusing on the urbanization of coastlines and its consequences for biodiversity.  

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