Advertencia: Esta página es una traducción de esta página originalmente en inglés. Tenga en cuenta ya que las traducciones son generadas por máquinas, no que todos traducción será perfecto. Este sitio Web y sus páginas están destinadas a leerse en inglés. Cualquier traducción de este sitio Web y su páginas Web puede ser imprecisa e inexacta en su totalidad o en parte. Esta traducción se proporciona como una conveniencia.

Los investigadores evalúan las herramientas para la identificación de microRNAs en instalaciones

Hace casi veinte años, el proceso de imponer silencio del ARN fue descubierto en instalaciones, por el que los pequeños fragmentos del ARN desactiven una porción de un gen durante síntesis de la proteína. Estos fragmentos--microRNAs llamados (abreviados como miRNAs)--se han mostrado desde entonces para ser esencial en casi cada escenario del incremento y el revelado en instalaciones, de la producción de flores, los vástagos, y las raíces a las instalaciones de las maneras obra recíprocamente con su ambiente y rechaza la infección.

La detección y la caracterización de miRNAs es un campo de la investigación activo. En la década los siguientes su descubrimiento en instalaciones, sobre 1.000 herramientas bioinformatic fueron utilizados para determinar miRNAs y para proyectar lugares potenciales para buscarlos.

En un nuevo estudio publicado en los usos del gorrón en botánicas, los investigadores se establecieron para simplificar el proceso del descubrimiento y de la caracterización del miRNA probando ocho de los usos más de uso general del miRNA, evaluando cada uno basada en exactitud, sensibilidad, velocidad, y la cantidad de memoria de computadora usada por el software.

El número escarpado de usos disponibles puede hacer estudiar miRNAs una tarea de enormes proporciones. Desarrollaron y fueron probada a la mayoría de estas herramientas (el 77%) también con los sistemas animales en la mente, haciéndolo no entendible si su utilidad puede ser extendida para la detección y el análisis de miRNAs en instalaciones.

Los caminos biosintéticos del miRNA en instalaciones y animales son diferentes. Al mismo tiempo, la estructura del vástago-rizo de los precursores del miRNA de la instalación es más grande que la de animales. Los miRNAs de la instalación serán modificados por la metilación, pero los miRNAs animales no.”

El Dr. Qi You, conferenciante, universidad agrícola de la universidad de Yangzhou y autor mayor del estudio

Las cosas consiguen incluso más difíciles al considerar que los individuos de la misma especie de la instalación puedan tener tallas diversas del genoma, haciéndola difícil desarrollar una única aproximación estandardizada. Además, algunos programas buscan solamente los miRNAs que se saben ya para existir, mientras que otros se peinan a través de los genomas para encontrar nuevas adiciones al filete.

Finalmente, mientras que la mayoría de las consideraciones de búsqueda del uso de las herramientas para determinar directamente las series en un genoma, otras del miRNA se diseñan para explorar para los miRNAs en sus escenarios de desarrollo tempranos (miRNA del precursor), cuando más pares bajos se sujetan en cualquier extremo antes del las compensaciones de proceso de hendimiento moleculares ellos hacia abajo a clasificar.

Usted y sus colegas tomó ocho usos del miRNA (uno que fue desarrollado para el uso en animales, y dos que se utilizan exclusivamente para localizar el miRNA del precursor) y vigoroso probado les en cuatro diversas especies de la instalación, cada uno con el genoma diverso clasifica: berro del thale (thaliana de Arabidopsis), arroz (Oryza sativa), maíz (Zea mayos), y trigo (triticum aestivum).

Mientras que los ocho programas tenían funcionamiento similar en términos de exactitud, había algunos ganadores y perdedores obvios para el resto de las métricas rayadas, analizados juntos y por separado.

Primero, el software desarrollado para la detección del miRNA en animales rayó ciclón en sensibilidad y por término medio llevó más de largo la corrida que la mayor parte de los otros programas. Era determinado malo en determinar miRNAs sabidos en maíz y tenía una alta tasa de verdad a los positivos falsos en trigo, indicando que no es probablemente seguro conveniente para el uso en instalaciones.

Dos programas se destacaban del descanso para su alta sensibilidad y tiempo de ejecución inferiores. El primer, miRExpress--un programa se convirtió en 2009 para la detección de miRNAs nuevos supuestos--tenía la sensibilidad más alta para tres de las cuatro especies probadas y utilizó la menos cantidad de memoria. El subcampeón era el sRNAbench del programa, que tenía la sensibilidad más alta para el trigo y los tiempo de ejecución similares.

De los dos, el sRNAbench tiene muchas de las mismas funciones y utilidad que el programa desarrollado para los sistemas animales probados en este estudio, haciéndole un macizo substituye uso en instalaciones.

, Sin embargo, no hay final opción única cuando se trata de elegir el mejor programa, y los investigadores deben elegir basado en sus necesidades y los recursos disponibles, usted dijo.

Los “investigadores deben considerar la talla del genoma de la especie probada, la talla de los datos de la muestra, y la configuración de su propio material informático.”

Para los laboratorios que no pudieron tener acceso al ordenador de alto rendimiento o que no tienen espacio suficiente de la memoria de computadora, los autores recomiendan miRExpress, que mantiene regímenes de alta exactitud mientras que siendo menos recurso-intensivo.

Para ésos con más RAM, el sRNAbench es el siguiente intensifica, con alta exactitud y aplicabilidad a varias especies con tallas diversas del genoma. Semejantemente, descubrir el miRNA del precursor requiere una gran cantidad de RAM, para el cual los autores recomiendan el miRkwood del programa.

Source:
Journal reference:

Li, Q., et al. (2021) Evaluation and application of tools for the identification of known microRNAs in plants. Applications in Plant Sciences. doi.org/10.1002/aps3.11414.