Aviso: Esta página é uma tradução automática da página original em inglês. Por favor note uma vez que as traduções são geradas por máquinas, não tradução tudo será perfeita. Este site e suas páginas da Web destinam-se a ler em inglês. Qualquer tradução deste site e suas páginas da Web pode ser imprecisas e imprecisos no todo ou em parte. Esta tradução é fornecida como uma conveniência.

A ferramenta nova permite a caracterização da multi-definição de taxonomias moleculars

A descoberta de grupos ou categorias novas dentro das doenças, os organismos e processos biológicos e sua organização em relacionamentos hierárquicos é perseguições importantes e periódicas na biologia e na medicina, que podem ajudar a explicar vulnerabilidades grupo-específicas e intervenções terapêuticas finalmente novas.

Agora um estudo novo introduz uma metodologia computacional nova e uma ferramenta de software associada chamadas K2Taxonomer, que apoiam a descoberta e a anotação automatizadas de classificações moleculars a níveis múltiplos de definição do volume da alto-produção e dos únicos dados do “omics” da pilha.

O estudo inclui um estudo de caso que detalha a análise do transcriptome dos linfócitos da tumor-infiltração do peito (glóbulos brancos no sistema imunitário, aka no TILs) em uma base da único-pilha, que expanda significativamente em cima dos resultados precedentes e apresente a incorporação dos métodos (produzido pelo computador que modela) em uns trabalhos in silico avançados da análise.

Nosso estudo apresenta uma avaliação detalhada e uma avaliação extensiva dos dados no simulados e reais do método, que mostram de forma convincente sua precisão alta, seu desempenho superior quando comparado a outros métodos representativos e sua capacidade (com referência a) descobre a classificação molecular aninhada conhecida.”

Eric Reed, PhD, autor do estudo primeiro e graduado recente do programa da bioinformática, Faculdade de Medicina da universidade de Boston

Os pesquisadores encontraram que a análise de K2Taxonomer-based de únicos dados de pilha do peito TILs caracterizou uma assinatura transcricional comum aos subconjuntos de célula T imunes múltiplos. Importante, a análise encontrou que a activação desta assinatura está associada com a melhor sobrevivência em pacientes de cancro da mama.

“Nosso estudo aponta a algumas das características de que resposta imune do cancro eficaz olharia como. Não somente poderia isto permitir-nos de prever melhor como os pacientes de cancro da mama irã0 após o diagnóstico, mas igualmente revela alguns programas imunes específicos que precisam de ser aumentados para gerar a resposta imune do assassino da (literalmente),” autor Stefano correspondente adicionado Monti, PhD, professor adjunto da medicina na Faculdade de Medicina da universidade de Boston (BUSM).

De acordo com Monti, a identificação e a caracterização de tipos diferentes da pilha dentro de um tumor, de seu microambiente e de uma compreensão mais profunda de sua interferência, são essenciais melhorar mecanismos compreensivos da iniciação, da progressão e da sensibilidade do cancro às aproximações da intervenção. Diz que a metodologia recentemente desenvolvido pode ingualmente ser aplicada à análise de outros componentes de um tumor, incluindo tipos diferentes de pilhas malignos, estroma do tumor (tecido de suporte) e adipocytes cancro-associados (uma pilha especializada para o armazenamento da gordura.)

Source:
Journal reference:

Reed, E. R & Monti, (2021) Multi-resolution characterization of molecular taxonomies in bulk and single-cell transcriptomics data. Nucleic Acid Research. doi.org/10.1093/nar/gkab552.