Aviso: Esta página é uma tradução automática da página original em inglês. Por favor note uma vez que as traduções são geradas por máquinas, não tradução tudo será perfeita. Este site e suas páginas da Web destinam-se a ler em inglês. Qualquer tradução deste site e suas páginas da Web pode ser imprecisas e imprecisos no todo ou em parte. Esta tradução é fornecida como uma conveniência.

Aproximação aerodinâmica nova para arranjar em seqüência do genoma da alto-cobertura de únicas pilhas de fermento

Uma única pilha pode revelar muito sobre o mundo biológico com arranjar em seqüência genomic. Os cientistas podem comparar uma única, pilha isolada a outras amostras, analisando as diferenças e as similaridades para compreender melhor como os organismos originaram e evoluíram -; ou mesmo para descobrir a espécie inteiramente nova.

Contudo, apesar da revelação rápida da único-pilha que arranja em seqüência tecnologias, a preparação da amostra ainda está retardando-se distante atrás e transformou-se cada vez mais um gargalo principal que impede a aplicação mais larga de tecnologias da único-pilha.

Para resolver esta edição, os pesquisadores do instituto de Qingdao da tecnologia da bioenergia e do bioprocedimento (QIBEBT) da academia de ciências chinesa combinaram a preparação da amostra da único-pilha e métodos arranjar em seqüência em uma única, aproximação aerodinâmica chamada a disposição dinâmica endereçável da gota (aDDA).

Seu estudo foi publicado em pequeno o 23 de julho.

A único-pilha que arranja em seqüência métodos existentes é geralmente incapaz de seguir completamente uma pilha particular da preparação da amostra a arranjar em seqüência, que se nubla os resultados de como um genoma combina realmente a função específica da pilha correspondente. A solução encontra-se em combinar partes de duas plataformas gota-baseadas.”

Li Chunyu, primeiro autor, pesquisador no centro da Único-Pilha de QIBEBT

“Uma plataforma microfluidic da gota ideal para a preparação da amostra exige não somente características estáticas tais como a identificação e a recuperação exactas de gotas único-pilha-abrigando do indivíduo, mas igualmente a capacidade de reacções bioquímicas precisamente controladas em uma escala do picoliter -; um trilhonésimo de um litro, menor do que o que o olho humano pudesse ver,” Li disse. “No aDDA, toda a preparação da amostra pisa, incluindo o isolamento da único-pilha, lysis da pilha, amplificação e a recuperação do produto, é executada em ordem dentro de uma gota muito pequena. Desta maneira, cada pilha pode precisamente ser seguida ao longo da preparação inteira da amostra da único-pilha e processo arranjar em seqüência.”

As disposições estáticas da gota permitem que os pesquisadores exactamente identifiquem e recuperem as gotas que contêm uma única pilha do alvo, quando as plataformas de fluxo contínuo da gota processarem cada etapa sucessivamente e rapidamente. A equipe combinou estas duas aproximações no aDDA, que processa ràpida as pilhas desejadas como identificadas por pesquisadores.

Para validar sua aproximação, os pesquisadores processaram o genoma de únicas pilhas de fermento. Encontraram que o aDDA reduziu algumas das introduções das aproximações separadas e conduziram a arranjar em seqüência 91% do genoma da única pilha. As aproximações tradicionais calculam a média recuperam somente aproximadamente 26% do genoma para arranjar em seqüência de uma única pilha.

“Presentemente, esta plataforma é limitada pela produção desde que a etapa da recuperação é ainda manual,” disse o miliampère BO, director-adjunto do centro da Único-Pilha e o autor do senor deste estudo, notando a equipe está trabalhando agora para automatizar o processo da recuperação. “Não obstante, combinando a força da disposição estacionária posicionada da gota e da manipulação dinâmica da gota, o aDDA deve encontrar a aplicação larga nas relações de exploração do fenótipo-genótipo na definição precisamente de uma célula para a pletora de formulários de vida na terra.”

Source:
Journal reference:

Li, C., et al. (2021) Integrated Addressable Dynamic Droplet Array (aDDA) as Sub-Nanoliter Reactors for High-Coverage Genome Sequencing of Single Yeast Cells. Small. doi.org/10.1002/smll.202100325.