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La variante potentielle d'intérêt en Afrique du Sud a affecté à la lignée C.1.2 de PANGO

Le coronavirus 2 (SARS-CoV-2), l'agent causal de syndrôme respiratoire aigu sévère de la pandémie actuelle de la maladie de coronavirus (COVID-19), était d'abord rapporté en 2019 à Wuhan, Chine. En raison de l'évolution soutenue du virus pendant qu'il diffuse parmi la population globale, beaucoup de variantes ont apparu.

Certaines de ces variantes, telles que l'alpha et la triangle, ont montré le pouvoir infectant accru au-dessus de la tension de Wuhan. Il y a même de la preuve de proposer que la variante de triangle ait montré l'évasion d'immunité obtenue par le vaccin ou l'infection avec une tension plus tôt.

Ainsi la surveillance étroite des variantes apparaissantes et de leur forme physique virale est devenue un élément essentiel de management universel - à côté des campagnes de masse de vaccination.

Catégorie des variantes SARS-CoV-2

Les variantes neuf apparues ont été classifiées comme variantes d'intérêt (VOI) ou variantes de préoccupation (VOC) basées sur leurs profils cliniques et épidémiologiques. Actuellement, parmi les tensions SARS-CoV-2 de diffusion, les variantes d'alpha, de bêta, de gamma, et de triangle sont classées par catégorie sous le COV, alors qu'Eta, iota, Kappa, et lambda ont été classifiés comme VOI.

Parmi le COV, l'alpha, les bêta, et la triangle ont été rapportés pour avoir le choc global maximum dû à leur haut débit de boîte de vitesses et leur potentiel d'éluder des réactions immunitaires. Comme beaucoup de pays mondiaux, l'Afrique du Sud a été également influencée par la variante de triangle.

Contrôle génomique des tensions SARS-CoV-2 en Afrique du Sud

Le contrôle génomique soutenu des tensions SARS-CoV-2 en Afrique du Sud a indiqué une augmentation du nombre de séquences appartenant à la lignée C.1 pendant la troisième onde (mai 2021) des infections SARS-CoV-2. Cette observation était inattendue parce que C.1 était dernier rapporté en janvier 2021.

Une équipe de recherche récent comparée les profils mutationnels entre les séquences C.1 neuf recensées et plus anciennes. Ils ont trouvé la mutation neuf apparue de D614G contenue par séquences dans la pointe. Mondial, C1 a montré un débit de transmission minimum. Cependant, il plus tard a été trouvé en Mozambique contenant des mutations complémentaires et a été affecté à la lignée C.1.1 de PANGO.

Le contrôle génomique soutenu a eu comme conséquence l'identification des séquences plus neuves en Afrique du Sud, qui sont distinctes de C.1.1. Les scientifiques les ont affectées à la lignée C.1.2 de PANGO le 22 juillet 2021.

Cette étude est procurable dans le serveur de prétirage de medRxiv*, alors que l'article subit l'inspection professionnelle.

Caractérisation de la lignée C.1.2

C.1.2 est COV hautement muté et VOI comparés à C.1 et et tous autres recensés jusqu'à présent. Les chercheurs ont indiqué que C.1.2 est phylogénétique plus près de la variante de lambda (C.37).

En mai, la lignée C.1.2 a été trouvée pour la première fois dans les provinces de Mpumalanga et de Gauteng de l'Afrique du Sud. Peu après, elle a été trouvée dans beaucoup d'endroits, tels que les provinces de Kwazulu Natal et de Limpopo de l'Afrique du Sud, ainsi qu'en Angleterre et en Chine. Avant le 13 août, on l'a trouvé dans la majorité de provinces sud-africaines, y compris le Cap-Oriental et le Cap-Occidental. Il a été également trouvé au Nouvelle-Zélande, en Îles Maurice, en république démocratique du Congo (transporteur), au Portugal, et en Suisse.

Les auteurs de cette étude ont recensé 63 séquences qui ont apparié la lignée C.1.2, parmi laquelle 59 séquences ont été employées pour des analyses et/ou l'analyse phylogénétiques de pointe. Le contrôle SARS-CoV-2 génomique est actuel, et type un délai d'environ 2-4 semaines se produit entre l'échantillonnage et les caractéristiques étant publiquement - procurables sur l'initiative globale sur partager toutes les caractéristiques de grippe (GISAID). Recherche de l'étude actuelle a observé une augmentation régulière dans le nombre de génomes C.1.2 en Afrique du Sud.

Les chercheurs ont indiqué que l'évolution de SARS-CoV-2 en 2020 était 8x10-4 les remplacements/site/année, qui est associée à 24 remplacements par an. Cependant, la phylogénie globale, y compris C.1.2 ordonnance, a montré un rythme de horloge marginalement plus élevé de 26,6 remplacements par an. Parmi la majorité des séquences, le régime de remplacement des séquences C.1.2 s'avère beaucoup plus élevé.

Bien que C.1.2 partage les mutations assimilées avec C.1, il a certaines mutations complémentaires dans l'ORF1ab, la pointe, les protéines d'ORF3a, d'ORF9b, d'E, de M, et de N. Plusieurs de ces mutations se sont produites dans la région de pointe. Plus de 50% des virus montrés pour être C.1.2 contiennent 14 mutations. Les chercheurs ont indiqué que cinq des quatorze mutations sont présents dans le NTD, trois dans le motif récepteur-grippant (RBM), et deux à côté du site de clivage de furin. Les quatre mutations demeurantes sont P9L, D614G, H655Y, et T859N.

Les scientifiques ont estimé que 52% des mutations de pointe trouvées dans C.1.2 ont été précédemment recensés en l'autres VOI et COV. Quelques mutations sont courantes entre C.1.2 et tous autres VOI et/ou COV. Par exemple, D614G est courant en travers de toutes les variantes, des mutations d'E484K et de N501Y sont trouvées dans bêta et des variantes gamma, le N501Y dans l'alpha, et l'E484K est trouvées dans la variante d'Eta.

Conclusion

L'étude actuelle a assuré le contrôle génomique de SARS-CoV-2 pendant la troisième onde de l'infection en Afrique du Sud et pouvait recenser une variante SARS-CoV-2 neuve. Cette tension a été affectée à la lignée C.1.2 de PANGO, qui a été également trouvée en Europe, l'Asie, l'Afrique, et Océanie. Actuellement, les auteurs de cette étude déterminent le choc de la variante C.1.2 sur l'anticorps de neutralisation suivant l'infection naturelle ou la réaction immunitaire vaccin-induite en Afrique du Sud.

avis *Important

le medRxiv publie les états scientifiques préliminaires qui pair-ne sont pas observés et ne devraient pas, en conséquence, être considérés comme concluants, guident la pratique clinique/comportement relatif à la santé, ou traité en tant qu'information déterminée.

Journal reference:
Dr. Priyom Bose

Written by

Dr. Priyom Bose

Priyom holds a Ph.D. in Plant Biology and Biotechnology from the University of Madras, India. She is an active researcher and an experienced science writer. Priyom has also co-authored several original research articles that have been published in reputed peer-reviewed journals. She is also an avid reader and an amateur photographer.

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