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A variação potencial do interesse em África do Sul atribuiu à linhagem C.1.2 de PANGO

O coronavirus 2 da Síndrome Respiratória Aguda Grave (SARS-CoV-2), o agente causal da pandemia em curso da doença do coronavirus (COVID-19), foi relatado primeiramente em 2019 em Wuhan, China. Devido à evolução contínua do vírus como circula entre a população global, muitas variações emergiram.

Algumas destas variações, tais como o alfa e o delta, exibiram a infectividade aumentada sobre a tensão de Wuhan. Há mesmo alguma evidência para sugerir que a variação do delta exiba a evasão da imunidade induzida pela vacina ou pela infecção com uma tensão mais adiantada.

Assim a monitoração próxima de variações emergentes e de sua aptidão viral transformou-se um elemento crucial da gestão pandémica - ao lado das campanhas em massa da vacinação.

Classificação das variações SARS-CoV-2

As variações recentemente emersas foram classificadas como variações do interesse (VOI) ou variações do interesse (VOC) baseadas em seus perfis clínicos e epidemiológicos. Presentemente, entre as tensões SARS-CoV-2 de circulação, beta, da gama, e do delta as variações alfa, estão categorizadas sob o VOC, quando Eta, o Iota, o Kappa, e o Lambda forem classificados como VOI.

Entre o VOC, o alfa, o beta, e o delta foi relatado para ter o impacto global máximo devido a sua taxa alta de transmissão e o seu potencial iludir respostas imunes. Como muitos países no mundo inteiro, África do Sul foi impactada igualmente pela variação do delta.

Fiscalização Genomic das tensões SARS-CoV-2 em África do Sul

A fiscalização genomic contínua das tensões SARS-CoV-2 em África do Sul revelou um aumento no número de seqüências que pertencem à linhagem C.1 durante a terceira onda (em maio de 2021) das infecções SARS-CoV-2. Esta observação era inesperada porque C.1 foi relatado por último em janeiro de 2021.

Uma equipe dos pesquisadores comparou recentemente os perfis mutational entre as seqüências C.1 recentemente identificadas e mais velhas. Encontraram a mutação contida seqüências recentemente emersa de D614G dentro do ponto. Global, C1 exibiu uma taxa de transmissão mínima. Contudo, mais tarde foi detectado em Moçambique que contem mutações adicionais e atribuído à linhagem C.1.1 de PANGO.

A fiscalização genomic contínua conduziu à identificação de umas seqüências mais novas em África do Sul, que fossem distintas de C.1.1. Os cientistas atribuíram-nos à linhagem C.1.2 de PANGO o 22 de julho de 2021.

Este estudo está disponível no server da pré-impressão do medRxiv*, quando o artigo se submeter à revisão paritária.

Caracterização da linhagem C.1.2

C.1.2 é transformado altamente comparado a C.1, e todos VOC e VOI restantes identificados até agora. Os pesquisadores revelaram que C.1.2 é phylogenetically mais perto da variação do Lambda (C.37).

Em maio, a linhagem C.1.2 foi detectada pela primeira vez nas províncias de Mpumalanga e de Gauteng de África do Sul. Logo após, foi detectada em muitas áreas, tais como as províncias de Kwazulu Natal e de Limpopo de África do Sul, assim como em Inglaterra e em China. Daqui até o 13 de agosto, encontrou-se na maioria do sul - províncias africanas, incluindo o cabo oriental e o cabo ocidental. Foi detectado igualmente em Nova Zelândia, em Maurícias, em the Democratic Republic of the Congo (manual do transportador), em Portugal, e em Suíça.

Os autores deste estudo identificaram 63 seqüências que combinaram a linhagem C.1.2, entre que 59 seqüências foram usadas para análises filogenéticas e/ou análise do ponto. A fiscalização SARS-CoV-2 genomic é em curso, e tipicamente um atraso de ao redor 2-4 semanas ocorre entre a amostra e os dados que estão publicamente - disponíveis na iniciativa global em compartilhar todos os dados da gripe (GISAID). Pesquisa do estudo actual observou um aumento regular no número dos genomas C.1.2 em África do Sul.

Os pesquisadores revelaram que a evolução de SARS-CoV-2 em 2020 era 8x10-4 as substituições/local/ano, que é associado com as 24 substituições pelo ano. Contudo, a filogenia global, incluindo C.1.2 arranja em seqüência, mostrou uma taxa de pulso de disparo marginal mais alta de 26,6 substituições pelo ano. Entre a maioria das seqüências, a taxa da substituição das seqüências C.1.2 é encontrada para ser muito mais alta.

Embora C.1.2 compartilhe de mutações similares com o C.1, tem determinadas mutações adicionais dentro do ORF1ab, do ponto, das proteínas de ORF3a, de ORF9b, de E, de M, e de N. Muitas destas mutações ocorreram na região do ponto. Mais de 50% dos vírus designados para ser C.1.2 contêm 14 mutações. Os pesquisadores revelaram que cinco das quatorze mutações estam presente dentro do NTD, três dentro do motivo receptor-obrigatório (RBM), e dois junto ao local da segmentação do furin. As quatro mutações permanecendo são P9L, D614G, H655Y, e T859N.

Os cientistas calcularam que 52% das mutações do ponto detectadas em C.1.2 têm sido identificadas previamente no outro VOI e VOC. Algumas mutações são comuns entre C.1.2 e o outro VOI e/ou VOC. Por exemplo, D614G é comum através de todas as variações, as mutações de E484K e de N501Y são encontradas em beta e as variações da gama, N501Y no alfa, e E484K são encontrados na variação de Eta.

Conclusão

O estudo actual conduziu a fiscalização genomic de SARS-CoV-2 durante a terceira onda da infecção em África do Sul e pôde identificar uma variação SARS-CoV-2 nova. Esta tensão foi atribuída à linhagem C.1.2 de PANGO, que foi detectada igualmente em Europa, em Ásia, em África, e em Oceania. Presentemente, os autores deste estudo estão determinando o impacto da variação C.1.2 no anticorpo da neutralização que segue a infecção natural ou a resposta imune vacina-induzida em África do Sul.

observação *Important

o medRxiv publica os relatórios científicos preliminares que par-não são revistos e, não devem conseqüentemente ser considerados como conclusivos, guia a prática clínica/comportamento saúde-relacionado, ou tratado como a informação estabelecida.

Journal reference:
Dr. Priyom Bose

Written by

Dr. Priyom Bose

Priyom holds a Ph.D. in Plant Biology and Biotechnology from the University of Madras, India. She is an active researcher and an experienced science writer. Priyom has also co-authored several original research articles that have been published in reputed peer-reviewed journals. She is also an avid reader and an amateur photographer.

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