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La variante potencial del interés en Suráfrica destinó al linaje C.1.2 de PANGO

El coronavirus 2 (SARS-CoV-2), el agente causal de la neumonía asiática del pandémico en curso de la enfermedad del coronavirus (COVID-19), primero fue denunciado en 2019 en Wuhan, China. Debido a la evolución continua del virus como circula entre la población global, muchas variantes han emergido.

Algunas de estas variantes, tales como alfa y delta, han exhibido contagiosidad creciente sobre la deformación de Wuhan. Hay incluso un ciertas pruebas para sugerir que la variante del delta ha exhibido la evasión de la inmunidad sacada por la vacuna o la infección con una deformación anterior.

Así la supervisión cercana de variantes emergentes y de su aptitud física viral se ha convertido en un elemento crucial de la administración pandémica - junto a campañas en masa de la vacunación.

Clasificación de las variantes SARS-CoV-2

Las variantes nuevamente emergidas se han clasificado como variantes del interés (VOI) o variantes de la preocupación (VOC) basadas en sus perfiles clínicos y epidemiológicos. Actualmente, entre las deformaciones de circulación SARS-CoV-2, las variantes alfa, beta, gammas, y del delta se categorizan bajo el VOC, mientras que Eta, la iota, Kappa, y la lambda se han clasificado como VOI.

Entre el VOC, la alfa, el beta, y el delta se ha denunciado para tener impacto global máximo debido a su alta tasa de la transmisión y su potencial de evadir inmunorespuestas. Como muchos países por todo el mundo, Suráfrica también ha sido afectada por la variante del delta.

Vigilancia Genomic de las deformaciones SARS-CoV-2 en Suráfrica

La vigilancia genomic continua de las deformaciones SARS-CoV-2 en Suráfrica ha revelado un aumento en el número de series que pertenecían al linaje C.1 durante la tercera onda (mayo de 2021) de las infecciones SARS-CoV-2. Esta observación era inesperada porque C.1 fue denunciado por último en enero de 2021.

Las personas de investigadores compararon recientemente los perfiles mutacionales entre las series nuevamente determinadas y más viejas C.1. Encontraron la mutación contenida las series nuevamente emergida de D614G dentro del pico. Global, C1 exhibió un régimen de transmisión mínimo. Sin embargo, fue descubierto en Mozambique que contenía mutaciones adicionales y destinado más adelante al linaje C.1.1 de PANGO.

La vigilancia genomic continua ha dado lugar a la identificación de más nuevas series en Suráfrica, que son distintas de C.1.1. Los científicos las destinaron al linaje C.1.2 de PANGO el 22 de julio de 2021.

Este estudio está disponible en el servidor de la prueba preliminar del medRxiv*, mientras que el artículo experimenta la revisión paritaria.

Caracterización del linaje C.1.2

C.1.2 es VOC altamente transformado comparado a C.1, y todo otro y VOI determinados hasta la fecha. Los investigadores revelaron que C.1.2 es filogenético más cerca de la variante de la lambda (C.37).

En mayo, el linaje C.1.2 fue descubierto por primera vez en las provincias de Mpumalanga y de Gauteng de Suráfrica. Pronto después de, fue descubierto en muchas áreas, tales como las provincias de Kwazulu Natal y del Limpopo de Suráfrica, así como en Inglaterra y China. El 13 de agosto, fue encontrado en la mayoría de provincias surafricanas, incluyendo el Eastern Cape y el Western Cape. También fue descubierto en Nueva Zelanda, Mauricio, la República Democrática del Congo (Manual del Transportista), Portugal, y Suiza.

Los autores de este estudio han determinado 63 series que igualaron el linaje C.1.2, entre el cual 59 series fueron utilizadas para los análisis y/o el análisis filogenéticos del pico. La vigilancia genomic SARS-CoV-2 está en curso, y un retraso de alrededor 2-4 semanas ocurre típicamente entre el muestreo y los datos que están público - disponibles en iniciativa global en la distribución de todos los datos de la gripe (GISAID). Investiga del estudio actual observó un aumento constante en el número de los genomas C.1.2 en Suráfrica.

Los investigadores revelaron que la evolución de SARS-CoV-2 en 2020 era 8x10-4 las substituciones/sitio/el año, que se asocia a 24 substituciones por año. Sin embargo, la filogenia global, incluyendo C.1.2 ordena, ha mostrado un índice de reloj marginal más alto de 26,6 substituciones por año. Entre la mayoría de las series, el índice de la substitución de las series C.1.2 se encuentra para ser mucho más alto.

Aunque C.1.2 comparta mutaciones similares con C.1, tiene ciertas mutaciones adicionales dentro del ORF1ab, del pico, de las proteínas de ORF3a, de ORF9b, de E, de M, y de N. Muchas de estas mutaciones han ocurrido en la región del pico. Más los de 50% de los virus señalados para ser C.1.2 contienen 14 mutaciones. Los investigadores han revelado que cinco de las catorce mutaciones están presentes dentro del NTD, tres dentro del adorno receptor-obligatorio (RBM), y dos adyacente al sitio de la hendidura del furin. Que siguen habiendo las cuatro mutaciones son P9L, D614G, H655Y, y T859N.

Los científicos han estimado que los 52% de las mutaciones del pico descubiertas en C.1.2 se han determinado previamente en el otro VOI y VOC. Algunas mutaciones son comunes entre el C.1.2 y el otro VOI y/o VOC. Por ejemplo, D614G es común a través de todas las variantes, las mutaciones de E484K y de N501Y se encuentran en beta y las variantes gammas, N501Y en alfa, y E484K se encuentra en la variante de Eta.

Conclusión

El estudio actual conducto la vigilancia genomic de SARS-CoV-2 durante la tercera onda de la infección en Suráfrica y podía determinar una nueva variante SARS-CoV-2. Esta deformación se ha destinado al linaje C.1.2 de PANGO, que también fue descubierto en Europa, Asia, África, y Oceanía. Actualmente, los autores de este estudio están determinando el impacto de la variante C.1.2 en el anticuerpo de la neutralización que sigue la infección natural o la inmunorespuesta vacuna-inducida en Suráfrica.

advertencia *Important

el medRxiv publica los partes científicos preliminares que par-no se revisan y, por lo tanto, no se deben mirar como concluyentes, conduce práctica clínica/comportamiento relativo a la salud, o tratado como información establecida.

Journal reference:
Dr. Priyom Bose

Written by

Dr. Priyom Bose

Priyom holds a Ph.D. in Plant Biology and Biotechnology from the University of Madras, India. She is an active researcher and an experienced science writer. Priyom has also co-authored several original research articles that have been published in reputed peer-reviewed journals. She is also an avid reader and an amateur photographer.

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