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L'étude neuve trace l'évolution de la triangle SARS-CoV-2 et de la triangle plus des variantes

Plusieurs variantes SARS-CoV-2 de préoccupation ont apparu depuis le début de la pandémie COVID-19. Les mutations de chaque ours qui peuvent améliorer le transmissibility, permettent à SARS-CoV-2 de s'échapper ont déterminé l'immunité ou modifient autrement le virus suffisamment pour produire des caractéristiques nouvelles.

La variante de la triangle SARS-CoV-2 porte la mutation de D164G, qui est connue pour améliorer la forme physique virale. Cependant, un certain nombre de mutations complémentaires sont connues pour être courantes à la triangle et à la triangle plus les lignées, au moins 25 comme recensé dans une étude récent publiée dans le tourillon de l'auto-immunité, principalement situé sur la protéine de pointe du virus.

La triangle et la triangle plus des variantes sont distinctes

Dans cet état, les mutations T95I et les W258L se sont avérés présents dans 40% de la triangle plus des génomes, avec dernier manquer du génome de triangle. Les auteurs proposent que ceux-ci devraient être compris en définissant les mutations caractéristiques de la triangle et de la triangle plus des variantes.

À la recherche d'autres mutations de définition, le groupe a analysé les caractéristiques de haute qualité de génome assemblé dans la base de données d'initiative globale de la science et de source primaire, trouvant 656 seules mutations au variable de triangle avec le wildtype et à 269 à la triangle plus la variante.

Les mutations de forte prévalence étaient présentes dans au moins 20% d'échantillons. Cependant, elles étaient plus grandes parmi la triangle plus la variante, avec 40 telles mutations avec 29. Deux mutations, en particulier, étaient fortement répandues parmi la triangle plus la variante et presque absentes de la variante de triangle : V70F et W258L.

Les mutations A222V et T95I à la protéine de pointe étaient présentes parmi 58% et 38% de la triangle plus des variantes, respectivement, avec les mêmes mutations actuelles dans seulement 9% et 22% de variantes de triangle. Les mutations aux régions autres que la protéine de pointe ont suivi une tendance assimilée, avec la mutation A328T à la protéine non-structurelle 3 étant présente dans 58% de triangle plus des échantillons et d'aucun des variantes de triangle. D'autres mutations aux protéines non-structurelles telles qu'A446V (nsp4) sont plus fortement présentes parmi la triangle plus la variante, 58% comparé à 9%.

La triangle plus la variante a été en grande partie discernée de la variante de triangle par la présence de la mutation de K417N, bien que cette analyse implique que plusieurs mutations complémentaires doivent être considérées.

Le groupe ensuite a exécuté l'analyse relative d'abondance pour marquer le cas des mutations avec l'abondance plus de 20% dans chaque tension. Dans la variante de triangle, toutes les mutations excepté T95I et G142D Co-se sont produits dans tous les cas, avec ces mutations étant présentes dans seulement ~25% et ~50% de cas portant d'autres mutations, respectivement.

Dans la triangle plus la variante, 40% de séquences a contenu la mutation de W258L, parmi laquelle il y avait une forte corrélation avec toutes autres mutations, y compris les mutations mentionnées ci-dessus de G142D et de T95I à la protéine de pointe. Parmi la triangle plus les échantillons variables portant la mutation variable D950N de triangle de signature, la mutation A446V à nsp4 était présente dans 90% de cas.

Détails des variations génétiques dans la triangle et la triangle plus des variantes. Commission A. Un plot de rayon de soleil montre la distribution des mutations dans des séquences variables de triangle (n = 676) et de la triangle plus des séquences variables (n = 520) avec la prévalence plus grand que de 35 %. Toute la couverture élevée procurable, séquences complètes de la variante de triangle rassemblée pendant les 6-13 juillet 2021, ont été téléchargées de GISAID [5] et traitées par NextClade [15]. La prévalence a été calculée utilisant un script de python et une bibliothèque internes de pandas. Lambrissez l
Détails des variations génétiques dans la triangle et la triangle plus des variantes. Commission A. Un plot de rayon de soleil montre la distribution des mutations dans des séquences variables de triangle (n = 676) et de la triangle plus des séquences variables (n = 520) avec la prévalence plus grand que de 35 %. Toute la couverture élevée procurable, séquences complètes de la variante de triangle rassemblée pendant les 6-13 juillet 2021, ont été téléchargées de GISAID [5] et traitées par NextClade [15]. La prévalence a été calculée utilisant un script de python et une bibliothèque internes de pandas. Lambrissez l'abondance relative de B. des mutations de pointe avec plus grand la prévalence que 20 % dans la variante de triangle. La prévalence a été calculée utilisant des séquences variables de triangle (n = 676) utilisant un script interne de python. Lambrissez l'abondance relative de C. des mutations de pointe avec plus grand la prévalence que 20 % dans la triangle plus la variante. La prévalence a été calculée utilisant la triangle plus des séquences variables (n = 288) utilisant un script interne de python. Lambrissez la prévalence de D. de cinq mutations principales (T95I, G142D, R158G, L452R, T478K, et K417N) à différentes remarques de temps dans des séquences variables de triangle (n = 600) et de triangle plus (n = 200) des séquences variables. La prévalence a été prévue et tracée avec un script de R et une bibliothèque ggplot2. Lambrissez l'analyse temporelle d'E. de la triangle plus des mutations d'intérêt. Des séquences de la triangle plus la variante ont été triées à la date (n = 520) et groupées en groupes de 100 excepté le dernier groupe qui a contenu 118 séquences. Deux séquences étaient dues exclu à la mauvaise qualité. Les plages des dates étaient marquées d'ici la première et dernière date de ramassage de séquence. La prévalence a été prévue comme décrit ci-dessus. Les caractéristiques ont été tracées utilisant la bibliothèque ggplot2 de R. Panel F. Un tableau de Sankey montrant la dynamique de la triangle plus l'introduction en les Etats-Unis. Pour produire du tableau de Sankey, nous avons aligné la triangle d'abord rassemblée et datée plus la séquence d'Inde, d'Angleterre, du Japon, et différentes conditions des Etats-Unis. Nous avons alors groupé les séquences basées sur la date rassemblée et des coupures d'homologie de % comme indiqué en haut du plot et de la plage des dates montrés ci-après le plot.

L'acquisition des mutations par la lignée de triangle

Pour étudier la dynamique des mutations principales (T95I, G142D, R158G, L452R, T478K, et K417N) dans chaque tension, le groupe a déterminé leur prévalence à plusieurs remarques de temps. Ils ont constaté que chacun a augmenté en présence dans la tension de triangle au cours d'une année, et que chacun était notamment plus présent dans la triangle plus la tension depuis son origine.

La mutation K478 de la triangle plus la variante est connue pour améliorer l'évasion immunisée vers grâce de quelques anticorps à une chaîne latérale étendue qui entrave le grippement, ayant pour résultat un transmissibility plus grand de la tension. L'influence de l'autre triangle plus des mutations est expliquée moins bonne, et le groupe a examiné ainsi des images de microscopie de cryo-électron pour déterminer quelles modifications de structure les mutations peuvent induire.

La mutation de G142D, qui Co-s'est fréquemment produite avec d'autres mutations, s'est avérée pour entraîner un désaccord stérique avec la chaîne latérale R158 et pour perturber la conformation de la protéine de pointe. La mutation R158G élimine cet obstacle stérique, et cette mutation a été trouvée en combination avec G142D dans toute la triangle plus des cas. Une autre mutation, K417N, a été notée pour agir assimilé aux mutations à K478, gênant la liaison des anticorps à la protéine de pointe.

En suivant le circuit de la variante de triangle en travers du globe, le déclarer de groupe que la tension a vraisemblablement provenu de l'Inde et s'est déplacé par le R-U, le Japon, et éventuellement Washington, Etats-Unis. Depuis lors, la tension a adopté les mutations principales pour produire de la triangle distincte plus la variante.

Le groupe met en valeur le grand nombre de mutations distinctes caractéristiques de cette tension qui Co-se produisent fréquemment. En ce point, la triangle et la triangle plus des variantes ont diversifié avec de seuls profils de mutation, en quelque sorte alimentés par des poches d'infection locale, donner chaque une occasion de diverger.

Journal reference:
Michael Greenwood

Written by

Michael Greenwood

Michael graduated from Manchester Metropolitan University with a B.Sc. in Chemistry in 2014, where he majored in organic, inorganic, physical and analytical chemistry. He is currently completing a Ph.D. on the design and production of gold nanoparticles able to act as multimodal anticancer agents, being both drug delivery platforms and radiation dose enhancers.

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