Attenzione: questa pagina è una traduzione automatica di questa pagina originariamente in lingua inglese. Si prega di notare in quanto le traduzioni sono generate da macchine, non tutte le traduzioni saranno perfetti. Questo sito web e le sue pagine web sono destinati ad essere letto in inglese. Ogni traduzione del sito e le sue pagine web possono essere imprecise e inesatte, in tutto o in parte. Questa traduzione è fornita per comodità.

Il nuovo studio mappa l'evoluzione del delta SARS-CoV-2 e del delta più le varianti

Parecchie varianti SARS-CoV-2 di preoccupazione sono emerso dall'inizio della pandemia COVID-19. Mutazioni di ogni ribassista che possono migliorare il transmissibility, permettono che SARS-CoV-2 sfugga a hanno stabilito l'immunità o altrimenti alterano il virus sufficientemente per generare le caratteristiche novelle.

La variante di delta SARS-CoV-2 sopporta la mutazione di D164G, che è conosciuta per migliorare la forma fisica virale. Tuttavia, una serie di mutazioni supplementari sono conosciute per essere comuni al delta ed al delta più gli stirpi, almeno 25 come identificate in uno studio recentemente pubblicato nel giornale dell'autoimmunità, pricipalmente situato sulla proteina della punta del virus.

Studio: Analisi evolutiva del delta e del delta più le varianti dei virus SARS-CoV-2. Credito di immagine: Imilian/Shutterstock

Il delta ed il delta più le varianti sono distinti

All'interno di questo rapporto, le mutazioni T95I e W258L sono risultati presenti in 40% del delta più i genoma, con la mancanza posteriore dal genoma di delta. Gli autori propongono che questi dovrebbero essere inclusi nella definizione delle mutazioni caratteristiche del delta e del delta più le varianti.

Alla ricerca di altre mutazioni di definizione, il gruppo ha analizzato i dati di alta qualità del genoma collazionato nel database globale di iniziativa e di fonte primaria di scienza, trovante 656 mutazioni uniche alla variante di delta rispetto a wildtype e a 269 al delta più la variante.

Le mutazioni di alta prevalenza erano presenti almeno in 20% dei campioni. Tuttavia, erano maggiori fra il delta più la variante, con 40 tali mutazioni rispetto a 29. Due mutazioni, in particolare, erano molto prevalenti fra il delta più la variante e quasi assenti dalla variante di delta: V70F e W258L.

Le mutazioni A222V e T95I alla proteina della punta erano presenti fra 58% e 38% del delta più le varianti, rispettivamente, con le stesse mutazioni presenti in soltanto 9% e in 22% delle varianti di delta. Le mutazioni alle regioni all'infuori della proteina della punta hanno seguito una simile tendenza, con la mutazione A328T a proteina non strutturale 3 che è presente in 58% del delta più i campioni e di nessuno delle varianti di delta. Altre mutazioni alle proteine non strutturali quale A446V (nsp4) sono più forte presenti fra il delta più la variante, 58% confrontato a 9%.

Il delta più la variante in gran parte è stato distinto dalla variante di delta dalla presenza della mutazione di K417N, sebbene questa analisi implicasse che parecchie mutazioni supplementari dovessero essere considerate.

Il gruppo dopo ha eseguito l'analisi relativa dell'abbondanza per correlare l'avvenimento delle mutazioni con l'abbondanza più di di 20% in ogni sforzo. All'interno della variante di delta, tutte le mutazioni eccetto T95I e G142D co-hanno accaduto in tutti i casi, con queste mutazioni che sono presenti in soltanto ~25% e in ~50% dei casi che sopportano altre mutazioni, rispettivamente.

All'interno del delta più la variante, 40% delle sequenze ha contenuto la mutazione di W258L, fra cui c'era una forte correlazione con tutte le altre mutazioni, compreso le mutazioni suddette di T95I e di G142D alla proteina della punta. Fra il delta più i campioni variabili che sopportano la mutazione variabile D950N di delta dell'impronta, la mutazione A446V a nsp4 era presente in 90% dei casi.

Dettagli delle variazioni genetiche nel delta e nel delta più le varianti. Comitato A. Un tracciato dello sprazzo di sole mostra la distribuzione delle mutazioni nelle sequenze variabili di delta (N = 676) e del delta più le sequenze variabili (N = 520) con prevalenza più maggior di di 35%. Tutta la alta copertura disponibile, sequenze complete della variante di delta raccolta durante 6-13 luglio 2021, è stata scaricata da GISAID [5] ed è stata elaborata con NextClade [15]. La prevalenza è stata computata facendo uso di uno script del pitone e di una libreria interni dei panda. Rivesta l
Dettagli delle variazioni genetiche nel delta e nel delta più le varianti. Comitato A. Un tracciato dello sprazzo di sole mostra la distribuzione delle mutazioni nelle sequenze variabili di delta (N = 676) e del delta più le sequenze variabili (N = 520) con prevalenza più maggior di di 35%. Tutta la alta copertura disponibile, sequenze complete della variante di delta raccolta durante 6-13 luglio 2021, è stata scaricata da GISAID [5] ed è stata elaborata con NextClade [15]. La prevalenza è stata computata facendo uso di uno script del pitone e di una libreria interni dei panda. Rivesta l'abbondanza di pannelli relativa del B. delle mutazioni della punta con più maggior prevalenza di 20% nella variante di delta. La prevalenza è stata computata facendo uso delle sequenze variabili di delta (N = 676) facendo uso di uno script interno del pitone. Rivesta l'abbondanza di pannelli relativa del C. delle mutazioni della punta con più maggior prevalenza di 20% nel delta più la variante. La prevalenza è stata computata facendo uso del delta più le sequenze variabili (N = 288) facendo uso di uno script interno del pitone. Rivesta una prevalenza di pannelli del D. di cinque mutazioni chiave (T95I, G142D, R158G, L452R, T478K e K417N) ai punti differenti di tempo nelle sequenze variabili di delta (N = 600) e del delta più (N = 200) le sequenze variabili. La prevalenza è stata calcolata e tracciato stata con uno script della R e una libreria ggplot2. Rivesta l'analisi di pannelli temporale del E. del delta più le mutazioni di interesse. Le sequenze del delta più la variante sono state ordinate entro la data (N = 520) e sono state raggruppate in gruppi di 100 ciascuno eccetto l'ultimo gruppo che ha contenuto 118 sequenze. Due sequenze erano escluso dovuto qualità scadente. Gli intervalli di date sono stati tracciati entro la prima ed ultima data della raccolta di sequenza. La prevalenza è stata calcolata come precedentemente descritto. I dati sono stati tracciati facendo uso della libreria ggplot2 di R. Panel F. Un diagramma di Sankey che mostra la dinamica del delta più introduzione in Stati Uniti. Per generare il diagramma di Sankey, abbiamo allineato il delta in primo luogo raccolto e datato più la sequenza dall'India, dall'Inghilterra, dal Giappone e dagli stati differenti di U.S.A. Poi abbiamo raggruppato le sequenze basate sopra la data raccolta ed i tagli dell'omologia delle percentuali come indicato alla cima del diagramma e dell'intervallo di date indicati sotto il diagramma.

L'acquisizione delle mutazioni dallo stirpe di delta

Per studiare la dinamica delle mutazioni chiave (T95I, G142D, R158G, L452R, T478K e K417N) in ogni sforzo, il gruppo ha determinato la loro prevalenza a parecchi punti di tempo. Hanno trovato che ciascuno è aumentato di presenza all'interno dello sforzo di delta nel corso di un anno e che ciascuno era considerevolmente più presente nel delta più sforzo dalla sua origine.

La mutazione K478 del delta più la variante è conosciuta per migliorare l'evasione immune verso grazie di alcuni anticorpi ad una catena laterale estesa che impedisce l'associazione, con conseguente maggior transmissibility dello sforzo. L'influenza dell'altro delta più le mutazioni è spiegata meno buona ed il gruppo ha esaminato così le immagini di microscopia dell'cryo-elettrone per determinare che mutamenti strutturali le mutazioni possono indurre.

La mutazione di G142D, che co-ha accaduto frequentemente con altre mutazioni, è stata trovata per causare uno scontro sterico con la catena laterale R158 e per interrompere la conformazione della proteina della punta. La mutazione R158G elimina questo ostacolo sterico e questa mutazione è stata trovata congiuntamente a G142D in tutto il delta più i casi. Un'altra mutazione, K417N, è stata notata per agire similmente alle mutazioni a K478, ostacolante il legame degli anticorpi alla proteina della punta.

Nel tenere la carreggiata il percorso della variante di delta attraverso il globo, lo stato del gruppo che lo sforzo probabilmente ha provenuto in India ed ha attraversato through il Regno Unito, il Giappone e finalmente Washington, U.S.A. Da allora, lo sforzo ha adottato le mutazioni chiave per generare il delta distinto più la variante.

Il gruppo evidenzia il grande numero di mutazioni distinte caratteristiche di questo sforzo che co-accadono frequentemente. A questo punto, il delta ed il delta più le varianti hanno differenziato con i profili unici di mutazione, riforniti piuttosto dalle caselle dell'infezione locale, dare ogni una probabilità divergere.

Journal reference:
Michael Greenwood

Written by

Michael Greenwood

Michael graduated from Manchester Metropolitan University with a B.Sc. in Chemistry in 2014, where he majored in organic, inorganic, physical and analytical chemistry. He is currently completing a Ph.D. on the design and production of gold nanoparticles able to act as multimodal anticancer agents, being both drug delivery platforms and radiation dose enhancers.

Citations

Please use one of the following formats to cite this article in your essay, paper or report:

  • APA

    Greenwood, Michael. (2021, August 30). Il nuovo studio mappa l'evoluzione del delta SARS-CoV-2 e del delta più le varianti. News-Medical. Retrieved on November 28, 2021 from https://www.news-medical.net/news/20210830/New-study-maps-the-evolution-of-the-SARS-CoV-2-delta-and-delta-plus-variants.aspx.

  • MLA

    Greenwood, Michael. "Il nuovo studio mappa l'evoluzione del delta SARS-CoV-2 e del delta più le varianti". News-Medical. 28 November 2021. <https://www.news-medical.net/news/20210830/New-study-maps-the-evolution-of-the-SARS-CoV-2-delta-and-delta-plus-variants.aspx>.

  • Chicago

    Greenwood, Michael. "Il nuovo studio mappa l'evoluzione del delta SARS-CoV-2 e del delta più le varianti". News-Medical. https://www.news-medical.net/news/20210830/New-study-maps-the-evolution-of-the-SARS-CoV-2-delta-and-delta-plus-variants.aspx. (accessed November 28, 2021).

  • Harvard

    Greenwood, Michael. 2021. Il nuovo studio mappa l'evoluzione del delta SARS-CoV-2 e del delta più le varianti. News-Medical, viewed 28 November 2021, https://www.news-medical.net/news/20210830/New-study-maps-the-evolution-of-the-SARS-CoV-2-delta-and-delta-plus-variants.aspx.