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O estudo novo traça a evolução do delta SARS-CoV-2 e do delta mais variações

Diversas variações SARS-CoV-2 do interesse emergiram desde o início da pandemia COVID-19. As mutações de cada urso que podem aumentar o transmissibility, permitem que SARS-CoV-2 escape estabeleceram a imunidade ou alteram de outra maneira o vírus suficientemente para gerar características novas.

A variação do delta SARS-CoV-2 carrega a mutação de D164G, que é sabida para aumentar a aptidão viral. Contudo, um número de mutações adicionais são sabidas para ser comuns ao delta e ao delta mais as linhagens, pelo menos 25 como identificadas em um estudo publicado recentemente no jornal da auto-imunidade, situado principalmente na proteína do ponto do vírus.

O delta e o delta mais variações são distintos

Dentro deste relatório, as mutações T95I e W258L foram encontrados estam presente em 40% do delta mais genomas, com a última falta do genoma do delta. Os autores propor que estes devam ser incluídos em definir as mutações características do delta e do delta mais variações.

À procura de outras mutações de definição, o grupo analisou os dados de alta qualidade do genoma ordenado na base de dados global da iniciativa e da fonte primária da ciência, encontrando 656 mutações originais à variação do delta comparada com o wildtype e os 269 ao delta mais a variação.

As mutações da predominância alta estaram presente pelo menos em 20% das amostras. Contudo, eram maiores entre o delta mais a variação, com 40 tais mutações comparadas com os 29. Duas mutações, em particular, eram pesadamente predominantes entre o delta mais a variação e quase ausentes da variação do delta: V70F e W258L.

As mutações A222V e T95I à proteína do ponto estaram presente entre 58% e 38% do delta mais variações, respectivamente, com as mesmas mutações actuais em somente 9% e em 22% de variações do delta. As mutações às regiões diferentes da proteína do ponto seguiram uma tendência similar, com a mutação A328T à proteína não-estrutural 3 que esta presente em 58% do delta mais amostras e de nenhuns das variações do delta. Outras mutações às proteínas não-estruturais tais como A446V (nsp4) estão mais fortemente actuais entre o delta mais a variação, 58% comparado a 9%.

O delta mais a variação foi distinguido pela maior parte da variação do delta pela presença da mutação de K417N, embora esta análise implica que diversas mutações adicionais devem ser consideradas.

O grupo em seguida executou a análise relativa da abundância para correlacionar a ocorrência das mutações com a abundância mais de 20% em cada tensão. Dentro da variação do delta, todas as mutações exceto T95I e G142D co-ocorreram em todos os casos, com estas mutações que estam presente em somente ~25% e em ~50% dos casos que carregam outras mutações, respectivamente.

Dentro do delta mais a variação, 40% das seqüências conteve a mutação de W258L, entre que havia uma correlação forte com todas mutações restantes, incluindo as mutações acima mencionadas de G142D e de T95I à proteína do ponto. Entre o delta mais as amostras variantes que carregam a mutação variante D950N do delta da assinatura, a mutação A446V a nsp4 estou presente em 90% dos casos.

Detalhes de variações genéticas no delta e no delta mais variações. Painel A. Um lote do sunburst mostra a distribuição das mutações em seqüências variantes do delta (n = 676) e do delta mais seqüências variantes (n = 520) com predominância maior de 35%. Toda a cobertura alta disponível, seqüências completas da variação do delta recolhida durante os 6-13 de julho de 2021, foi transferida de GISAID [5] e processada com NextClade [15]. A predominância foi computada usando um script do pitão da em-casa e uma biblioteca das pandas. Almofade a abundância relativa do B. das mutações do ponto com maior predominância de 20% na variação do delta. A predominância foi computada usando as seqüências variantes do delta (n = 676) que usam um script do pitão da em-casa. Almofade a abundância relativa do C. das mutações do ponto com maior predominância de 20% no delta mais a variação. A predominância foi computada usando o delta mais as seqüências variantes (n = 288) que usam um script do pitão da em-casa. Almofade uma predominância do D. de cinco mutações chaves (T95I, G142D, R158G, L452R, T478K, e K417N) em pontos diferentes do tempo em seqüências variantes do delta (n = 600) e de delta mais (n = 200) seqüências variantes. A predominância foi calculada e traçada com um script de R e uma biblioteca ggplot2. Almofade a análise temporal do E. do delta mais mutações do interesse. As seqüências do delta mais a variação foram classificadas na tâmara (n = 520) e agrupadas nos grupos de 100 cada exceto o último grupo que conteve 118 seqüências. Duas seqüências eram excluído devido a de má qualidade. As escalas da tâmara foram marcadas em primeiro e último a tâmara da coleção da seqüência. A predominância foi calculada como descrito acima. Os dados foram traçados usando a biblioteca ggplot2 de R. Painel F. Um diagrama de Sankey que mostra a dinâmica do delta mais a introdução nos Estados Unidos. Para gerar o diagrama de Sankey, nós alinhamos o delta primeiramente recolhido e datado mais a seqüência da Índia, da Inglaterra, do Japão, e dos estados diferentes dos EUA. Nós agrupamos então as seqüências baseadas na tâmara recolhida e em interrupções da homologia dos por cento como indicado na parte superior da escala do lote e da tâmara mostrada abaixo o lote.
Detalhes de variações genéticas no delta e no delta mais variações. Painel A. Um lote do sunburst mostra a distribuição das mutações em seqüências variantes do delta (n = 676) e do delta mais seqüências variantes (n = 520) com predominância maior de 35%. Toda a cobertura alta disponível, seqüências completas da variação do delta recolhida durante os 6-13 de julho de 2021, foi transferida de GISAID [5] e processada com NextClade [15]. A predominância foi computada usando um script do pitão da em-casa e uma biblioteca das pandas. Almofade a abundância relativa do B. das mutações do ponto com maior predominância de 20% na variação do delta. A predominância foi computada usando as seqüências variantes do delta (n = 676) que usam um script do pitão da em-casa. Almofade a abundância relativa do C. das mutações do ponto com maior predominância de 20% no delta mais a variação. A predominância foi computada usando o delta mais as seqüências variantes (n = 288) que usam um script do pitão da em-casa. Almofade uma predominância do D. de cinco mutações chaves (T95I, G142D, R158G, L452R, T478K, e K417N) em pontos diferentes do tempo em seqüências variantes do delta (n = 600) e de delta mais (n = 200) seqüências variantes. A predominância foi calculada e traçada com um script de R e uma biblioteca ggplot2. Almofade a análise temporal do E. do delta mais mutações do interesse. As seqüências do delta mais a variação foram classificadas na tâmara (n = 520) e agrupadas nos grupos de 100 cada exceto o último grupo que conteve 118 seqüências. Duas seqüências eram excluído devido a de má qualidade. As escalas da tâmara foram marcadas em primeiro e último a tâmara da coleção da seqüência. A predominância foi calculada como descrito acima. Os dados foram traçados usando a biblioteca ggplot2 de R. Painel F. Um diagrama de Sankey que mostra a dinâmica do delta mais a introdução nos Estados Unidos. Para gerar o diagrama de Sankey, nós alinhamos o delta primeiramente recolhido e datado mais a seqüência da Índia, da Inglaterra, do Japão, e dos estados diferentes dos EUA. Nós agrupamos então as seqüências baseadas na tâmara recolhida e em interrupções da homologia dos por cento como indicado na parte superior da escala do lote e da tâmara mostrada abaixo o lote.

A aquisição das mutações pela linhagem do delta

Para estudar a dinâmica das mutações chaves (T95I, G142D, R158G, L452R, T478K, e K417N) em cada tensão, o grupo determinou sua predominância em diversos pontos do tempo. Encontraram que cada um aumentou na presença dentro da tensão do delta no curso de um ano, e que cada um estava notàvel mais actual no delta mais a tensão desde sua origem.

A mutação K478 do delta mais a variação é sabida para aumentar a evasão imune para agradecimentos de alguns anticorpos a uma corrente lateral prolongada que impeça o emperramento, tendo por resultado o maior transmissibility da tensão. A influência do outro delta mais mutações é explicada menos boa, e assim o grupo examinou imagens da microscopia do cryo-elétron para determinar que mudanças estruturais as mutações podem induzir.

A mutação de G142D, que co-ocorreu freqüentemente com outras mutações, foi encontrada para causar um conflito steric com sidechain R158 e para interromper a conformação da proteína do ponto. A mutação R158G elimina este obstáculo steric, e esta mutação foi encontrada em combinação com G142D em todo o delta mais casos. Uma outra mutação, K417N, foi notada para actuar similarmente às mutações a K478, impedindo o emperramento dos anticorpos à proteína do ponto.

Ao seguir o trajecto da variação do delta através do globo, o estado que a tensão provavelmente originou na Índia e viajou através do Reino Unido, do Japão, e eventualmente do Washington, EUA do grupo. Desde então, a tensão adotou as mutações chaves para gerar o delta distinto mais a variação.

O grupo destaca o grande número de mutações distintas características desta tensão que co-ocorrem freqüentemente. Neste momento, o delta e o delta mais variações diversificaram com os perfis originais da mutação, abastecidos um tanto por bolsos da infecção local, dar cada uma possibilidade divergir.

Journal reference:
Michael Greenwood

Written by

Michael Greenwood

Michael graduated from Manchester Metropolitan University with a B.Sc. in Chemistry in 2014, where he majored in organic, inorganic, physical and analytical chemistry. He is currently completing a Ph.D. on the design and production of gold nanoparticles able to act as multimodal anticancer agents, being both drug delivery platforms and radiation dose enhancers.

Citations

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