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Un écartement génétique global de contrôle pour SARS-CoV-2

Le contrôle génomique est essentiel avant, pendant, et après une manifestation infectieuse pour guider et mettre en application des interventions de santé publique. Cependant, il y a des différences frappantes dans l'intensité spatiale et temporelle du contrôle génomique mondiale.

Maintenant une étude neuve postée au serveur de prétirage de medRxiv* fournit un point de vue sur les disparités globales entourant le contrôle SARS-CoV-2 génomique, leurs causes et conséquences, et les solutions possibles pour maximiser le choc du séquençage du génome d'agent pathogène pour des efforts sur la santé publique.

Étude : Disparités globales dans le contrôle SARS-CoV-2 génomique. Crédit d
Étude : Disparités globales dans le contrôle SARS-CoV-2 génomique. Crédit d'image : Milliard de photos/Shutterstock

COVID-19 est provoqué par un virus ARN, le coronavirus 2 (SARS-COV-2) de syndrôme respiratoire aigu sévère. Les virus ARN subissent des mutations élevées et accumulent des altérations génétiques aux régimes évolutionnaires élevés. Ces modifications permettent au virus de s'adapter aux pressions sélectrices induites par des antivirals, vaccins, et immunité d'hôte, menant à l'émergence des variantes virales.

Depuis sa manifestation en décembre 2019, le SARS-CoV-2 a apparu autant de variantes neuves qui posent un risque accru à la santé publique. Les variantes de la préoccupation (VOCs) (telles qu'Alpha/B.1.1.7 ; Beta/B.1.351 ; Gamma/P.1 ; et Delta/B.1.617.2 (et ses lignées d'AY de descendant) ont des traits génotypes et phénotypiques qui peuvent affecter la diagnose ou la thérapeutique, s'entretenir un transmissibility plus élevé, mener à une gravité de la maladie plus élevée, et permettre l'évasion immunisée des infections naturelles ou des vaccins. De plus, les variantes d'intérêt (VOI) (Eta/B.1.525 y compris ; Iota/B.1.526 ; Kappa/B.1.617.1 et ; ) La part Lambda/C.37 quelques traits génétiques avec VOCs et posent, en conséquence, les risques possibles assimilés.

La diversité SARS-CoV-2 génétique suivie en temps réel laisse recenser des différences frappantes dans l'écart temporel et spatial du virus mondial.

Une équipe des biologistes, épidémiologistes, et les biomathematicians, a regardé les disparités dans le contrôle génomique pendant les 15 premiers mois de la pandémie COVID-19.

Contrôle génomique et résultats de l'étude

L'étude rapportée cela suivant l'évolution de VOCs/VOIs, beaucoup de pays ont commencé ou écaillé vers le haut du contrôle génomique, menant à un numéro sans précédent des génomes viraux dans les bases de données publiquement accessibles, avec des séquences de génome de l'accord >2,400,000 déposées dans le haut-débit GISAID, >916,000 ordonnançant des ensembles de données, et les séquences consensus >969,500 dans NCBI à partir du 20 juillet 2021.

Cependant, des génomes soumis, 94% viennent des pays à revenus élevés (HIC) et seulement 6% des pays de revenu inférieur et moyen (LMICs). Hors des 167 pays étudiés, 100 pays ont ordonnancé <0.5% de cas confirmés, et seulement 16 pays pouvaient à la séquence >5% de leurs cas confirmés par combinaison. En dépit d'enregistrer un numéro assimilé des cas dans le HICs et le LMICs (65,3 et 61,2 millions, respectivement), ils ont respectivement ordonnancé 1,81% et 0,11% de leurs cas.

Temps de basculement en travers des régions géographiques. Les délais entre le ramassage témoin et la présentation de génome en travers des semaines épidémiologiques (temps de basculement) dans différentes régions, entre le 23 février 2020 et le 27 mars 2021, basé sur des méta-données ont soumis à GISAID jusqu
Temps de basculement en travers des régions géographiques. Les délais entre le ramassage témoin et la présentation de génome en travers des semaines épidémiologiques (temps de basculement) dans différentes régions, entre le 23 février 2020 et le 27 mars 2021, basé sur des méta-données ont soumis à GISAID jusqu'au 30 mai 2021.

Les chercheurs ont trouvé une corrélation négative modérée entre l'hebdomadaire ordonnançant des pourcentages et l'incidence COVID-19 rapportée. Les pays tels que Hong Kong, Taïwan, le Nouvelle-Zélande, l'Australie, et l'Islande qui a maintenu l'incidence COVID-19 aux concentrations faibles généralement pourraient ordonnancer une forte proportion de cas.

Analysant l'incidence hebdomadaire et les régimes de ordonnancement, on l'a constaté que pour la plupart de LMICs il n'est pas faisable d'ordonnancer des pourcentages de haut ou même de modéré des cas (0,1% 1%) chaque semaine. On n'ont pas ouvertement les génomes procurables ou sont seulement représentés dans le contrôle génomique global à cause des cas liés à la course de ces emplacement et étant ordonnancés à l'étranger.

D'autre part, les pays européens ont ordonnancé le haut ou très les pourcentages élevés de cas, presque sur une base hebdomadaire.

« Depuis le dépistage et l'émergence initiaux du COV B.1.1.7/alpha au R-U, pays en travers du monde ont recherché à intensifier le contrôle génomique. »

Le partage public rapide des caractéristiques est essentiel pour le contrôle génomique qui a varié grand en travers des régions géographiques. De plus longs temps de retournement (entre le ramassage témoin et les présentations de génome) pourraient résulter de l'un des après des raisons :  pour vérifier les réinfections, l'évasion vaccinique, comprendre la dynamique épidémique antérieure, les types de recherche qui sont plus lentes que le contrôle de santé publique, le personnel insuffisant de laboratoire, les délais dans l'expédition des échantillons et les réactifs, et la coordination et le manque faibles de professionnels expérimentés.

Pour vérifier le choc des facteurs socioéconomiques sur l'état de préparation génomique du contrôle SARS-CoV-2 autour du monde, les chercheurs ont exploré une liste de covariates de niveau du pays et sa corrélation du pourcentage des cas COVID-19 ordonnancés. Ceux-ci ont compris la dépense pour la R&D par habitant, le PIB par habitant, l'index sociodémographique, la capacité génomique déterminée de contrôle de grippe, et la dépense de santé. Ces facteurs socioéconomiques représentent des obstacles importants et dictent le besoin d'efforts pour améliorer la capacité génomique dans LMICs. Ceci évitera l'émergence et l'écart inaperçus des variantes.

« Pour commencer, la capacité diagnostique doit être améliorée, car la couverture insuffisante de cas influence directement la capacité des pays de trouver des variantes et leurs modifications de fréquence. »

Basé sur l'analyse dans cette étude, les chercheurs proposés des 0,5% seuils pourraient être réalisés en ordonnançant 1 génome pour chaque 200.000 habitants comme benchmark raisonnable.

« A basé sur des caractéristiques empiriques et notre analyse statistique, si l'utilisation mondiale de laboratoires de santé publique un tel benchmark de fixer leurs limites de fonctionnement minimales pour ordonnancer au moins 0,5% des cas à la forte incidence (bruit 100 cases/100,000.), avec le temps de basculement rapide (jours <21), il amélioreraient grand notre capacité globale de trouver des variantes neuves et la piste change dans la prévalence variable. »

En conclusion, cette étude fournit un panorama complet des configurations génomiques du contrôle SARS-CoV-2 a observé mondial, mettant en valeur des disparités dans la capacité de contrôle dans différentes régions géographiques concernant le pourcentage des cas ordonnancés, la fréquence de l'échantillonnage, et le temps de basculement.

Avis *Important

le medRxiv publie les états scientifiques préliminaires qui pair-ne sont pas observés et ne devraient pas, en conséquence, être considérés comme concluants, guident la pratique clinique/comportement relatif à la santé, ou traité en tant qu'information déterminée.

Journal reference:
Dr. Ramya Dwivedi

Written by

Dr. Ramya Dwivedi

Ramya has a Ph.D. in Biotechnology from the National Chemical Laboratories (CSIR-NCL), in Pune. Her work consisted of functionalizing nanoparticles with different molecules of biological interest, studying the reaction system and establishing useful applications.

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