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Uno spazio genetico globale di sorveglianza per SARS-CoV-2

La sorveglianza genomica è essenziale prima, durante e dopo lo scoppio contagioso guidare ed applicare gli interventi di salute pubblica. Tuttavia, ci sono differenze vistose nell'intensità spaziale e temporale di sorveglianza genomica universalmente.

Ora un nuovo studio inviato al " server " della pubblicazione preliminare del medRxiv* fornisce una prospettiva sulle disparità globali che circondano la sorveglianza genomica SARS-CoV-2, le loro cause e conseguenze e soluzioni possibili per massimizzare l'impatto di sequenziamento del genoma dell'agente patogeno per gli sforzi sulla salute pubblica.

Studio: Disparità globali nella sorveglianza genomica SARS-CoV-2. Credito di immagine: Miliardo foto/Shutterstock
Studio: Disparità globali nella sorveglianza genomica SARS-CoV-2. Credito di immagine: Miliardo foto/Shutterstock

COVID-19 è causato da un virus a RNA, il coronavirus 2 (SARS-COV-2) di sindrome respiratorio acuto severo. I virus a RNA subiscono le alte mutazioni ed accumulano i cambiamenti genetici alle alte tariffe evolutive. Questi cambiamenti permettono che il virus si adatti alle pressioni selettive indotte dai antivirals, vaccini ed immunità ospite, piombo all'emergenza delle varianti virali.

Dal suo scoppio nel dicembre 2019, il SARS-CoV-2 è emerso altrettante nuove varianti che comportano un rischio aumentato alla salute pubblica. Le varianti di preoccupazione (VOCs) (quale Alpha/B.1.1.7; Beta/B.1.351; Gamma/P.1; e Delta/B.1.617.2 (ed i sui stirpi di AY del discendente) hanno tratti genotipici e fenotipici che possono pregiudicare i sistemi diagnostici o la terapeutica, transmissibility confer più alto, piombo all'più alta severità di malattia e permettere la fuga immune dalle infezioni naturali o dai vaccini. Inoltre, le varianti di interesse (VOI) (Eta/B.1.525 compreso; Iota/B.1.526; Kappa/B.1.617.1 e; ) L'azione Lambda/C.37 alcuni tratti genetici con VOCs e, pertanto, comporta i simili rischi possibili.

La diversità genetica SARS-CoV-2 cingolata in tempo reale concede identificare le differenze vistose nella diffusione temporale e spaziale del virus universalmente.

Un gruppo dei biologi, epidemiologi e biomathematicians, ha esaminato le disparità nella sorveglianza genomica durante i primi 15 mesi della pandemia COVID-19.

Sorveglianza genomica e risultati dallo studio

Lo studio ha riferito quello che segue l'evoluzione di VOCs/VOIs, molti paesi ha iniziato o sottoposto a operazioni di disgaggio su sorveglianza genomica, piombo ad un numero senza precedenti dei genoma virali nei database accessibili al pubblico, con le sequenze del genoma di consenso >2,400,000 depositate nella alto-capacità di lavorazione GISAID, >916,000 che ordinano i gruppi di dati e nelle sequenze di consenso >969,500 in NCBI il 20 luglio 2021.

Tuttavia, dei genoma presentati, 94% vengono dai paesi con reddito elevato (HIC) e soltanto 6% dai paesi bassi e con reddito medio (LMICs). Dai 167 paesi studiati, 100 paesi hanno ordinato <0.5% dei casi confermati e soltanto 16 paesi potevano alla sequenza >5% dei loro casi confermati camice. Malgrado la segnalazione del numero simile dei casi nel HICs e nel LMICs (65,3 e 61,2 milioni, rispettivamente), hanno ordinato rispettivamente 1,81% e 0,11% dei loro casi.

Tempo complessivo attraverso le regioni geografiche. Le more fra la raccolta del campione e l
Tempo complessivo attraverso le regioni geografiche. Le more fra la raccolta del campione e l'osservazione del genoma attraverso le settimane epidemiologiche (tempo complessivo) nelle regioni differenti, fra il 23 febbraio 2020 ed il 27 marzo 2021, in base ai meta dati hanno presentato a GISAID fino al 30 maggio 2021.

I ricercatori hanno trovato una correlazione negativa moderata fra il settimanale che ordina le percentuali e l'incidenza riferita COVID-19. I paesi quali Hong Kong, Taiwan, la Nuova Zelanda, l'Australia e l'Islanda che ha tenuto l'incidenza COVID-19 ai bassi livelli potrebbero ordinare generalmente una proporzione elevata dei casi.

Analizzando l'incidenza settimanale e le tariffe d'ordinamento, è stato trovato che per la maggior parte del LMICs non è fattibile da ordinare le alte o persino percentuali moderate dei casi (0,1% - 1%) ogni settimana. Molti non hanno apertamente genoma disponibili o soltanto sono rappresentati nella sorveglianza genomica globale a causa dei casi connessi con il viaggio da quelle posizioni e che sono ordinati all'estero.

D'altra parte, i paesi europei hanno ordinato il livello o le percentuali molto alte dei casi, quasi su base settimanale.

“Dalla rilevazione e dall'emergenza iniziali del COV B.1.1.7/alfa nel Regno Unito, paesi attraverso il mondo hanno cercato di intensificare la sorveglianza genomica.„

La divisione pubblica rapida dei dati è essenziale per sorveglianza genomica che ha variato notevolmente attraverso le regioni geografiche. I tempi maggiori di ritorno (fra la raccolta del campione e le osservazioni del genoma) potrebbero derivare da c'è ne di seguenti ragioni:  per studiare le reinfezioni, fuga vaccino, capire la dinamica epidemica passata, tipi di ricerche che sono più lenti del controllo sanitario di salute pubblica, il personale insufficiente del laboratorio, more in spedizione dei campioni e reagenti e coordinamento carente e mancanza di professionisti con esperienza.

Per studiare l'impatto dei fattori socioeconomici sulla preparazione genomica di sorveglianza SARS-CoV-2 intorno al mondo, i ricercatori hanno esplorato una lista dei covariates livelli del paese e la sua correlazione della percentuale dei casi ordinati COVID-19. Questi hanno compreso la spesa per R & S per capita, indice analitico pro capite e sociodemografico del P.I.L., la capacità genomica stabilita di sorveglianza di influenza e spesa di sanità. Questi fattori socioeconomici rappresentano gli ostacoli importanti e dettano l'esigenza degli sforzi per migliorare la capacità genomica in LMICs. Ciò impedirà l'emergenza e la diffusione inosservate delle varianti.

“Per cominciare, la capacità diagnostica deve essere migliorata, poichè le notifiche in difetto di caso direttamente urtano la capacità dei paesi di individuare le varianti ed i loro cambiamenti di frequenza.„

Sulla base dell'analisi in questo studio, i ricercatori hanno proposto che le 0,5% soglie potrebbero essere raggiunte ordinando 1 genoma per ogni 200.000 abitanti come benchmark ragionevole.

“Ha basato sui dati empirici e la nostra analisi statistica, se i laboratori di salute pubblica universalmente usano un tal benchmark per fissare i loro limiti operativi minimi per ordinare almeno 0,5% dei casi all'alta incidenza (schiocco 100 cases/100,000.), con tempo complessivo rapido (giorni <21), notevolmente migliorerebbe la nostra capacità globale di individuare le nuove varianti ed il cingolo cambia nella prevalenza variabile.„

In conclusione, questo studio fornisce una generalità completa dei reticoli genomica di sorveglianza SARS-CoV-2 ha osservato universalmente, evidenziando le disparità nella capacità di sorveglianza nelle regioni geografiche differenti per quanto riguarda la percentuale dei casi ordinati, la frequenza della campionatura ed il tempo complessivo.

Avviso *Important

il medRxiv pubblica i rapporti scientifici preliminari che pari-non sono esaminati e, pertanto, non dovrebbero essere considerati conclusivi, guida la pratica clinica/comportamento correlato con la salute, o trattato come informazioni stabilite.

Journal reference:
Dr. Ramya Dwivedi

Written by

Dr. Ramya Dwivedi

Ramya has a Ph.D. in Biotechnology from the National Chemical Laboratories (CSIR-NCL), in Pune. Her work consisted of functionalizing nanoparticles with different molecules of biological interest, studying the reaction system and establishing useful applications.

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