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Uma diferença genética global da fiscalização para SARS-CoV-2

A fiscalização Genomic é essencial antes, durante, e após de uma manifestação infecciosa guiar e executar intervenções da saúde pública. Contudo, há umas diferenças impressionantes na intensidade espacial e temporal da fiscalização genomic no mundo inteiro.

Agora um estudo novo afixado ao server da pré-impressão do medRxiv* fornece uma perspectiva nas disparidades globais que cercam a fiscalização SARS-CoV-2 genomic, as suas causas e conseqüências, e soluções possíveis para maximizar o impacto do genoma do micróbio patogénico que arranja em seqüência para esforços na saúde pública.

Estudo: Disparidades globais na fiscalização SARS-CoV-2 genomic. Crédito de imagem: Bilhão fotos/Shutterstock
Estudo: Disparidades globais na fiscalização SARS-CoV-2 genomic. Crédito de imagem: Bilhão fotos/Shutterstock

COVID-19 é causado por um vírus do RNA, o coronavirus 2 da Síndrome Respiratória Aguda Grave (SARS-COV-2). Os vírus do RNA submetem-se a mutações altas e acumulam-se mudanças genéticas em taxas evolucionárias altas. Estas mudanças permitem que o vírus adapte-se às pressões selectivas induzidas por antivirais, vacinas, e imunidade do anfitrião, conduzindo à emergência de variações virais.

Desde sua manifestação em dezembro de 2019, o SARS-CoV-2 emergiu tantas como variações novas que levantam um risco aumentado à saúde pública. As variações do interesse (VOCs) (tais como Alpha/B.1.1.7; Beta/B.1.351; Gamma/P.1; e Delta/B.1.617.2 (e suas linhagens de AY do descendente) têm os traços genotypic e fenotípicos que podem afectar os diagnósticos ou a terapêutica, um transmissibility confer mais alto, os conduzir a uma severidade mais alta da doença, e permitir o escape imune das infecções naturais ou das vacinas. Além, as variações do interesse (VOI) (que inclui Eta/B.1.525; Iota/B.1.526; Kappa/B.1.617.1 e; ) A parte Lambda/C.37 alguns traços genéticos com VOCs e, levanta conseqüentemente riscos possíveis similares.

A diversidade SARS-CoV-2 genética seguida no tempo real reserva identificar diferenças impressionantes na propagação temporal e espacial do vírus no mundo inteiro.

Uma equipe dos biólogos, epidemiologistas, e os biomathematicians, olhou as disparidades na fiscalização genomic durante os primeiros 15 meses da pandemia COVID-19.

Fiscalização e resultados Genomic do estudo

O estudo relatou aquele que segue a evolução de VOCs/VOIs, muitos países iniciou ou escalado acima da fiscalização genomic, conduzindo a um número inaudito de genomas virais em bases de dados publicamente acessíveis, com as seqüências do genoma do consenso >2,400,000 depositadas na alto-produção GISAID, >916,000 que arranjam em seqüência conjunto de dados, e nas seqüências de consenso >969,500 em NCBI o 20 de julho de 2021.

Contudo, dos genomas submetidos, 94% vêm dos países de elevado rendimento (HIC) e somente 6% dos baixos e países de rendimento médio (LMICs). Fora dos 167 países estudados, 100 países arranjaram em seqüência <0.5% de casos confirmados, e somente 16 países podiam à seqüência >5% de seus casos confirmados macacão. Apesar de relatar um número similar de casos no HICs e no LMICs (65,3 e 61,2 milhões, respectivamente), arranjaram em seqüência respectivamente 1,81% e 0,11% de seus casos.

Tempo de resposta através das regiões geográficas. Os atrasos entre a coleção da amostra e a submissão do genoma através das semanas epidemiológicas (tempo de resposta) em regiões diferentes, entre o 23 de fevereiro de 2020 e o 27 de março de 2021, com base em metadata submeteram-se a GISAID até o 30 de maio de 2021.
Tempo de resposta através das regiões geográficas. Os atrasos entre a coleção da amostra e a submissão do genoma através das semanas epidemiológicas (tempo de resposta) em regiões diferentes, entre o 23 de fevereiro de 2020 e o 27 de março de 2021, com base em metadata submeteram-se a GISAID até o 30 de maio de 2021.

Os pesquisadores encontraram uma correlação negativa moderado entre o semanário que arranja em seqüência porcentagens e a incidência COVID-19 relatada. Os países tais como Hong Kong, Taiwan, Nova Zelândia, Austrália, e Islândia que manteve a incidência COVID-19 a baixos níveis geralmente poderiam arranjar em seqüência uma elevada percentagem dos casos.

Analisando a incidência semanal e as taxas arranjando em seqüência, encontrou-se que para a maioria de LMICs não é praticável arranjar em seqüência porcentagens altas ou mesmo moderados dos casos (0,1% 1%) cada semana. Muitos não têm abertamente genomas disponíveis nem são representados somente na fiscalização genomic global devido aos casos associados com o curso daqueles lugar e que estão sendo arranjados em seqüência no exterior.

Por outro lado, os países europeus arranjaram em seqüência a elevação ou porcentagens muito altas dos casos, quase numa base semanal.

“Desde a detecção e a emergência iniciais do VOC B.1.1.7/alfa no Reino Unido, países através do mundo procuraram intensificar a fiscalização genomic.”

A partilha pública rápida dos dados é essencial para a fiscalização genomic que variou extremamente através das regiões geográficas. Um tempo de resposta mais longo (entre a coleção da amostra e as submissões do genoma) poderia resultar de algumas das seguintes razões:  para investigar reinfections, escape vacinal, compreender a dinâmica epidémica passada, os tipos de pesquisa que são mais lentos do que o controlo sanitário público, insuficientes pessoais do laboratório, atrasos na expedição das amostras e reagentes, e coordenação e falta deficientes de profissionais experientes.

Para investigar em todo o mundo o impacto de factores sócio-económicos na prontidão genomic da fiscalização SARS-CoV-2, os pesquisadores exploraram uma lista de covariates do país-nível e sua correlação da porcentagem dos casos COVID-19 arranjados em seqüência. Estes incluíram a despesa no R&D per capita, no GDP per capita, no deslocamento predeterminado sociodemográfico, na capacidade genomic estabelecida da fiscalização da gripe, e na despesa dos cuidados médicos. Estes factores sócio-económicos representam obstáculos importantes e ditam a necessidade para que os esforços melhorem a capacidade genomic em LMICs. Isto impedirá a emergência e a propagação despercebidas das variações.

“Para começar, a capacidade diagnóstica precisa de ser aumentada, porque os relatórios incompletos do caso impactam directamente a capacidade dos países para detectar variações e suas mudanças da freqüência.”

Baseado na análise neste estudo, os pesquisadores propor que uns 0,5% pontos iniciais poderiam ser conseguidos arranjando em seqüência 1 genoma para cada 200.000 habitantes como uma marca de nível razoável.

“Baseou em dados empíricos e nossa análise estatística, se os laboratórios da saúde pública no mundo inteiro usam tal marca de nível para ajustar seus limites operacionais mínimos para arranjar em seqüência pelo menos 0,5% dos casos na incidência alta (PNF 100 cases/100,000.), com tempo de resposta rápido (dias <21), melhoraria extremamente nossa capacidade global detectar variações novas e a trilha muda na predominância variante.”

Em conclusão, este estudo fornece uma vista geral detalhada de testes padrões genomic da fiscalização SARS-CoV-2 observou no mundo inteiro, destacando disparidades na capacidade da fiscalização em regiões geográficas diferentes em relação à porcentagem de casos arranjados em seqüência, freqüência de amostra, e tempo de resposta.

Observação *Important

o medRxiv publica os relatórios científicos preliminares que par-não são revistos e, não devem conseqüentemente ser considerados como conclusivos, guia a prática clínica/comportamento saúde-relacionado, ou tratado como a informação estabelecida.

Journal reference:
Dr. Ramya Dwivedi

Written by

Dr. Ramya Dwivedi

Ramya has a Ph.D. in Biotechnology from the National Chemical Laboratories (CSIR-NCL), in Pune. Her work consisted of functionalizing nanoparticles with different molecules of biological interest, studying the reaction system and establishing useful applications.

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