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L'étude indique le rôle de la mondialisation et de la zoonose dans l'émergence et l'écart des variantes SARS-CoV-2

Le coronavirus 2 (SARS-CoV-2) de syndrôme respiratoire aigu sévère, qui est le virus responsable de la maladie 2019 (COVID-19) de coronavirus, a été initialement trouvé à Wuhan, Chine en décembre 2019. SARS-CoV-2 est un virus en pleine évolution avec un taux de mutation qui est environ 9,8 x 10-4 remplacements selon le site par an, avec un haut débit de renouvellement de lignée.

Étude : L'analyse des variantes SARS-CoV-2 de 24.181 patients exemplifie le rôle de la mondialisation et de la zoonose dans les pandémies. Crédit d'image : solarseven/Shutterstock.com

Les différentes courbures nationales des cas COVID-19

On a observé différentes configurations épidémiques provoquées par SARS-CoV-2 dans différents pays autour du monde. On a observé une courbure en forme de cloche, qui est typique d'une infection respiratoire virale saisonnière, en Asie. Comparativement, la courbure en forme de cloche enregistrée dans les pays occidentaux a remarqué un ou deux crêtes.

À Marseille, on a observé la France, une courbure en forme de cloche pendant la première onde COVID-19, qui a été suivie de presque aucune incidence entre mai et juin 2020. Cependant, une augmentation rapide des cas COVID-19 s'est produite en juillet 2020, de ce fait entraînant la courbure de cette ville différer de la courbure en forme de cloche unique qui est particulière pour la plupart des infections virales respiratoires. Ce saut de pression dans les cas a été pensé pour correspondre à l'émergence des génotypes neufs de SARS-CoV-2.

Classification des variantes SARS-CoV-2

Les études de ordonnancement de la deuxième génération ont mené au dépistage des lignées SARS-CoV-2 variées qui ont eu différentes caractéristiques génétiques, cliniques, et épidémiologiques. La catégorie et nommer de ces différentes lignées sont exigés pour communiquer au sujet de elles.

Cependant, nommer des variantes SARS-CoV-2 était dû difficile à plusieurs raisons. Premièrement le virus évolue par la variation génétique continue, de ce fait l'aboutissant pour avoir un taux de mutation élevé. Deuxièmement, une association entre SARS-CoV-2 existe avec d'autres réservoirs animaux, particulièrement visons.

Une partie du détail SARS-CoV-2 nommant des systèmes comprend Nextstrain, GISAID, Pangolin, et Organisation Mondiale de la Santé. Bien que ces systèmes soient utiles, ils ne sont pas utiles en fournissant des informations sur des tendances génétiques locales et en marquant les caractéristiques épidémiologiques et cliniques avec ses configurations génotypes.

Une étude récente publiée dans le medRxiv* de serveur de prétirage a visé à employer leur propres catégorie et nommer des différentes lignées SARS-CoV-2 qui aideraient à surveiller leurs caractères génétiques et origines géographiques.

Au sujet de l'étude

Dans l'étude actuelle, les taux de mortalité COVID-19 quotidiens ont été obtenus à partir de l'université de John Hopkins, qui couvre des caractéristiques acquises de 221 pays et emplacements entre le 22 avril 2020, au 24 juin 2021. Des procédés d'exploitation de données ont été alors employés pour déterminer le dynamique de COVID-19 à l'écaille de pays.

Le génotypage de SARS-CoV-2 des échantillons nasopharyngaux a eu lieu entre février 2020 et août 2021. Les spécimens, dont a eu une valeur de seuil de cycle (Ct) moins de 20, ont été envoyés pour l'ordonnancement d'entier-génome. Des spécimens avec une valeur de Ct entre 20 et 30 ont été employés pour la couverture complète de la période de réflexion, alors que les spécimens avec une valeur de Ct de plus de 30 ont subi des analyses qualitatives (qPCR) d'amplification en chaîne par polymérase.

En outre, l'analyse de séquences de génome a été effectuée pour déterminer le nombre de changements de nucléotide du génome et le numéro de l'acide aminé change dans la protéine de pointe de SARS-CoV-2. En conclusion, la reconstruction phylogénétique a été effectuée pour déterminer toutes les mutations dans la tension la plus récente qui a correspondu à chacune des variantes.

Découvertes d'étude

Les résultats de l'étude actuelle indiquent que les pays qui sont isolés géographiquement ou politiquement faits face seulement un épisode épidémique et ont ainsi eu une courbure en forme de cloche unique. Considérant qu'en à l'Europe et aux Etats-Unis, plusieurs épidémies se sont avérées pour se produire successivement concernant différentes variantes virales.

La ville de Marseille, qui a été un emplacement important pour la découverte des épidémies de choléra et de peste dans le passé, a également montré les tendances assimilées pendant la pandémie SARS-CoV-2. On l'a observé que les gens impliqués de la première infection SARS-CoV-2 qui ont vécu en Italie du nord-ouest et à la bordure de Français/d'Italie. La bordure était fermée après la première phase de l'épidémie, mais ouvert en début de l'été 2020 et a été rapidement suivie d'une épidémie courte.

Cette épidémie a indiqué l'émergence d'une variante neuve, qui a été nommée Marseille-1, qui avait provenu de l'Afrique Subsaharienne. Cette épidémie finie dans les deux mois et la variante ne se sont pas répandues au delà de Marseille.

Cette période a été suivie de l'introduction d'un Marseille-2 nommé la deuxième par tension qui avait provenu de l'Espagne pendant le début de l'été de 2020. En 2021 l'alpha variante a été introduite par les gens français qui sont retournés du Royaume-Uni. Deux autres variantes comprenant les bêta et les tensions Marseille-501 ont été introduites par des gens d'origine comorienne.

La variante de triangle a été importée d'un marin indien qui s'est déplacé d'Inde à Marseille au printemps de 2020. Deux autres variantes ont été importées en 2021 de Colombie et de république de Guinée. Ainsi, on l'a observé que la course a joué un rôle majeur dans l'introduction et l'écart des variantes SARS-CoV-2 neuves.

Les résultats de l'enquête ont également constaté que le rôle de l'épizootique chez les troupeaux animaux n'a pas été considéré dans le rétablissement des variantes SARS-CoV-2 neuves et de leur boîte de vitesses aux êtres humains. Des visons se sont avérés pour jouer un rôle important dans l'extension de la pandémie.

Au Danemark et aux Etats-Unis, des visons se sont avérés une source des variantes SARS-CoV-2 neuves. En fait, la variante Marseille-4 a également provenu des visons. Une grande épidémie en travers de l'Europe a été par la suite provoquée par la variante Marseille-4.

L'étude actuelle a également prouvé que différentes variantes des différentes configurations SARS-CoV-2 cliniques rapportées de l'infection. Des patients infectés avec Marseille-1, par exemple, rapporté une incidence réduite de rhinite et dyspnée et étaient moins pour être hospitalisés par rapport au clade 20A de Nextstrain à Marseille entre février et mai 2020.

Supplémentaire, des patients infectés avec Marseille-4 étaient plus susceptibles pour être hospitalisés par rapport à ceux infectés avec Marseille-1. On l'a également observé que les patients infectés avec l'alpha, les bêta, et les variantes gamma étaient moins susceptibles pour être hospitalisés par rapport à ceux infectés avec la variante Marseille-1.

Traiteurs d'étude

Les auteurs ont conclu que les différentes ondes de l'épidémie sont provoquées par différentes variantes de SARS-CoV-2. La source principale de ces variantes est les réservoirs transfrontières de course et d'animal. Ainsi, le réglage des bordures efficacement et du contrôle régulier des fermes d'animaux peut aider à réduire l'incidence des variantes SARS-CoV-2 neuves et du cas des épidémies neuves.

avis *Important

le medRxiv publie les états scientifiques préliminaires qui pair-ne sont pas observés et ne devraient pas, en conséquence, être considérés comme concluants, guident la pratique clinique/comportement relatif à la santé, ou traité en tant qu'information déterminée.

Journal reference:
Suchandrima Bhowmik

Written by

Suchandrima Bhowmik

Suchandrima has a Bachelor of Science (B.Sc.) degree in Microbiology and a Master of Science (M.Sc.) degree in Microbiology from the University of Calcutta, India. The study of health and diseases was always very important to her. In addition to Microbiology, she also gained extensive knowledge in Biochemistry, Immunology, Medical Microbiology, Metabolism, and Biotechnology as part of her master's degree.

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