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Lo studio rivela il ruolo della globalizzazione e della zoonosi nell'emergenza e la diffusione delle varianti SARS-CoV-2

Il coronavirus 2 (SARS-CoV-2) di sindrome respiratorio acuto severo, che è il virus responsabile della malattia 2019 (COVID-19) di coronavirus, originalmente è stato individuato a Wuhan, Cina nel dicembre 2019. SARS-CoV-2 è un virus in piena evoluzione con una tariffa di mutazione che è le circa 9,8 x 10-4 sostituzioni per sito all'anno, con un tasso alto di volume d'affari di stirpe.

Studio: L'analisi delle varianti SARS-CoV-2 da 24.181 paziente esemplifica il ruolo della globalizzazione e della zoonosi nelle pandemie. Credito di immagine: solarseven/Shutterstock.com

Le curve nazionali differenti dei casi COVID-19

I reticoli epidemici differenti determinati da SARS-CoV-2 sono stati osservati in paesi differenti intorno al mondo. Una curva a campana, che è tipica di un'infezione respiratoria virale stagionale, è stata osservata in Asia. Comparativamente, la curva a campana registrata in paesi occidentali ha avvertito uno o due picco.

A Marsiglia, la Francia, una curva a campana è stata osservata durante la prima onda COVID-19, che è stata seguita da quasi nessun'incidenza fra maggio e giugno 2020. Tuttavia, un aumento rapido nei casi COVID-19 ha accaduto nel luglio 2020, così inducendo la curva di questa città a differire dalla singola curva a campana che è tipica per la maggior parte delle infezioni virali respiratorie. Questo impulso nei casi è stato pensato per corrispondere all'emergenza di nuovi genotipi di SARS-CoV-2.

Classificazione delle varianti SARS-CoV-2

Gli studi d'ordinamento di prossima generazione piombo alla rilevazione di vari stirpi SARS-CoV-2 che hanno avuti caratteristiche genetiche, cliniche ed epidemiologiche differenti. La classificazione e la nomina di questi stirpi differenti sono richieste per comunicare circa loro.

Tuttavia, la nomina delle varianti SARS-CoV-2 era difficile dovuto parecchie ragioni. In primo luogo il virus si evolve con la variazione genetica continua, così piombo per avere un'alta tariffa di mutazione. Secondariamente, un'associazione fra SARS-CoV-2 esiste con altri bacini idrici animali, particolarmente visoni.

Alcuni dei sistemi di nomina specifici SARS-CoV-2 comprendono Nextstrain, GISAID, il pangolino e l'organizzazione mondiale della sanità. Sebbene questi sistemi siano utili, non sono utili nel fornire informazioni sulle tendenze genetiche locali e nella correlazione delle caratteristiche epidemiologiche e cliniche con i sui reticoli genotipici.

Uno studio recente ha pubblicato nel medRxiv* del " server " della pubblicazione preliminare mirante per usare la loro proprie classificazione e nomina degli stirpi differenti SARS-CoV-2 che avrebbero contribuito a riflettere le loro funzionalità genetiche ed origini geografiche.

Circa lo studio

Nello studio corrente, i tassi di mortalità quotidiani COVID-19 sono stati ottenuti dall'università di John Hopkins, che riguarda i dati acquistati da 221 paesi e posizione fra il 22 aprile 2020 al 24 giugno 2021. I trattamenti di data mining poi sono stati usati per determinare il dinamico di COVID-19 al disgaggio del paese.

Genotyping di SARS-CoV-2 dai campioni rinofaringei ha avuto luogo fra febbraio 2020 e agosto 2021. Gli esemplari, di cui ha avuto un valore di soglia del ciclo (Ct) meno di 20, sono stati inviati per l'ordinamento del intero-genoma. Gli esemplari con un valore di Ct fra 20 e 30 sono stati usati per copertura completa del periodo di studio, mentre gli esemplari con un valore di Ct di più di 30 hanno subito le analisi qualitative di reazione a catena (qPCR) della polimerasi.

Ancora, l'analisi di sequenza del genoma è stata effettuata per determinare il numero dei cambiamenti del nucleotide nel genoma ed il numero di amminoacido cambia nella proteina della punta di SARS-CoV-2. Per concludere, la ricostruzione filogenetica è stata effettuata per determinare tutte le mutazioni nello sforzo più recente che ha corrisposto a ciascuna delle varianti.

Risultati di studio

I risultati dello studio corrente indicano che paesi che sono isolati geograficamente o politicamente sono affrontati soltanto un episodio epidemico e così hanno avuti una singola curva a campana. Considerando che Europa ed in Stati Uniti, parecchie epidemie sono state trovate per accadere successivamente comprendendo le varianti virali differenti.

La città di Marsiglia, che è stata una posizione importante per il rintracciamento delle epidemie di peste e del colera nel passato, egualmente ha mostrato le simili tendenze durante la pandemia SARS-CoV-2. È stato osservato che la prima infezione SARS-CoV-2 ha fatto partecipare la gente che ha vissuto in Italia di nord-ovest ed al confine Italia/del francese. Il confine era chiuso dopo la prima fase dell'epidemia, ma aperto di inizio dell'estate 2020 e rapidamente è stato seguito da una breve epidemia.

Questa epidemia ha indicato l'emergenza di nuova variante, che è stata nominata Marseille-1, che era provenuto dall'Africa Subsahariana. Questa epidemia cessata entro due mesi e la variante non si sono sparse oltre Marsiglia.

Questo periodo è stato seguito dall'introduzione di un Marseille-2 nominato secondo sforzo che era provenuto in Spagna durante l'inizio dell'estate di 2020. Nel 2021 l'alfa variante è stata introdotta dalla gente francese che ha ritornato dal Regno Unito. Altre due varianti compreso il beta e gli sforzi Marseille-501 sono state introdotte dalla gente dell'origine comoriana.

La variante di delta è stata inclusa da un marinaio indiano che ha viaggiato dall'India a Marsiglia in primavera di 2020. Altre due varianti sono state incluse nel 2021 dalla Colombia e dalla Repubblica di Guinea. Quindi, è stato osservato che il viaggio ha svolto un ruolo importante nell'introduzione e nella diffusione di nuove varianti SARS-CoV-2.

I risultati dello studio egualmente hanno trovato che il ruolo dell'epizootia in greggi animali non è stato considerato nella generazione di nuove varianti SARS-CoV-2 e di loro trasmissione agli esseri umani. I visoni sono stati trovati per svolgere un ruolo principale nell'espansione della pandemia.

In Danimarca e negli Stati Uniti, i visoni sono stati trovati per essere una sorgente di nuove varianti SARS-CoV-2. Infatti, la variante Marseille-4 egualmente è provenuto dai visoni. Una grande epidemia attraverso Europa successivamente è stata causata dalla variante Marseille-4.

Lo studio corrente egualmente ha indicato che le varianti differenti di SARS-CoV-2 hanno riferito i reticoli clinici differenti dell'infezione. I pazienti infettati con Marseille-1, per esempio, hanno riferito un'incidenza diminuita di rinite e della dispnea ed erano meno probabili essere ospedalizzati rispetto al clade 20A di Nextstrain a Marsiglia fra febbraio e maggio 2020.

Ulteriormente, i pazienti infettati con Marseille-4 erano più probabili essere ospedalizzati rispetto a quelli infettati con Marseille-1. Egualmente è stato osservato che i pazienti infettati con beta e di gamma varianti le alfa, erano meno probabili essere ospedalizzati rispetto a quelle infettate con la variante Marseille-1.

Takeaways di studio

Gli autori hanno concluso che le onde differenti dell'epidemia sono determinate dalle varianti differenti di SARS-CoV-2. La sorgente principale di queste varianti è bacini idrici di frontiera dell'animale e di viaggio. Quindi, gestire i confini efficientemente e la sorveglianza regolare delle fattorie degli animali può contribuire a diminuire l'incidenza di nuove varianti SARS-CoV-2 e dell'avvenimento di nuove epidemie.

avviso *Important

il medRxiv pubblica i rapporti scientifici preliminari che pari-non sono esaminati e, pertanto, non dovrebbero essere considerati conclusivi, guida la pratica clinica/comportamento correlato con la salute, o trattato come informazioni stabilite.

Journal reference:
Suchandrima Bhowmik

Written by

Suchandrima Bhowmik

Suchandrima has a Bachelor of Science (B.Sc.) degree in Microbiology and a Master of Science (M.Sc.) degree in Microbiology from the University of Calcutta, India. The study of health and diseases was always very important to her. In addition to Microbiology, she also gained extensive knowledge in Biochemistry, Immunology, Medical Microbiology, Metabolism, and Biotechnology as part of her master's degree.

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