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O estudo revela o papel da globalização e do zoonosis na emergência e a propagação das variações SARS-CoV-2

O coronavirus 2 da Síndrome Respiratória Aguda Grave (SARS-CoV-2), que é o vírus responsável para a doença 2019 do coronavirus (COVID-19), foi detectado originalmente em Wuhan, China em dezembro de 2019. SARS-CoV-2 é um vírus em rápida evolução com uma taxa da mutação que seja aproximadamente 9,8 x 10-4 substituições pelo local pelo ano, junto com uma taxa alta de retorno da linhagem.

Estudo: A análise das variações SARS-CoV-2 de 24.181 pacientes exemplifica o papel da globalização e do zoonosis nas pandemias. Crédito de imagem: solarseven/Shutterstock.com

As curvas nacionais diferentes dos casos COVID-19

Os testes padrões epidémicos diferentes causados por SARS-CoV-2 foram observados em países diferentes em todo o mundo. Uma curva campaniforme, que fosse típica de uma infecção respiratória viral sazonal, foi observada em Ásia. Comparativamente, a curva campaniforme gravada em países ocidentais experimentou um ou dois picos.

Em Marselha, França, uma curva campaniforme foi observado durante a primeira onda COVID-19, que foi seguida por quase nenhuma incidência entre maio e junho de 2020. Contudo, um aumento rápido nos casos COVID-19 ocorreu em julho de 2020, assim fazendo com que a curva desta cidade difira da única curva campaniforme que é típica para a maioria de infecções virais respiratórias. Este impulso nos casos foi pensado para corresponder com a emergência de genótipo novos de SARS-CoV-2.

Classificando as variações SARS-CoV-2

A próxima geração que arranja em seqüência estudos conduziu à detecção de várias linhagens SARS-CoV-2 que tiveram características genéticas, clínicas, e epidemiológicas diferentes. A classificação e a nomeação destas linhagens diferentes são exigidas para comunicar-se sobre elas.

Contudo, a nomeação das variações SARS-CoV-2 era difícil devido a diversas razões. Em primeiro lugar o vírus evolui com a variação genética contínua, assim conduzindo a para ter uma taxa alta da mutação. Em segundo lugar, uma associação entre SARS-CoV-2 existe com outros reservatórios animais, especialmente visons.

Algum do específico SARS-CoV-2 que nomeia sistemas inclui Nextstrain, GISAID, Pangolin, e Organização Mundial de Saúde. Embora estes sistemas sejam úteis, não são úteis em fornecer a informação em tendências genéticas locais e em correlacionar as características epidemiológicas e clínicas com seus testes padrões genotypic.

Um estudo recente publicou no medRxiv* do server da pré-impressão apontado usar suas próprias classificação e nomeação das linhagens SARS-CoV-2 diferentes que ajudariam a monitorar suas características genéticas e origens geográficas.

Sobre o estudo

No estudo actual, as taxas de mortalidade COVID-19 diárias foram obtidas da universidade de John Hopkins, que cobre os dados adquiridos de 221 países e lugar entre o 22 de abril de 2020 ao 24 de junho de 2021. Os processos da mineração de dados foram usados então para determinar o dinâmico de COVID-19 na escala do país.

Genotyping de SARS-CoV-2 das amostras nasopharyngeal ocorreu entre fevereiro de 2020 e agosto de 2021. Os espécimes, de que teve um valor de ponto inicial do ciclo (Ct) menos de 20, foram enviados para arranjar em seqüência do inteiro-genoma. Os espécimes com um valor do Ct entre 20 e 30 foram usados para a cobertura abrangente do período do estudo, visto que os espécimes com um valor do Ct de mais de 30 se submeteram a ensaios qualitativos da reacção em cadeia (qPCR) da polimerase.

Além disso, a análise da seqüência do genoma foi realizada para determinar o número de mudanças do nucleotide no genoma e o número de ácido aminado muda na proteína do ponto de SARS-CoV-2. Finalmente, a reconstrução filogenética foi realizada para determinar todas as mutações na tensão a mais recente que correspondeu a cada um das variações.

Resultados do estudo

Os resultados do estudo actual indicam que os países que são isolados geogràfica ou enfrentados polìtica somente um episódio epidémico e tiveram assim uma única curva campaniforme. Considerando que em Europa e em Estados Unidos, diversas epidemias foram encontradas para ocorrer sucessivamente envolvendo variações virais diferentes.

A cidade de Marselha, que foi um lugar importante para seguir de epidemias da cólera e do praga no passado, igualmente mostrou tendências similares durante a pandemia SARS-CoV-2. Observou-se que a primeira infecção SARS-CoV-2 envolveu os povos que viveram em Itália noroeste e na beira do francês/Itália. A beira era fechado após a primeira fase da epidemia, mas aberto no início do verão 2020 e foi seguida rapidamente por uma epidemia curto.

Esta epidemia indicou a emergência de uma variação nova, que fosse nomeada Marseille-1, que tinha originado de África subsariana. Esta epidemia terminada dentro de dois meses e a variação não espalharam além de Marselha.

Este período foi seguido pela introdução de um Marseille-2 nomeado segunda tensão que originasse na Espanha durante o início do verão de 2020. Em 2021 a variação alfa foi introduzida pelos povos franceses que retornaram do Reino Unido. Outras duas variações que incluem o beta e as tensões Marseille-501 foram introduzidas por povos da origem comoriana.

A variação do delta foi importada de um marinheiro indiano que viajasse da Índia a Marselha na primavera de 2020. Outras duas variações foram importadas em 2021 de Colômbia e do Republic of Guinea. Assim, observou-se que o curso jogou um papel importante na introdução e na propagação das variações SARS-CoV-2 novas.

Os resultados do estudo igualmente encontraram que o papel da epizootia nos rebanhos animais não estêve considerado na geração das variações SARS-CoV-2 novas e da sua transmissão aos seres humanos. Os visons foram encontrados para jogar um maior protagonismo na expansão da pandemia.

Em Dinamarca e nos Estados Unidos, os visons foram encontrados para ser uma fonte das variações SARS-CoV-2 novas. De facto, a variação Marseille-4 igualmente originou dos visons. Uma grande epidemia através de Europa foi causada subseqüentemente pela variação Marseille-4.

O estudo actual igualmente mostrou que as variações diferentes de SARS-CoV-2 relataram testes padrões clínicos diferentes da infecção. Os pacientes contaminados com Marseille-1, por exemplo, relataram uma incidência reduzida do rhinitis e da dispnéia e foram menos prováveis ser hospitalizados em relação ao clade 20A de Nextstrain em Marselha entre fevereiro e maio de 2020.

Adicionalmente, os pacientes contaminados com Marseille-4 eram mais prováveis ser hospitalizados em relação àqueles contaminados com Marseille-1. Igualmente observou-se que os pacientes contaminados com beta, e da gama as variações alfa, eram menos prováveis ser hospitalizados em relação àquelas contaminadas com a variação Marseille-1.

Takeaways do estudo

Os autores concluíram que as ondas diferentes da epidemia estão causadas por variações diferentes de SARS-CoV-2. A fonte principal destas variações é reservatórios transfronteiriços do curso e do animal. Assim, controlar as beiras eficientemente e a fiscalização regular das explorações agrícolas animais pode ajudar a reduzir a incidência das variações SARS-CoV-2 novas e da ocorrência de epidemias novas.

observação *Important

o medRxiv publica os relatórios científicos preliminares que par-não são revistos e, não devem conseqüentemente ser considerados como conclusivos, guia a prática clínica/comportamento saúde-relacionado, ou tratado como a informação estabelecida.

Journal reference:
Suchandrima Bhowmik

Written by

Suchandrima Bhowmik

Suchandrima has a Bachelor of Science (B.Sc.) degree in Microbiology and a Master of Science (M.Sc.) degree in Microbiology from the University of Calcutta, India. The study of health and diseases was always very important to her. In addition to Microbiology, she also gained extensive knowledge in Biochemistry, Immunology, Medical Microbiology, Metabolism, and Biotechnology as part of her master's degree.

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