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El estudio revela el papel de la globalización y de la zoonosis en la aparición y la extensión de las variantes SARS-CoV-2

El coronavirus 2 (SARS-CoV-2) de la neumonía asiática, que es el virus responsable de la enfermedad 2019 (COVID-19) del coronavirus, fue descubierto originalmente en Wuhan, China en diciembre de 2019. SARS-CoV-2 es un virus en plena evolución con un régimen de la mutación que sea cerca de 9,8 x 10-4 substituciones por sitio por año, junto con una alta tasa de la rotación del linaje.

Estudio: El análisis de las variantes SARS-CoV-2 a partir de 24.181 pacientes ejemplifica el papel de la globalización y de la zoonosis en pandémicos. Haber de imagen: solarseven/Shutterstock.com

Las diversas curvas nacionales de los casos COVID-19

Diversas configuraciones epidémicas causadas por SARS-CoV-2 se han observado en los países diferentes en todo el mundo. Una curva acampanada, que es típica de una infección respiratoria viral estacional, fue observada en Asia. Comparativamente, la curva acampanada registrada en países occidentales experimentó uno o dos picos.

En Marsella, Francia, una curva acampanada fue observada durante la primera onda COVID-19, que fue seguida por casi ninguna incidencia entre mayo y junio de 2020. Sin embargo, un aumento rápido en los casos COVID-19 ocurrió en julio de 2020, así haciendo la curva de esta ciudad diferir de la única curva acampanada que es típica para la mayoría de las infecciones virales respiratorias. Esta onda irruptiva en casos fue pensada para corresponder con la aparición de nuevos genotipos de SARS-CoV-2.

Clasificar las variantes SARS-CoV-2

la Siguiente-generación que ordenaba estudios llevó a la detección de los diversos linajes SARS-CoV-2 que tenían diversas características genéticas, clínicas, y epidemiológicas. La clasificación y el nombramiento de estos diversos linajes se requieren para comunicar sobre ellos.

Sin embargo, el nombramiento de las variantes SARS-CoV-2 era difícil debido a varias razones. En primer lugar el virus se desarrolla con la variación genética contínua, así llevándola para tener un alto régimen de la mutación. En segundo lugar, una asociación entre SARS-CoV-2 existe con otros depósitos animales, especialmente visiones.

Algo del específico SARS-CoV-2 que nombra sistemas incluye Nextstrain, GISAID, el Pangolin, y la Organización Mundial de la Salud. Aunque estos sistemas sean útiles, no son útiles en ofrecer la información en tendencias genéticas locales y correlacionar las características epidemiológicas y clínicas con sus configuraciones genotípicas.

Un estudio reciente publicó en el medRxiv* del servidor de la prueba preliminar estado dirigido para utilizar su propia clasificación y nombramiento de los diversos linajes SARS-CoV-2 que ayudarían a vigilar sus características genéticas y orígenes geográficos.

Sobre el estudio

En el estudio actual, las tasas de mortalidad diarias COVID-19 fueron obtenidas de la universidad de Juan Hopkins, que reviste los datos detectados a partir de 221 países y situaciones entre el 22 de abril de 2020 al 24 de junio de 2021. Los procesos de la minería de datos entonces fueron utilizados para determinar el dinámico de COVID-19 en la escala del país.

Genotyping de SARS-CoV-2 de muestras nasofaríngeas ocurrió entre febrero de 2020 y agosto de 2021. Los especímenes, de los cuales tenía un valor de umbral del ciclo (Ct) menos de 20, fueron enviados para la secuencia del entero-genoma. Los especímenes con un valor del Ct entre 20 y 30 fueron utilizados para la amplia cobertura del período del estudio, mientras que los especímenes con un valor del Ct de más de 30 experimentaron análisis cualitativos de la reacción en cadena (qPCR) de polimerasa.

Además, el análisis de la serie del genoma fue realizado para determinar el número de cambios del nucleótido en el genoma y el número de aminoácido cambia en la proteína del pico de SARS-CoV-2. Finalmente, la reconstrucción filogenética fue realizada para determinar todas las mutaciones en la deformación más reciente que correspondió a cada uno de las variantes.

Conclusión del estudio

Los resultados del estudio actual indican que los países que se aíslan geográficamente o político se hacen frente solamente un episodio epidémico y tenían así una única curva acampanada. Considerando que en Europa y Estados Unidos, varias epidemias fueron encontradas para ocurrir sucesivamente implicando diversas variantes virales.

La ciudad de Marsella, que ha sido una situación importante para trazar de las epidemias del cólera y de la plaga en el pasado, también mostró tendencias similares durante el pandémico SARS-CoV-2. Fue observado que la primera infección SARS-CoV-2 implicó a la gente que vivió en Italia del noroeste y en la banda del francés/de Italia. La banda era cerrada después de la primera fase de la epidemia, pero abierto en el comienzo del verano 2020 y fue seguida rápidamente por una epidemia corta.

Esta epidemia indicó la aparición de una nueva variante, que fue nombrada Marseille-1, que había originado de África subsahariana. Esta epidemia terminada en el plazo de dos meses y la variante no se extendieron más allá de Marsella.

Este período fue seguido por la introducción de un Marseille-2 nombrado segunda deformación que había originado en España durante el comienzo del verano de 2020. En 2021 la variante alfa fue introducida por la gente francesa que volvió del Reino Unido. Dos otras variantes incluyendo el beta y las deformaciones Marseille-501 fueron introducidas por la gente del origen comorano.

La variante del delta fue importada de un marinero indio que viajó de la India a Marsella en el muelle de 2020. Dos otras variantes fueron importadas en 2021 de Colombia y de la República de Guinea. Así, fue observado que el viaje desempeñó un papel importante en la introducción y la extensión de las nuevas variantes SARS-CoV-2.

Los resultados del estudio también encontraron que el papel de la epizootía en las manadas animales no era considerado en la generación de las nuevas variantes SARS-CoV-2 y de su transmisión a los seres humanos. Los visiones fueron encontrados para desempeñar un papel principal en la extensión del pandémico.

En Dinamarca y los Estados Unidos, los visiones fueron encontrados para ser una fuente de las nuevas variantes SARS-CoV-2. De hecho, la variante Marseille-4 también originó de visiones. Una epidemia grande a través de Europa fue causada posteriormente por la variante Marseille-4.

El estudio actual también mostró que diversas variantes de SARS-CoV-2 denunciaron diversas configuraciones clínicas de la infección. Los pacientes infectados con Marseille-1, por ejemplo, denunciaron una incidencia reducida de la rinitis y de la disnea y eran menos probables ser hospitalizados con respecto al clade 20A de Nextstrain en Marsella entre febrero y mayo de 2020.

Además, los pacientes infectados con Marseille-4 eran más probables ser hospitalizados con respecto a ésos infectados con Marseille-1. También fue observado que los pacientes infectados con las variantes alfa, beta, y gammas eran menos probables ser hospitalizados con respecto a ésos infectadas con la variante Marseille-1.

Takeaways del estudio

Los autores concluyeron que las diversas ondas de la epidemia son causadas por diversas variantes de SARS-CoV-2. La fuente mayor de estas variantes es depósitos fronterizos del viaje y del animal. Así, controlar las bandas eficientemente y la vigilancia regular de las granjas puede ayudar a reducir la incidencia de las nuevas variantes SARS-CoV-2 y del acontecimiento de nuevas epidemias.

advertencia *Important

el medRxiv publica los partes científicos preliminares que par-no se revisan y, por lo tanto, no se deben mirar como concluyentes, conduce práctica clínica/comportamiento relativo a la salud, o tratado como información establecida.

Journal reference:
Suchandrima Bhowmik

Written by

Suchandrima Bhowmik

Suchandrima has a Bachelor of Science (B.Sc.) degree in Microbiology and a Master of Science (M.Sc.) degree in Microbiology from the University of Calcutta, India. The study of health and diseases was always very important to her. In addition to Microbiology, she also gained extensive knowledge in Biochemistry, Immunology, Medical Microbiology, Metabolism, and Biotechnology as part of her master's degree.

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