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Open-source neuf, plate-forme pluridisciplinaire de simulation pour étudier des procédés biologiques

les simulations basées sur agent (ABS) sont des outils de calcul puissants qui aident des scientifiques à comprendre les systèmes biologiques complexes. Ces simulations sont des peu coûteuses et un moyen efficace d'évaluer rapidement des hypothèses au sujet de la physiologie des tissus cellulaires, des organes, ou des organismes entiers. Cependant, beaucoup d'ABS ne profitent pas pleinement de pouvoir de calcul procurable, et la majorité de plates-formes d'ABS sur le marché sont conçues avec un cas d'utilisation particulier à l'esprit.  

Dans un papier publié par la bio-informatique, un consortium qui comprend l'université de Surrey, du CERN, de l'université de Newcastle, du centre de GSI Helmholtz, de l'université de la Chypre, de l'université de Genève, de la fondation de SCImPULSE et du point de reprise d'Immunobrain, dévoilent leur open-source, plate-forme pluridisciplinaire BioDynaMo appelé de simulation.

Dans le papier, les détails de consortium comment BioDynaMo peut simuler des cas médicaux complexes en neurologie, oncologie, et épidémiologie, grâce à sa capacité d'utiliser les CPU à plusieurs noyaux et de débarquer des calculs aux accélérateurs de visserie.

Les résultats de l'équipe prouvent que BioDynaMo exécute jusqu'à 945 lignes zéro de pointe qu'actuelles de périodes plus rapidement. Les avances le rendent faisable pour simuler chaque cas d'utilisation avec un milliard de cellules sur un serveur unique, présentant le BioDynaMo potentiel a pour la recherche en matière de bio-informatique.

Je crois que si nous devons jamais aborder les problèmes de santé hautement complexes tels qu'Alzheimer, des outils de simulation sur ordinateur comme BioDynaMo sera critique pour des scientifiques avançant.  

En cet article, nous avons prouvé que les excellentes fonctionnalités et performances de BioDynaMo. Il aidera les scientifiques des hypothèses de piqûre de corrosion de demain les uns contre les autres à étudier leur subtile ou moins ainsi des divergences. Et d'une manière primordiale, il aidera la recherche biomédicale pour devenir un inducteur véritablement interdisciplinaire du 21ème siècle. »  

M. Roman Bauer, co-fondateur, initiative de BioDynaMo et auteur supérieur d'étude, université de Surrey,

Source:
Journal reference:

Breitwieser, L., et al. (2021) BioDynaMo: a modular platform for high-performance agent-based simulation. Bioinformatics. doi.org/10.1093/bioinformatics/btab649.