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Nuovo open source, piattaforma pluridisciplinare di simulazione per studiare i trattamenti biologici

a simulazioni basate a agente (ABS) sono strumenti di calcolo potenti che aiutano gli scienziati a capire i sistemi biologici complessi. Queste simulazioni sono un economico e un modo efficace verificare rapidamente le ipotesi circa la fisiologia dei tessuti cellulari, degli organi, o di interi organismi. Tuttavia, molti ABS non non trar massimo vantaggio da potenza di calcolo disponibile e la maggior parte delle piattaforme dell'ABS sul servizio è progettata con un caso particolare di uso in mente.  

In un documento pubblicato da bioinformatica, un consorzio che include l'università di Surrey, di CERN, di università di Newcastle, di centro di GSI Helmholtz, di università di Cipro, di università di Ginevra, di fondamenta di SCImPULSE e di controllo di Immunobrain, rivela il loro open source, piattaforma pluridisciplinare di simulazione chiamata BioDynaMo.

Nel documento, i dettagli del consorzio come BioDynaMo può simulare i casi medici complessi in neuroscienza, oncologia ed epidemiologia, grazie alla sua capacità di utilizzare i CPU multiconduttori e di scaricare i calcoli agli acceleratori del hardware.

I risultati del gruppo indicano che BioDynaMo esegue fino a 945 riferimenti avanzati correnti di volte più velocemente. Gli avanzamenti lo rendono fattibile simulare ogni caso di uso con un miliardo celle su un singolo " server ", montrante il BioDynaMo potenziale ha per la ricerca di calcolo di biologia.

Credo che se dobbiamo mai affrontare le emissioni di salubrità altamente complesse quale Alzheimer, strumenti di simulazione su elaboratore come BioDynaMo sarà critico per gli scienziati che si muovono in avanti.  

In questo documento, abbiamo indicato che le funzionalità eccellenti e la prestazione di BioDynaMo. Aiuterà gli scienziati delle ipotesi della puntinatura di domani faccia a faccia a studiare il loro sottile o di meno così divergenze. E più d'importanza, aiuterà la ricerca biomedica per trasformarsi in in un campo vero interdisciplinare del XXI secolo.„  

Dott. Roman Bauer, co-fondatore, iniziativa di BioDynaMo ed autore senior di studio, università di Surrey,

Source:
Journal reference:

Breitwieser, L., et al. (2021) BioDynaMo: a modular platform for high-performance agent-based simulation. Bioinformatics. doi.org/10.1093/bioinformatics/btab649.