Aviso: Esta página é uma tradução automática da página original em inglês. Por favor note uma vez que as traduções são geradas por máquinas, não tradução tudo será perfeita. Este site e suas páginas da Web destinam-se a ler em inglês. Qualquer tradução deste site e suas páginas da Web pode ser imprecisas e imprecisos no todo ou em parte. Esta tradução é fornecida como uma conveniência.

Open source novo, plataforma multidisciplinar da simulação para estudar processos biológicos

as simulações Agente-baseadas (ABS) são as ferramentas computacionais poderosas que ajudam cientistas a compreender sistemas biológicos complexos. Estas simulações são umas baratas e uma maneira eficaz testar rapidamente hipóteses sobre a fisiologia de tecidos celulares, de órgãos, ou de organismos inteiros. Contudo, muitos ABS não tomam a vantagem completa da potência computacional disponível, e a maioria de plataformas do ABS no mercado é projectada com um exemplo particular do uso na mente.  

Em um papel publicado pela bioinformática, um consórcio que inclua a universidade de Surrey, de CERN, de universidade de Newcastle, de centro de GSI Helmholtz, de universidade de Chipre, de universidade de Genebra, de fundação de SCImPULSE e de ponto de verificação de Immunobrain, revela seu open source, plataforma multidisciplinar da simulação chamada BioDynaMo.

No papel, os detalhes do consórcio como BioDynaMo pode simular casos médicos complexos na neurociência, na oncologia, e na epidemiologia, agradecimentos a sua capacidade para utilizar os processadores centrais do multi-núcleo e para offload computações aos aceleradores do hardware.

Os resultados da equipe mostram que BioDynaMo executa até 945 linhas de base avançadas do que actuais das épocas mais rapidamente. Os avanços fazem praticável simular cada caso do uso com um bilhão pilhas em um único server, apresentando o BioDynaMo potencial têm para a pesquisa computacional da biologia.

Eu acredito que se nós devemos nunca abordar problemas de saúde altamente complexos tais como Alzheimer, ferramentas da simulação computorizada como BioDynaMo será crítico para os cientistas que se movem para a frente.  

Neste papel, nós mostramos que as características excelentes e o desempenho de BioDynaMo. Ajudará os cientistas de hipóteses da picada do amanhã entre si a estudar assim seu subtil ou menos divergências. E mais importante, ajudará a pesquisa biomedicável a transformar-se um campo verdadeiramente interdisciplinar do século XXI.”  

Dr. Romano Bauer, co-fundador, iniciativa de BioDynaMo e autor superior do estudo, universidade de Surrey,

Source:
Journal reference:

Breitwieser, L., et al. (2021) BioDynaMo: a modular platform for high-performance agent-based simulation. Bioinformatics. doi.org/10.1093/bioinformatics/btab649.