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Nueva plataforma de fuente abierta, multidisciplinaria de la simulación para estudiar procesos biológicos

las simulaciones Agente-basadas (ABS) son las herramientas de cómputo potentes que ayudan a científicos a entender sistemas biológicos complejos. Estas simulaciones son baratas y un modo eficaz probar rápidamente hipótesis sobre la fisiología de tejidos celulares, de órganos, o de organismos enteros. Sin embargo, muchos ABS no aprovechan completo de la potencia de cómputo disponible, y diseñan a la mayoría de plataformas del ABS en el mercado con un caso determinado del uso en mente.  

En un papel publicado por la bioinformática, un consorcio que incluye la universidad de Surrey, de la CERN, de la universidad de Newcastle, del centro de GSI Helmholtz, de la universidad de Chipre, de la universidad de Ginebra, del asiento de SCImPULSE y del punto de verificación de Immunobrain, revela su plataforma de fuente abierta, multidisciplinaria de la simulación llamada BioDynaMo.

En el papel, los detalles del consorcio cómo BioDynaMo puede simular casos médicos complejos en neurología, oncología, y epidemiología, gracias a su capacidad de utilizar las CPU multifilares y de descargar cómputos a los aceleradores del hardware.

Los resultados de las personas muestran que BioDynaMo realiza hasta 945 líneas de fondo avanzadas que actuales de las épocas más rápidamente. Los avances hacen posible simular cada caso del uso con un mil millones células en un único servidor, mostrando el BioDynaMo potencial tienen para la investigación de cómputo de la biología.

Creo que si debemos nunca abordar problemas de salud altamente complejos tales como Alzheimer, las herramientas de la simulación por ordenador como BioDynaMo será crítico para los científicos que se mueven adelante.  

En este papel, hemos mostrado que las características excelentes y el funcionamiento de BioDynaMo. Ayudará a los científicos de las hipótesis de las picaduras de la mañana cara a cara a estudiar su sutil o menos tan las divergencias. Y más importantemente, ayudará a la investigación biomédica para convertirse en un campo verdaderamente interdisciplinario del siglo XXI.”  

El Dr. Roman Bauer, cofundador, iniciativa y autor mayor del estudio, universidad de BioDynaMo de Surrey,

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Journal reference:

Breitwieser, L., et al. (2021) BioDynaMo: a modular platform for high-performance agent-based simulation. Bioinformatics. doi.org/10.1093/bioinformatics/btab649.